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{ "en": "All these analyses were made possible by the use of Linux environment and Bash or Python programming languages allowing the study of thousands of DNA sequences from a variety of clinical isolates that have been sequenced throughout many projects.", "fr": "Toutes ces analyses ont pu être possibles via l'utilisation de l'environnement Linux (progammation Bash et Python) permettant d'étudier des milliers de séquences d'ADN provenant d'une variété de souches séquencées au cours des différents projets." }

{ "en": "We show that the Catalan structure technique, that is a tool used to improve algorithm efficiency for connectivity problems where the input graph is restricted to be sparse, cannot be applied to all planar connectivity problems.", "fr": "Nous montrons aussi que la technique des structures de Catalan, outil améliorant l'efficacité des algorithmes résolvant des problèmes de connexité lorsque le graphe d'entrée est creux, ne peut être appliquée à la totalité des problèmes de connectivité, même si l'on ne considère, parmi les graphes creux, que les graphes planaires." }

{ "en": "First, I characterized OCPs from the three subclades, including the uncharacterized OCPX.", "fr": "Tout d'abord, j'ai caractérisé les OCP des trois subclades, y compris l'OCPX non caractérisé." }

{ "en": "Taken together, these data allowed to propose a new model of dcm gene regulation.", "fr": "L'ensemble de ces résultats a permis de proposer un nouveau modèle de régulation des gènes dcm." }

{ "en": "To simplify, we try to take the point of view of a ligand inside a cavity.", "fr": "Pour schématiser, nous recherchons le point de vue qu'aurait un ligand placé dans la cavité." }

{ "en": "Aphids are hemipterous crops pests that are particularly adapted to their environment.", "fr": "Les pucerons sont des hémiptères ravageurs des cultures agronomiques particulièrement adaptés à leur environnement." }

{ "en": "This thesis work aims to elucidate further the genomic basis for development of T cell lymphomas, and especially of PTCL, NOS.", "fr": "Ce travail de thèse vise à élucider davantage les évènements génomiques sous-tendant le développement des PTCL, NOS." }

{ "en": "Ourresearch conducted in this dissertation focuses on improving evolutionary prototypesappropriate and robust algorithms to solve phylogenetic inference problems andancestral information about the order of genes and DNA data in the evolution of the complete genome, as well astheir applications.", "fr": "Notre recherche réalisée dans cette dissertation met l'accent sur l'amélioration des prototypes évolutifs appropriés et des algorithmes robustes pour résoudre les problèmes d'inférence phylogénétiques et ancestrales sur l'ordre des gènes et les données ADN dans l'évolution du génome complet, ainsi que leurs applications.[...]" }

{ "en": "Via a machine learning approach, new cardiac specific regulatory regions and two transcription factors (bagpipe and hamlet) have been identified.", "fr": "Via une approche d'apprentissage, de nouvelles régions régulatrices spécifiques des cardiomyocytes ainsi que 2 nouveaux facteurs de transcription (bagpipe, hamlet) ont été identifiées." }

{ "en": "The main objective was to enrich our knowledge on these bacterial infections by highlighting DNA and protein sequences variations involved in various problematics.", "fr": "Le principal objectif étant d'enrichir nos connaissances sur ces infections bactériennes : de mettre en évidence des variations dans les séquences d'ADN (gène et mutations) mais aussi protéiques impliquées dans diverses problématiques." }

{ "en": "Combining flow cytometry, pyrosequencing and SNP array genotyping, I showed that some of these progenies were aneuploids and/or contained a wide range of chromosomal rearrangements.", "fr": "J'ai combiné des approches de cytométrie en flux, de pyroséquençage et de génotypage SNP pour montrer que certaines de ces plantes étaient aneuploïdes et/ou contenaient une large gamme de remaniements chromosomiques." }

{ "en": "Statistical analysis of Norine data highlighted interesting biological properties such as a specific monomer composition depending on the biological activity, that led us to develop a tool for helping the prediction of peptide activity from its monomeric composition.", "fr": "Des analyses statistiques sur les données contenues dans Norine ont permis de mettre en évidence des caractéristiques biologiques intéressantes comme la spécificité des monomères en fonction de l'activité biologique qui nous a conduit à l'élaboration d'un outil d'aide à la prédiction de la fonction biologique d'un peptide à partir de sa composition monomérique." }

{ "en": "Thanks to high-throughput sequencing technologies it is now possible to obtain an unprecedented amount of data for these unicellular organisms that are not cultivable and need to be directly isolated from the environment.", "fr": "Grâce aux technologies de séquençage haut-débit il est désormais possible d'obtenir, pour ces organismes non cultivables mais isolés depuis l'environnement, une quantité sans précédent d'information génomique." }

{ "en": "This study allowed us to integrate these bioinformatic tools into our laboratory of developmental biology and LBDD differentiation at the University of Oran 1 Ahmed Benbella, in Algeria.", "fr": "Ce travail nous a permis d'intégrer ces outils bioinformatiques au sein de notre laboratoire de biologie du développement et de la différenciation de l'université Oran 1 Ahmed Benbella, en Algérie." }

{ "en": "This tool consists of two separate parts, each with its own specificities. On the one hand, we have produced a first simple, highly effective method to detect from a very large number of such processes, which pairs events seem to appear jointly in the tree.", "fr": "Cet outil est constitué de deux parties distinctes, chacune ayant ses propres spécificités.D'une part, nous avons produit une première méthode simple, très efficace, permettant de détecter parmi un très grand nombre de tels processus, quelles paires d'évènements semblent apparaître de manière conjointe dans l'arbre." }

{ "en": "It is based on the previously developed proteochemometric approaches providing interaction profiles, their comparison and proposing a reduced library of \" drug-candidate\" marketed compounds for a 4specific target.", "fr": "Il se base sur les approches protéochémométriques développées précédemment fournissant des profils d'interaction et leur comparaison, et propose une chimiothèque réduite de composés \"candidat-médicaments\" commercialisés, pour une cible déterminée." }

{ "en": "This work addresses the use of machine learning techniques to develop such tools of breast cancer management.", "fr": "Ce travail porte sur l'utilisation de techniques d'apprentissage automatique pour développer de tels outils de gestion du cancer du sein." }

{ "en": "This clustering let me to observe these data with a new view in wich the genomic location is not central and open the gate to discover unconventional events.", "fr": "Ce regroupement donne une vision différente des données dans laquelle la notion de position génomique n'est plus centrale et ouvre la possibilité d'y découvrir des phénomènes non-standard." }

{ "en": "We have created a database of protein-protein and proteinglycosaminoglycan extracellular interactions, MatrixDB (http://matrixdb.ibcp.fr).", "fr": "Nous avons créé une base de données d'interactions extracellulaires protéine-protéine et protéine-glycosaminoglycane, MatrixDB, qui est disponible sur le Web (http://matrixdb.ibcp.fr)." }

{ "en": "Its analysis leads us to identify similarities with the serine/threonine kinases PIKKs, as mTor, homologous to phosphatidylinositol-3-kinases.", "fr": "Son analyse nous a permis d'identifier une similitude remarquable avec les sérine/thréonine kinases PIKKs, comme mTor, apparentées aux phosphatidylinositol-3-kinases." }

{ "en": "The canine species has more genes under positive selection in common with Laurasatheria and rodents than the expected.", "fr": "L'espèce canine présente plus de gènes sous sélection positive en commun avec les Laurasatheria et les rongeurs qu'à l'attendu." }

{ "en": "The results identified proteins potentially involved in biological processes related to developmental and reproductive stages of G. fossarum, as well as testicular toxicity.", "fr": "Les résultats ont permis de mettre en évidence des protéines potentiellement impliquées dans les processus biologiques liés aux stades de développement et de reproduction de G. fossarum, ainsi que dans la toxicité testiculaire." }

{ "en": "We performed a comparative study of twelve locations from acid mine drainage (AMD) from three regions: the south-east of France, south-west of the iberian peninsula and Bolivia.", "fr": "Nous avons réalisé une étude comparative de douze sites provenant de drainage minier acide (DMA) de trois régions du monde : le sud-est de la France, le sud-ouest de la péninsule ibérique et la Bolivie." }

{ "en": "The high performance of MISTIC is the result of an original architecture and a careful choice of embedded descriptors.", "fr": "Les performances élevées de MISTIC découlent d'une architecture originale et d'un choix minutieux des descripteurs intégrés." }

{ "en": "Through this thesis, I study the mutual influence between membrane proteins and their environment using numerical simulations.", "fr": "Au cours de cette thèse, j'étudie l'influence mutuelle des protéines membranaires et de leur environnement au moyen de simulations numériques." }

{ "en": "We present threedifferent methods for enumerating minimal precursor sets and we illustrate the application in a studyof the metabolic exchanges in a symbiotic system.", "fr": "Nous présentons troisméthodes différentes pour l'énumération de tels ensembles minimaux de précurseurs, et nous illustronsleur application dans une étude des échanges métaboliques dans un système symbiotique." }

{ "en": "It indicates that CDC48 is mobilized by plant cells undergoing an immune response and impacts the redox status through the regulation of the cAPX turnover.", "fr": "Il indique que celle-ci est mobilisée dans les cellules végétales exprimant une réponse immunitaire et impacte le statut rédox via la régulation du turnover de cAPX." }

{ "en": "Currently, the analysis of these sequences is made possible by the application of bioinformatics techniques, such as mapping, which allows the RNA to be positioned and aligned on a reference.", "fr": "Actuellement l'analyse de ces séquences est rendue possible par l'application de techniques bioinformatiques, comme le mapping qui permet de replacer l'ARN sur une référence." }

{ "en": "In order to apply this method to IDPs, we have proposed a hybrid strategy for the parallelization of the algorithm, enabling an efficient execution in computer clusters.", "fr": "Afin d'appliquer cette méthode aux IDPs, nous avons proposé une stratégie hybride pour la parallélisation de l'algorithme, permettant une exécution efficace dans des clusters." }

{ "en": "In conclusion, by combining a phylogenetic with a transcriptomic approach we identified a new complex, essential for rhopty secretion, in T.gondii and new effectors of exocytosis in apicomplexan parasites.", "fr": "Notre étude supporte l'hypothèse de la conservation des mécanismes de sécrétion au sein des Alveolata et valide l'utilité des études comparatives entre espèces comme stratégie d'identification d'effecteurs de l'exocytose chez les Apicomplexes. En outre cette étude a permis l'identification d'un nouveau complexe protéique essentiel à la sécrétion des rhoptries chez T. gondii." }

{ "en": "Cellular senescence is a powerful tumor suppressor mechanism but, long-term senescence is deleterious for tissue homeostasis.", "fr": "La sénescence cellulaire est un puissant mécanisme suppresseur de tumeurs mais sa persistance est délétère pour l'homéostasie tissulaire." }

{ "en": "In these two proteins, the pattern chelate a zinc ion via its cysteine residues. The zinc-cysteine complexe is very stable, it suggests a probable role in protein stability. Data suggest that this operon contributes to the cell wall integrity.", "fr": "Dans les deux protéines, le motif chélate un ion de zinc par les résidus cystéines, formant un complexe très stable. Nos données suggèrent que cet opéron contribue à l'intégrité de la paroi cellulaire et que le zinc participe à la stabilité des protéines." }

{ "en": "Donor specific antibodies (DSA) seem to limit the expansion of transitional B cells, which are probably not associated with the ability of B cells to regulate T-cell proliferation in DSA+ patients.", "fr": "La présence d'anticorps spécifiques du donneur (DSA) semble limiter l'émergence des LB Tr., même si le pourcentage de cellules B CD24fortes CD38fortes n'est a priori pas associé avec la capacité du compartiment lymphocytaire B à réguler la prolifération des cellules T des patients alloimmunisés." }

{ "en": "20 genes were found to be essential.", "fr": "20 gènes se sont avérés être essentiels." }

{ "en": "Boltzmann machines gave birth to Diffusion networks which are also generative model based on the learning of a stochastic differential equation for dynamic and stochastic data.", "fr": "Les machines de Boltzmann ont donné naissance aux réseaux de diffusion. Il s'agit de modèles non supervisés qui reposent sur l'apprentissage d'une équation différentielle stochastique pour des données dynamiques et stochastiques." }

{ "en": "Although the American cockroach, Periplaneta americana, is a model in insect neurophysiology, few data describe the molecular structures at the base of the Nav.", "fr": "Bien que la blatte, Periplaneta americana, soit un modèle en neurophysiologie, il n'existe aucune donnée sur les structures moléculaires des canaux Nav de cette espèce." }

{ "en": "However, this methodology remains poorly applied to the organisms that genomes are not sequenced and therefore where there is no database of reference for peptides sequences.", "fr": "Cependant, cette méthodologie s'applique encore difficilement aux organismes dont les génomes n'ont pas été séquencés, et donc pour lesquels il n'existe pas de banques de séquences peptidiques de référence." }

{ "en": "Then, three different analyses, with corroborating results, validated tenderness markers and revealed main cellular pathways implied in tenderness, and generated tenderness prediction equations.", "fr": "Puis, trois analyses différentes, dont les résultats sont concordants, ont validé des marqueurs de tendreté et mis en lumière les principaux mécanismes cellulaires impliqués dans la tendreté, générant des équations de prédiction de la tendreté." }

{ "en": "We have chosen to focus on the detection ofneighboring reactions catalyzed by products of neighboring genes, where the notion of neighborhoodcan be modulated by allowing some reactions and/or genes to be skipped.", "fr": "Nousavons choisi de nous concentrer sur la détection de réactions métaboliques voisines catalysées par desproduits de gènes voisins, où la notion de voisinage peut être modulée en autorisant que certaines réactionset/ou gènes soient omis." }

{ "en": "We chose the human hepatic cell line HepaRG as our central model, because it displays functionalities that are close to primary human hepatocytes both at the phenotypic level and regarding the expression of biotransformation enzymes.", "fr": "La lignée cellulaire hépatique humaine HepaRG a été sélectionnée comme modèle d'étude pour ses fonctionnalités proches des hépatocytes primaires humains au niveau phénotypique, y compris sur le plan de l'expression des enzymes de biotransformation." }

{ "en": "So, I have designed and developed two software tools, NetGate and NetBuild, which will automatically perform these operations.", "fr": "J'ai donc conçu et développé deux outils logiciels, NetGate et NetBuild, qui vont réaliser automatiquement ces opérations." }

{ "en": "In the second part, we study the design of a robust control system that allows the vehicle to track the predefined trajectory for a dynamic model-changing helicopter due to the changes of dynamic coefficients such as the mass and moments of inertia.", "fr": "Dans la deuxième partie, nous étudions la conception d'un système de contrôle robuste qui permet au véhicule de suivre la trajectoire prédéfinie d'un hélicoptère à modèle dynamique variable en raison des changements de coefficients dynamiques tels que la masse et les moments d'inertie." }

{ "en": "Around 15% of screened women for BRCA1 and BRCA2 mutations carry one clearly pathogenic mutation in one of those two genes.", "fr": "Environ 15% des femmes testées pour les mutations de BRCA1 et BRCA2 sont porteuses d'une mutation clairement pathogénique dans un des deux gènes." }

{ "en": "Despite successful treatment of the primary tumor, metastases, that display a pronounced liver tropism, develop in 50% of patients. This implies the existence of a cellular subpopulation, that disseminate early during tumor progression dissemination.", "fr": "Malgré le succès du traitement primaire, plus de 50% des patients développent des métastases qui vont principalement envahir le foie, suggérant l'existence d'une sous-population cellulaire, responsable de la dissémination métastatique." }

{ "en": "In this context, the first part of the thesis focuses on the conception of bio-informatics services in the framework of the RUGBI grid which carry out the software and database deployment and update on grid resources.", "fr": "Dans ce contexte, la première partie de la thèse a porté sur la conception de services bio-informatiques sur grille. Ils facilitent le déploiement et la mise à jour sur la grille RUGBI de logiciels et de bases de données." }

{ "en": "Such abnormalities can be unique or multiple, single or syndromic, sporadic or of family origins.", "fr": "Il peut s'agir d'anomalies uniques ou multiples, isolées ou syndromiques, sporadiques ou familiales." }

{ "en": "In order to do this, a novel algorithm (RetroPath3.0) based on similarity-guided Monte Carlo Tree Search to improve the exploration of the search space is presented.", "fr": "Pour atteindre cet objectif, un nouvel algorithme (RetroPath3.0) fondé sur une recherche arborescente de Monte Carlo guidée par similarité est présenté." }

{ "en": "One of the current challenges in plant breeding is to ensure optimized and stable production in low-input cropping systems under fluctuating environments.", "fr": "Un des enjeux actuels de l'amélioration des plantes est d'assurer une production optimisée et stable dans des systèmes de culture économes en intrants et soumis à des environnements de plus en plus fluctuants." }

{ "en": "Compression levels of up to 95 have been obtained for complex biological networks.", "fr": "Des niveaux de compression allant jusqu'à 95 ont été obtenus pour des réseaux biologiques complexes." }

{ "en": "Based on a hierarchical model, the BSP++ library takes the hybrid architectures as native targets.", "fr": "Basée sur un modèle hiérarchique, la bibliothèque BSP++ prend les architectures hybrides comme cibles natives." }

{ "en": "The HPA consortium is funded by the Knut and Alice Wallenberg Foundation.", "fr": "Le consortium Human Protein Atlas HPA est financé par la Fondation Knut et Alice Wallenberg ." }

{ "en": "Each region of the studied DNA must therefore be sequenced several times, and the variants are then filtered according to criteria based on their depth.", "fr": "Chaque région de l'ADN étudié doit donc être séquencée plusieurs fois, et les variants sont alors filtrés en fonction de critères basés sur leur profondeur." }

{ "en": "MALDI-TOF mass spectrometry can offer a fast, straightforward and inexpensive answer.", "fr": "Dans ce contexte, la spectrométrie de masse MALDI-TOF peut offrir une réponse simple, rapide et peu coûteuse." }

{ "en": "Then, we compared our best genetic algorithm with another class of evolutionary algorithms : estimation of distribution algorithms. We show that an evolutionary approach enhanced by niching outperforms classical structure learning methods in elucidating the original model. Finally, it appears that estimation of distribution algorithms are a promising approach to extend this work.", "fr": "Nous mettons ainsi en avant la pertinence des approches evolutionnaires pour l'apprentissage de ces graphes d'interactions. Enfin, nous les comparons à une classe alternative d'algorithmes évolutionnaires qui s'avère particulièrement prometteuse : les algorithmes à estimation de distribution." }

{ "en": "The thesis presents a set ofworks, which can be complementary, aiming to treatthese problems.", "fr": "La thèse présente un ensemble de travaux,pouvant être complémentaires, visant à traiter cesproblématiques." }

{ "en": "Finally, using a lymphoblastoid cell line (LCL) in vitro model, we established a transcriptomic signature, including 32 genes predicting thiopurine cellular resistance.", "fr": "Enfin, à partir d'un modèle in vitro fondé sur des lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCL) sélectionnées, nous avons établi une signature transcriptomique, incluant 32 gènes, prédictive de la résistance aux thiopurines." }

{ "en": "This work allowed me to unravel a link between the chromatin dynamics, the genomic environment and the stochasticity of gene expression.", "fr": "Ce travail nous a permis de mettre en évidence un lien entre la dynamique chromatinienne, l'environnement génomique et la stochasticité de l'expression génique." }

{ "en": "The main goal of this PhD proposal is to extend graph learning and graph generation algorithms for 3D protein-ligand interactions and develop application scalable to 1B chemical space.", "fr": "L'objectif principal de cette proposition de doctorat est d'étendre les algorithmes d'apprentissage et de génération de graphes pour les interactions protéine-ligand 3D et de développer une application évolutive à l'espace chimique 1B." }

{ "en": "Then, in the detection of copy number variations from exome sequencing data, but under-explored by many laboratories.", "fr": "Puis, à la détection de variations de nombre de copies à partir de données de séquençage d'exomes, analyse souvent inexplorée par de nombreux laboratoires." }

{ "en": "These events may reveal loss of functions very instructive for understanding the evolution of species.", "fr": "Ces événements peuvent révéler des pertes de fonctions très instructives pour comprendre l'évolution des espèces." }

{ "en": "We have also shown that complex LH2 consist of a heterodimer ee polypeptides which can be heterogeneous, using mass spectrometry and chromatography.", "fr": "Par ailleurs, nous avons montré qu'un complexe LH2 peut être constitué d'hétérodimères de polypeptides tt hétérogènes à l'aide d'études de spectrométrie de masse et de chromatographie." }

{ "en": "Henceforth, one of the main challenges in medical genetics is no longer the detection of variations, but their functional and clinical interpretation.", "fr": "Désormais, l'un des principaux défis de la génétique médicale n'est donc plus la détection des variations, mais leur interprétation fonctionnelle et clinique." }

{ "en": "An example is the Rossman fold comprising several alternating α helices and parallel β strands.", "fr": "Un exemple est le pli Rossmann, qui comprend plusieurs hélices α alternées et brins β parallèles." }

{ "en": "Moreover, we observe that some parts of the 3D context seem to be better conserved than others between non-homologous occurrences.", "fr": "De plus, nous observons que certaines parties du contexte 3D semblent mieux conservées que d'autres entre occurrences non homologues." }

{ "en": "In fact, each instance may have structural and/or functional relationshipwith instances of other bags.", "fr": "En fait, chaque instance de chaque sac peut avoir une relation structurelle et/ou fonctionnelle avec d'autres instances dans d'autres sacs." }

{ "en": "Finally, the worst-case where the perturbations cannot be decoupled is presented and handled using H_/H_inf approach which is further enhanced utilizing the auxiliary output.", "fr": "Enfin, le pire cas où les perturbations ne peuvent être découplées est présenté et traité à l'aide de l'approche H_/H_inf qui est encore améliorée en utilisant la sortie auxiliaire." }

{ "en": "The MIMIC III database is therefore an opportunity to explore this field of resuscitation on a large number of patients The emergence of resistance to chemotherapy and targeted therapies is a major challenge for the treatment of cancer.", "fr": "La base de donnée MIMIC III constitue donc une opportunité pour explorer ce champ de la réanimation sur un grand nombre de patient. L'emergence de resistance a la chimioterapie et aux therapies ciblees est un challenge majeur pour le traitement du cancer." }

{ "en": "In the first chapter, we explore methods for identifying single nucleotide alterations in targeted sequencing data and apply them to a cohort of breast cancer patients.", "fr": "Dans le premier chapitre, il s'agît d'étudier des méthodes d'identification d'altérations ponctuelles dans le cadre de séquençage ciblé, appliquées à une cohorte de patientes atteintes du cancer du sein." }

{ "en": "Fourth, I analyzed the protein-protein interaction network obtained from entire bacterial cells.", "fr": "Quatrièmement, j'ai analysé le réseau d'interaction p-p obtenu à partir de cellules bactériennes entières." }

{ "en": "This is especially important considering the potential species loss due to global climate change.", "fr": "Ceci est particulièrement important compte tenu de la perte potentielle d'espèces due au changement climatique mondial." }

{ "en": "In animals andyeasts, carnitine is synthetized from trimethyllysine (TML) through 4 enzymatic steps.", "fr": "Chez les animaux et les levures, la carnitine est synthétisée à partir de la triméthyllysine (TML) via 4 réactions enzymatiques." }

{ "en": "Neglected for a long time by both pharmaceutical companies and academic laboratories because they were historically classified as difficult targets, PPIs are now getting into the groove due to the development of innovative methodologies and the growing number of small molecule compounds modulating these interactions. The study of PPI modulators has implications in both fundamental and therapeutics research.", "fr": "Les PPIs sont aujourd'hui sur le devant de la scène grâce au développement de méthodologies innovantes et la validation récente de molécules chimiques modulant ces interactions dans des essais précliniques.L'étude des modulateurs d'interactions protéine-protéine (PPIM), a des implications tant dans la recherche fondamentale que thérapeutique." }

{ "en": "The second step consisted in creating a numerical representation of mechanical properties of the physical model.", "fr": "La seconde étape consistait à créer un modèle numérique permettant de reproduire le comportement mécanique du modèle physique." }

{ "en": "While a gender-specific response, related to the interaction between gender and exposure factors, has been described following a modulation of certain polar lipids according to gender and a disruption of the kynurenin pathway only in males.", "fr": "Tandis qu'une réponse sexe-dépendante, reliée à l'interaction entre les facteurs sexe et exposition, a été décrite suite à une modulation de certains lipides polaires selon le sexe et une perturbation de la voie de la kynurénine uniquement chez les mâles." }

{ "en": "To overcome their relative lack of sensibility, new descriptors, specific towards iron-sulfur proteins identification were built: (i) co-conservation profiles of the metal ligands and (ii) tailored profile-HMMs for remote homologs detection.", "fr": "Pour pallier le relatif manque de sensibilité de ceux-ci, de nouveaux descripteurs ont été construits, dédiés spécifiquement à l'identification des protéines à centre fer-soufre : (i) des profils de co-conservation des ligands du métal et (ii) des profile-HMMs adaptés à la détection d'homologues distants." }

{ "en": "To better understand mechanisms of action of chemicals and move towards the development of AOPs, bioinformatics tools such as over representation analysis (ORA) were applied in the identification of potential pathways affected by chemicals.", "fr": "Afin de mieux comprendre les mécanismes d'action des substances chimiques et de progresser vers le développement d'AOP, des outils statistiques et bioinformatiques tels que l'analyse de surreprésentation ont été utilisés pour identifier des voies potentiellement affectées par les substances chimiques." }

{ "en": "A more compact data structure is used in order to represent plant architecture. The construction of this data structure require the identification of internal redundancies and taking into account both topological and geometrical informations.", "fr": "Après une détermination des redondances, nous utilisons une structure de données plus compacte pour représenter notamment l'architecture de la plante, celle-ci pouvant contenir des informations topologiques mais également géométriques." }

{ "en": "They are studied here in the scope of the evolution of the mammalian genomes.", "fr": "Ils sont ici étudiés dans le cadre de l'évolution des génomes de mammifères." }

{ "en": "In particular, changes occur on the inactive X in the haematopoietic system.", "fr": "En particulier, des changements se produisent au niveau du X inactif dans le système hématopoïétique." }

{ "en": "In the majority of cases, within the same protein, the amyloid-forming regions coexist with the other sequence motifs including intrinsically unstructured regions and structured domains.", "fr": "Dans la majorité des cas, au sein de la même protéine, les régions formant des amyloïdes peuvent coexister avec d'autres motifs incluant des régions intrinsèquement non structurées et des domaines structurés." }

{ "en": "The third chapter focuses on the application of metabolomic methodologies (LC-MS & NMR) for comparative analysis (between different species, origins, organs), chemotaxonomic studies (between species) and compound-activity correlations.", "fr": "Le troisième chapitre se concentre sur l'application de méthodologies métabolomique (RMN et LC-MS) pour l'analyse comparative (entre les différentes espèces, origines, organes), pour des études chimiotaxonomiques (entre les espèces) et pour la corrélation des composés contenus avec une activité pharmacologique." }

{ "en": "In a second project, we developed and evaluated a very simple epistasis detection method relying on interaction odds ratios.", "fr": "Dans un deuxième projet, nous avons développé et évalué une méthode de détection de l'épistasie basée sur les odds ratio d'interaction." }

{ "en": "Some other recent work has used artificial neural networks with a hidden layer.", "fr": "Récemment, d'autres travaux ont utilisé des réseaux de neurones artificiels avec une couche cachée." }

{ "en": "Our algorithm uses well-known techniques from Operational Research: Branch & Bound, Subgradient Descent and Lagrangian Relaxation.", "fr": "Cet algorithme utilise des techniques connues en recherche opérationnelle : la séparation-évaluation, la descente de sous-gradient et la relaxation lagrangienne." }

{ "en": "It allows, from the reads resulting from the metagenomic sequencing of phages, to assemble, annotate syntactically and functionally the different contigs, and finally to automatically predict if they are phages.", "fr": "Il permet, à partir des reads issus du séquençage métagénomique des phages, d'assembler, d'annoter syntaxiquement et fonctionnellement les différents contigs et enfin de prédire automatiquement s'ils sont des phages." }

{ "en": "Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a family of heterogeneous RNAs that play a major role in many cancers, particularly in melanomas.", "fr": "Les ARN longs non-codants (lncRNAs) constituent une famille d'ARN hétérogènes qui jouent un rôle majeur dans de nombreux cancers et notamment dans les mélanomes." }

{ "en": "As larger genomes and meta-genomes are being sequenced, the need for efficient computational methods for de novo assembly is increasing rapidly.", "fr": "Le séquençage ADN évolue désormais vers des génomes et méta-génomes de plus en plus grands. Ceci renforce la nécessité de méthodes efficaces pour l'assemblage de novo." }

{ "en": "Using the cost model of BSP++, BSPGen predicts and generates the appropriate hierarchical hybrid code for a given application on target architecture.", "fr": "Utilisant le modèle de coût de BSP++, BSPGen estime et génère le code hybride hiérarchique adéquat pour une application donnée sur une architecture cible." }

{ "en": "The study of transcriptomic profiles is thus essential to characterize the molecular mechanisms that govern the mycorrhizal symbiosis.", "fr": "L'étude des profils transcriptomiques est donc fondamentale afin de caractériser les mécanismes moléculaires gouvernant la symbiose mycorhizienne." }

{ "en": "This large number is associated with their status as commensal specie of humans.", "fr": "Ce nombre important est à associer à leur statut d'espèces commensales de l'homme." }

{ "en": "These bacteria cause diseases with similar symptoms that are collectively referred to as tenacibaculosis.", "fr": "Ces bactéries sont à l'origine de maladies aux symptômes similaires collectivement désignées sous le nom de ténacibaculoses." }

{ "en": "They can modify the architecture and the regulation of the genome, and be implicated in different pathological, congenital or acquired disorders.", "fr": "Ils peuvent modifier l'architecture et la régulation du génome, et sont ainsi impliqués dans de nombreux désordres pathologiques, congénitaux ou acquis." }

{ "en": "Despite several assays in varying experimental conditions, this approach has been unsuccessful.", "fr": "Malgré plusieurs essais réalisés en faisant varier les conditions expérimentales, cette approche s'est révélée infructueuse." }

{ "en": "The most advanced technique carried out on fixed and paraffin-embedded tissue consists of laser microdissection followed by mass spectrometry.", "fr": "La technique la plus innovante réalisée à partir d'un bloc de tissu fixé et inclus en paraffine repose sur la microdissection laser suivie par une spectrométrie de masse en tandem." }

{ "en": "The second part of my thesis consisted in the research of novel HIV inhibitors.", "fr": "Une seconde partie de ma thèse a consisté en la recherche de nouveaux inhibiteurs du VIH (Virus de l'Immunodéficience Humaine)." }

{ "en": "The first one is based on the assumption that if vertical inheritance is the major phenomenon of transmission of a domain between species, then one can identify a sub-tree containing a majority of species having the domain (and a minority lacking it).", "fr": "La première est basée sur l'hypothèse que si le phénomène majeur de transmission d'un domaine entre espèces est l'héritage vertical, alors on peut identifier un sous-arbre de la taxonomie contenant une majorité d'espèces ayant le domaine (et une minorité d'espèces n'ayant pas le domaine)." }

{ "en": "Computational tools allow to analyse new types of large scale datasets in a fast and efficient way.", "fr": "Les outils computationnels permettent l'analyse de nouveaux types de données à large échelle, de manière rapide et efficace." }

{ "en": "Hereditary Peripheral Neuropathies (PN) are characterized by various phenotypes and great genetic heterogeneity.", "fr": "Les neuropathies périphériques héréditaires (NP) sont caractérisées par des phénotypes très divers et une hétérogénéité génétique importante." }

{ "en": "Several clinical factors (number of invaded lymph nodes and/or presence of distant metastases) and histopathology (depth of tumor and presence of ulceration) are available to the clinician for determining prognosis and suggesting appropriate therapeutic management.", "fr": "Plusieurs éléments cliniques (nombre de ganglions lymphatiques envahis et/ou présence de métastases à distance) et histopathologiques (profondeur de tumeurs et présences d'ulcérations) sont à la disposition du clinicien pour déterminer le pronostic du patient et proposer une prise en charge thérapeutique adaptée." }

{ "en": "Understanding the mode of action of microRNAs requires the ability to identify short motifs, around 21 nucleotides in size, comprising up to 3-4 errors in a text whose size is in the order of 108-109 , representing a genome.", "fr": "Comprendre le mode d'action des microARN demande de pouvoir localiser de courts motifs, environ 21 nucléotides, comprenant jusqu'à 3 ou 4 erreurs dans un texte de l'ordre de 108 à 109 nucléotides, représentant un génome." }