Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-rebalanced

like 1

[ "def", "skip_cycles", "(", "self", ")", "->", "int", ":", "return", "sum", "(", "(", "int", "(", "re", ".", "sub", "(", "r'\\D'", ",", "''", ",", "op", ")", ")", "for", "op", "in", "self", ".", "skip_tokens", ")", ")" ]

[ "def", "block17", "(", "net", ",", "scale", "=", "1.0", ",", "activation_fn", "=", "tf", ".", "nn", ".", "relu", ",", "scope", "=", "None", ",", "reuse", "=", "None", ")", ":", "with", "tf", ".", "variable_scope", "(", "scope", ",", "'Block17'", ",", "[", "net", "]", ",", "reuse", "=", "reuse", ")", ":", "with", "tf", ".", "variable_scope", "(", "'Branch_0'", ")", ":", "tower_conv", "=", "slim", ".", "conv2d", "(", "net", ",", "192", ",", "1", ",", "scope", "=", "'Conv2d_1x1'", ")", "with", "tf", ".", "variable_scope", "(", "'Branch_1'", ")", ":", "tower_conv1_0", "=", "slim", ".", "conv2d", "(", "net", ",", "128", ",", "1", ",", "scope", "=", "'Conv2d_0a_1x1'", ")", "tower_conv1_1", "=", "slim", ".", "conv2d", "(", "tower_conv1_0", ",", "160", ",", "[", "1", ",", "7", "]", ",", "scope", "=", "'Conv2d_0b_1x7'", ")", "tower_conv1_2", "=", "slim", ".", "conv2d", "(", "tower_conv1_1", ",", "192", ",", "[", "7", ",", "1", "]", ",", "scope", "=", "'Conv2d_0c_7x1'", ")", "mixed", "=", "tf", ".", "concat", "(", "axis", "=", "3", ",", "values", "=", "[", "tower_conv", ",", "tower_conv1_2", "]", ")", "up", "=", "slim", ".", "conv2d", "(", "mixed", ",", "net", ".", "get_shape", "(", ")", "[", "3", "]", ",", "1", ",", "normalizer_fn", "=", "None", ",", "activation_fn", "=", "None", ",", "scope", "=", "'Conv2d_1x1'", ")", "net", "+=", "scale", "*", "up", "if", "activation_fn", ":", "net", "=", "activation_fn", "(", "net", ")", "return", "net" ]

[ "def", "lognormcdf", "(", "x", ",", "mu", ",", "tau", ")", ":", "x", "=", "np", ".", "atleast_1d", "(", "x", ")", "return", "np", ".", "array", "(", "[", "0.5", "*", "(", "1", "-", "flib", ".", "derf", "(", "-", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "tau", "/", "2", ")", ")", "*", "(", "np", ".", "log", "(", "y", ")", "-", "mu", ")", ")", ")", "for", "y", "in", "x", "]", ")" ]

[ "def", "magfit", "(", "logfile", ")", ":", "print", "(", "\"Processing log %s\"", "%", "filename", ")", "mlog", "=", "mavutil", ".", "mavlink_connection", "(", "filename", ",", "notimestamps", "=", "args", ".", "notimestamps", ")", "flying", "=", "False", "gps_heading", "=", "0.0", "data", "=", "[", "]", "# get the current mag offsets", "m", "=", "mlog", ".", "recv_match", "(", "type", "=", "'SENSOR_OFFSETS'", ",", "condition", "=", "args", ".", "condition", ")", "offsets", "=", "vec3", "(", "m", ".", "mag_ofs_x", ",", "m", ".", "mag_ofs_y", ",", "m", ".", "mag_ofs_z", ")", "attitude", "=", "mlog", ".", "recv_match", "(", "type", "=", "'ATTITUDE'", ",", "condition", "=", "args", ".", "condition", ")", "# now gather all the data", "while", "True", ":", "m", "=", "mlog", ".", "recv_match", "(", "condition", "=", "args", ".", "condition", ")", "if", "m", "is", "None", ":", "break", "if", "m", ".", "get_type", "(", ")", "==", "\"GPS_RAW\"", ":", "# flying if groundspeed more than 5 m/s", "flying", "=", "(", "m", ".", "v", ">", "args", ".", "minspeed", "and", "m", ".", "fix_type", "==", "2", ")", "gps_heading", "=", "m", ".", "hdg", "if", "m", ".", "get_type", "(", ")", "==", "\"GPS_RAW_INT\"", ":", "# flying if groundspeed more than 5 m/s", "flying", "=", "(", "m", ".", "vel", "/", "100", ">", "args", ".", "minspeed", "and", "m", ".", "fix_type", "==", "3", ")", "gps_heading", "=", "m", ".", "cog", "/", "100", "if", "m", ".", "get_type", "(", ")", "==", "\"ATTITUDE\"", ":", "attitude", "=", "m", "if", "m", ".", "get_type", "(", ")", "==", "\"SENSOR_OFFSETS\"", ":", "# update current offsets", "offsets", "=", "vec3", "(", "m", ".", "mag_ofs_x", ",", "m", ".", "mag_ofs_y", ",", "m", ".", "mag_ofs_z", ")", "if", "not", "flying", ":", "continue", "if", "m", ".", "get_type", "(", ")", "==", "\"RAW_IMU\"", ":", "data", ".", "append", "(", "(", "m", ".", "xmag", "-", "offsets", ".", "x", ",", "m", ".", "ymag", "-", "offsets", ".", "y", ",", "m", ".", "zmag", "-", "offsets", ".", "z", ",", "attitude", ".", "roll", ",", "attitude", ".", "pitch", ",", "gps_heading", ")", ")", "print", "(", "\"Extracted %u data points\"", "%", "len", "(", "data", ")", ")", "print", "(", "\"Current offsets: %s\"", "%", "offsets", ")", "ofs2", "=", "fit_data", "(", "data", ")", "print", "(", "\"Declination estimate: %.1f\"", "%", "ofs2", "[", "-", "1", "]", ")", "new_offsets", "=", "vec3", "(", "ofs2", "[", "0", "]", ",", "ofs2", "[", "1", "]", ",", "ofs2", "[", "2", "]", ")", "a", "=", "[", "[", "ofs2", "[", "3", "]", ",", "ofs2", "[", "4", "]", ",", "ofs2", "[", "5", "]", "]", ",", "[", "ofs2", "[", "6", "]", ",", "ofs2", "[", "7", "]", ",", "ofs2", "[", "8", "]", "]", ",", "[", "ofs2", "[", "9", "]", ",", "ofs2", "[", "10", "]", ",", "ofs2", "[", "11", "]", "]", "]", "print", "(", "a", ")", "print", "(", "\"New offsets : %s\"", "%", "new_offsets", ")" ]

[ "def", "get_metric", "(", "self", ",", "timestamp", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "points", ":", "return", "None", "with", "self", ".", "_points_lock", ":", "ts_list", "=", "get_timeseries_list", "(", "self", ".", "points", ",", "timestamp", ")", "return", "metric", ".", "Metric", "(", "self", ".", "descriptor", ",", "ts_list", ")" ]

[ "def", "list_job", "(", "jid", ",", "ext_source", "=", "None", ",", "display_progress", "=", "False", ")", ":", "ret", "=", "{", "'jid'", ":", "jid", "}", "mminion", "=", "salt", ".", "minion", ".", "MasterMinion", "(", "__opts__", ")", "returner", "=", "_get_returner", "(", "(", "__opts__", "[", "'ext_job_cache'", "]", ",", "ext_source", ",", "__opts__", "[", "'master_job_cache'", "]", ")", ")", "if", "display_progress", ":", "__jid_event__", ".", "fire_event", "(", "{", "'message'", ":", "'Querying returner: {0}'", ".", "format", "(", "returner", ")", "}", ",", "'progress'", ")", "job", "=", "mminion", ".", "returners", "[", "'{0}.get_load'", ".", "format", "(", "returner", ")", "]", "(", "jid", ")", "ret", ".", "update", "(", "_format_jid_instance", "(", "jid", ",", "job", ")", ")", "ret", "[", "'Result'", "]", "=", "mminion", ".", "returners", "[", "'{0}.get_jid'", ".", "format", "(", "returner", ")", "]", "(", "jid", ")", "fstr", "=", "'{0}.get_endtime'", ".", "format", "(", "__opts__", "[", "'master_job_cache'", "]", ")", "if", "(", "__opts__", ".", "get", "(", "'job_cache_store_endtime'", ")", "and", "fstr", "in", "mminion", ".", "returners", ")", ":", "endtime", "=", "mminion", ".", "returners", "[", "fstr", "]", "(", "jid", ")", "if", "endtime", ":", "ret", "[", "'EndTime'", "]", "=", "endtime", "return", "ret" ]

[ "def", "unravel", "(", "txt", ",", "binding", ",", "msgtype", "=", "\"response\"", ")", ":", "# logger.debug(\"unravel '%s'\", txt)", "if", "binding", "not", "in", "[", "BINDING_HTTP_REDIRECT", ",", "BINDING_HTTP_POST", ",", "BINDING_SOAP", ",", "BINDING_URI", ",", "BINDING_HTTP_ARTIFACT", ",", "None", "]", ":", "raise", "UnknownBinding", "(", "\"Don't know how to handle '%s'\"", "%", "binding", ")", "else", ":", "try", ":", "if", "binding", "==", "BINDING_HTTP_REDIRECT", ":", "xmlstr", "=", "decode_base64_and_inflate", "(", "txt", ")", "elif", "binding", "==", "BINDING_HTTP_POST", ":", "xmlstr", "=", "base64", ".", "b64decode", "(", "txt", ")", "elif", "binding", "==", "BINDING_SOAP", ":", "func", "=", "getattr", "(", "soap", ",", "\"parse_soap_enveloped_saml_%s\"", "%", "msgtype", ")", "xmlstr", "=", "func", "(", "txt", ")", "elif", "binding", "==", "BINDING_HTTP_ARTIFACT", ":", "xmlstr", "=", "base64", ".", "b64decode", "(", "txt", ")", "else", ":", "xmlstr", "=", "txt", "except", "Exception", ":", "raise", "UnravelError", "(", "\"Unravelling binding '%s' failed\"", "%", "binding", ")", "return", "xmlstr" ]

[ "def", "get_upper_triangle", "(", "correlation_matrix", ")", ":", "upper_triangle", "=", "correlation_matrix", ".", "where", "(", "np", ".", "triu", "(", "np", ".", "ones", "(", "correlation_matrix", ".", "shape", ")", ",", "k", "=", "1", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "bool", ")", ")", "# convert matrix into long form description", "upper_tri_df", "=", "upper_triangle", ".", "stack", "(", ")", ".", "reset_index", "(", "level", "=", "1", ")", "upper_tri_df", ".", "columns", "=", "[", "'rid'", ",", "'corr'", "]", "# Index at this point is cid, it now becomes a column", "upper_tri_df", ".", "reset_index", "(", "level", "=", "0", ",", "inplace", "=", "True", ")", "# Get rid of negative values", "upper_tri_df", "[", "'corr'", "]", "=", "upper_tri_df", "[", "'corr'", "]", ".", "clip", "(", "lower", "=", "0", ")", "return", "upper_tri_df", ".", "round", "(", "rounding_precision", ")" ]

[ "def", "popen_uci", "(", "cls", ",", "command", ":", "Union", "[", "str", ",", "List", "[", "str", "]", "]", ",", "*", ",", "timeout", ":", "Optional", "[", "float", "]", "=", "10.0", ",", "debug", ":", "bool", "=", "False", ",", "setpgrp", ":", "bool", "=", "False", ",", "*", "*", "popen_args", ":", "Any", ")", "->", "\"SimpleEngine\"", ":", "return", "cls", ".", "popen", "(", "UciProtocol", ",", "command", ",", "timeout", "=", "timeout", ",", "debug", "=", "debug", ",", "setpgrp", "=", "setpgrp", ",", "*", "*", "popen_args", ")" ]

[ "def", "get_ip_address_info", "(", "ip_address", ",", "cache", "=", "None", ",", "nameservers", "=", "None", ",", "timeout", "=", "2.0", ",", "parallel", "=", "False", ")", ":", "ip_address", "=", "ip_address", ".", "lower", "(", ")", "if", "cache", ":", "info", "=", "cache", ".", "get", "(", "ip_address", ",", "None", ")", "if", "info", ":", "return", "info", "info", "=", "OrderedDict", "(", ")", "info", "[", "\"ip_address\"", "]", "=", "ip_address", "reverse_dns", "=", "get_reverse_dns", "(", "ip_address", ",", "nameservers", "=", "nameservers", ",", "timeout", "=", "timeout", ")", "country", "=", "get_ip_address_country", "(", "ip_address", ",", "parallel", "=", "parallel", ")", "info", "[", "\"country\"", "]", "=", "country", "info", "[", "\"reverse_dns\"", "]", "=", "reverse_dns", "info", "[", "\"base_domain\"", "]", "=", "None", "if", "reverse_dns", "is", "not", "None", ":", "base_domain", "=", "get_base_domain", "(", "reverse_dns", ")", "info", "[", "\"base_domain\"", "]", "=", "base_domain", "return", "info" ]

[ "def", "zoomTo", "(", "self", ",", "bbox", ")", ":", "self", ".", "fixPoint", "(", "self", ".", "plotviewBox", ".", "xymin", ",", "bbox", ".", "xymin", ")", "self", ".", "zoomlevel", "=", "max", "(", "bbox", ".", "w", "/", "self", ".", "canvasBox", ".", "w", ",", "bbox", ".", "h", "/", "self", ".", "canvasBox", ".", "h", ")" ]

[ "def", "transcribe", "(", "records", ",", "transcribe", ")", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Applying _transcribe generator: '", "'operation to perform is '", "+", "transcribe", "+", "'.'", ")", "for", "record", "in", "records", ":", "sequence", "=", "str", "(", "record", ".", "seq", ")", "description", "=", "record", ".", "description", "name", "=", "record", ".", "id", "if", "transcribe", "==", "'dna2rna'", ":", "dna", "=", "Seq", "(", "sequence", ",", "IUPAC", ".", "ambiguous_dna", ")", "rna", "=", "dna", ".", "transcribe", "(", ")", "yield", "SeqRecord", "(", "rna", ",", "id", "=", "name", ",", "description", "=", "description", ")", "elif", "transcribe", "==", "'rna2dna'", ":", "rna", "=", "Seq", "(", "sequence", ",", "IUPAC", ".", "ambiguous_rna", ")", "dna", "=", "rna", ".", "back_transcribe", "(", ")", "yield", "SeqRecord", "(", "dna", ",", "id", "=", "name", ",", "description", "=", "description", ")" ]

[ "def", "deleteSNPs", "(", "setName", ")", ":", "con", "=", "conf", ".", "db", "try", ":", "SMaster", "=", "SNPMaster", "(", "setName", "=", "setName", ")", "con", ".", "beginTransaction", "(", ")", "SNPType", "=", "SMaster", ".", "SNPType", "con", ".", "delete", "(", "SNPType", ",", "'setName = ?'", ",", "(", "setName", ",", ")", ")", "SMaster", ".", "delete", "(", ")", "con", ".", "endTransaction", "(", ")", "except", "KeyError", ":", "raise", "KeyError", "(", "\"Can't delete the setName %s because i can't find it in SNPMaster, maybe there's not set by that name\"", "%", "setName", ")", "#~ printf(\"can't delete the setName %s because i can't find it in SNPMaster, maybe there's no set by that name\" % setName)", "return", "False", "return", "True" ]

[ "def", "parse_slab_stats", "(", "slab_stats", ")", ":", "stats_dict", "=", "{", "'slabs'", ":", "defaultdict", "(", "lambda", ":", "{", "}", ")", "}", "for", "line", "in", "slab_stats", ".", "splitlines", "(", ")", ":", "if", "line", "==", "'END'", ":", "break", "# e.g.: \"STAT 1:chunks_per_page 10922\"", "cmd", ",", "key", ",", "value", "=", "line", ".", "split", "(", "' '", ")", "if", "cmd", "!=", "'STAT'", ":", "continue", "# e.g.: \"STAT active_slabs 1\"", "if", "\":\"", "not", "in", "key", ":", "stats_dict", "[", "key", "]", "=", "int", "(", "value", ")", "continue", "slab", ",", "key", "=", "key", ".", "split", "(", "':'", ")", "stats_dict", "[", "'slabs'", "]", "[", "int", "(", "slab", ")", "]", "[", "key", "]", "=", "int", "(", "value", ")", "return", "stats_dict" ]

[ "def", "items", "(", "self", ")", ":", "return", "(", "list", "(", "self", ".", "_pb", ".", "IntMap", ".", "items", "(", ")", ")", "+", "list", "(", "self", ".", "_pb", ".", "StringMap", ".", "items", "(", ")", ")", "+", "list", "(", "self", ".", "_pb", ".", "FloatMap", ".", "items", "(", ")", ")", "+", "list", "(", "self", ".", "_pb", ".", "BoolMap", ".", "items", "(", ")", ")", ")" ]

[ "def", "array_to_schema", "(", "arr", ",", "*", "*", "options", ")", ":", "(", "typemap", ",", "strict", ")", "=", "_process_options", "(", "*", "*", "options", ")", "arr", "=", "list", "(", "arr", ")", "scm", "=", "dict", "(", "type", "=", "typemap", "[", "list", "]", ",", "items", "=", "gen_schema", "(", "arr", "[", "0", "]", "if", "arr", "else", "\"str\"", ",", "*", "*", "options", ")", ")", "if", "strict", ":", "nitems", "=", "len", "(", "arr", ")", "scm", "[", "\"minItems\"", "]", "=", "nitems", "scm", "[", "\"uniqueItems\"", "]", "=", "len", "(", "set", "(", "arr", ")", ")", "==", "nitems", "return", "scm" ]

[ "def", "_spin", "(", "coordinates", ",", "theta", ",", "around", ")", ":", "around", "=", "np", ".", "asarray", "(", "around", ")", ".", "reshape", "(", "3", ")", "if", "np", ".", "array_equal", "(", "around", ",", "np", ".", "zeros", "(", "3", ")", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Cannot spin around a zero vector'", ")", "center_pos", "=", "np", ".", "mean", "(", "coordinates", ",", "axis", "=", "0", ")", "coordinates", "-=", "center_pos", "coordinates", "=", "_rotate", "(", "coordinates", ",", "theta", ",", "around", ")", "coordinates", "+=", "center_pos", "return", "coordinates" ]

[ "def", "write_data", "(", "self", ",", "data", ",", "dstart", "=", "None", ",", "swap_axes", "=", "True", ")", ":", "if", "dstart", "is", "None", ":", "shape", "=", "self", ".", "data_shape", "dstart", "=", "int", "(", "self", ".", "header_size", ")", "elif", "dstart", "<", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`dstart` must be non-negative, got {}'", "''", ".", "format", "(", "dstart", ")", ")", "else", ":", "shape", "=", "-", "1", "dstart", "=", "int", "(", "dstart", ")", "if", "dstart", "<", "self", ".", "header_size", ":", "raise", "ValueError", "(", "'invalid `dstart`, resulting in absolute '", "'`dstart` < `header_size` ({} < {})'", "''", ".", "format", "(", "dstart", ",", "self", ".", "header_size", ")", ")", "data", "=", "np", ".", "asarray", "(", "data", ",", "dtype", "=", "self", ".", "data_dtype", ")", ".", "reshape", "(", "shape", ")", "if", "swap_axes", ":", "# Need to argsort here since `data_axis_order` tells", "# \"which axis comes from where\", which is the inverse of what the", "# `transpose` function needs.", "data", "=", "np", ".", "transpose", "(", "data", ",", "axes", "=", "np", ".", "argsort", "(", "self", ".", "data_axis_order", ")", ")", "assert", "data", ".", "shape", "==", "self", ".", "data_storage_shape", "data", "=", "data", ".", "reshape", "(", "-", "1", ",", "order", "=", "'F'", ")", "self", ".", "file", ".", "seek", "(", "dstart", ")", "data", ".", "tofile", "(", "self", ".", "file", ")" ]

[ "def", "num_available_breakpoints", "(", "self", ",", "arm", "=", "False", ",", "thumb", "=", "False", ",", "ram", "=", "False", ",", "flash", "=", "False", ",", "hw", "=", "False", ")", ":", "flags", "=", "[", "enums", ".", "JLinkBreakpoint", ".", "ARM", ",", "enums", ".", "JLinkBreakpoint", ".", "THUMB", ",", "enums", ".", "JLinkBreakpoint", ".", "SW_RAM", ",", "enums", ".", "JLinkBreakpoint", ".", "SW_FLASH", ",", "enums", ".", "JLinkBreakpoint", ".", "HW", "]", "set_flags", "=", "[", "arm", ",", "thumb", ",", "ram", ",", "flash", ",", "hw", "]", "if", "not", "any", "(", "set_flags", ")", ":", "flags", "=", "enums", ".", "JLinkBreakpoint", ".", "ANY", "else", ":", "flags", "=", "list", "(", "f", "for", "i", ",", "f", "in", "enumerate", "(", "flags", ")", "if", "set_flags", "[", "i", "]", ")", "flags", "=", "functools", ".", "reduce", "(", "operator", ".", "__or__", ",", "flags", ",", "0", ")", "return", "self", ".", "_dll", ".", "JLINKARM_GetNumBPUnits", "(", "flags", ")" ]

[ "def", "convert", "(", "in_file", ",", "out_file", ",", "in_fmt", "=", "\"\"", ",", "out_fmt", "=", "\"\"", ")", ":", "# First verify that in_file exists and out_file doesn't.", "in_file", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "in_file", ")", "out_file", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "out_file", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "in_file", ")", ":", "raise", "IOError", "(", "\"Input file {0} does not exist, stopping...\"", ".", "format", "(", "in_file", ")", ")", "# Get formats, either by explicitly naming them or by guessing.", "# TODO: It'd be neat to check here if an explicit fmt matches the guess.", "in_fmt", "=", "in_fmt", ".", "lower", "(", ")", "or", "_guess_format_from_extension", "(", "in_file", ".", "split", "(", "'.'", ")", "[", "-", "1", "]", ".", "lower", "(", ")", ")", "out_fmt", "=", "out_fmt", ".", "lower", "(", ")", "or", "_guess_format_from_extension", "(", "out_file", ".", "split", "(", "'.'", ")", "[", "-", "1", "]", ".", "lower", "(", ")", ")", "if", "not", "in_fmt", "or", "not", "out_fmt", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Cannot determine conversion formats.\"", ")", "return", "False", "if", "in_fmt", "is", "out_fmt", ":", "# This is the case when this module (intended for LONI) is used", "# indescriminately to 'funnel' data into one format.", "shutil", ".", "copyfileobj", "(", "in_file", ",", "out_file", ")", "return", "out_file", "# Import", "if", "in_fmt", "==", "'hdf5'", ":", "from", ".", "import", "hdf5", "data", "=", "hdf5", ".", "load", "(", "in_file", ")", "elif", "in_fmt", "==", "'tiff'", ":", "from", ".", "import", "tiff", "data", "=", "tiff", ".", "load", "(", "in_file", ")", "elif", "in_fmt", "==", "'png'", ":", "from", ".", "import", "png", "data", "=", "png", ".", "load", "(", "in_file", ")", "else", ":", "return", "_fail_pair_conversion", "(", "in_fmt", ",", "out_fmt", ")", "# Export", "if", "out_fmt", "==", "'hdf5'", ":", "from", ".", "import", "hdf5", "return", "hdf5", ".", "save", "(", "out_file", ",", "data", ")", "elif", "out_fmt", "==", "'tiff'", ":", "from", ".", "import", "tiff", "return", "tiff", ".", "save", "(", "out_file", ",", "data", ")", "elif", "out_fmt", "==", "'png'", ":", "from", ".", "import", "png", "return", "png", ".", "export_png", "(", "out_file", ",", "data", ")", "else", ":", "return", "_fail_pair_conversion", "(", "in_fmt", ",", "out_fmt", ")", "return", "_fail_pair_conversion", "(", "in_fmt", ",", "out_fmt", ")" ]

[ "def", "is_first", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "value", "==", "self", ".", "_defaults", "[", "'ai.session.isFirst'", "]", "and", "'ai.session.isFirst'", "in", "self", ".", "_values", ":", "del", "self", ".", "_values", "[", "'ai.session.isFirst'", "]", "else", ":", "self", ".", "_values", "[", "'ai.session.isFirst'", "]", "=", "value" ]

[ "def", "value_nth_person", "(", "self", ",", "n", ",", "array", ",", "default", "=", "0", ")", ":", "self", ".", "members", ".", "check_array_compatible_with_entity", "(", "array", ")", "positions", "=", "self", ".", "members_position", "nb_persons_per_entity", "=", "self", ".", "nb_persons", "(", ")", "members_map", "=", "self", ".", "ordered_members_map", "result", "=", "self", ".", "filled_array", "(", "default", ",", "dtype", "=", "array", ".", "dtype", ")", "# For households that have at least n persons, set the result as the value of criteria for the person for which the position is n.", "# The map is needed b/c the order of the nth persons of each household in the persons vector is not necessarily the same than the household order.", "result", "[", "nb_persons_per_entity", ">", "n", "]", "=", "array", "[", "members_map", "]", "[", "positions", "[", "members_map", "]", "==", "n", "]", "return", "result" ]

[ "def", "login_required", "(", "function", "=", "None", ",", "message", "=", "None", ",", "login_url", "=", "None", ")", ":", "actual_decorator", "=", "user_passes_test", "(", "lambda", "u", ":", "u", ".", "is_authenticated", "(", ")", ",", "message", "=", "message", ",", "login_url", "=", "login_url", ")", "if", "function", ":", "return", "actual_decorator", "(", "function", ")", "return", "actual_decorator" ]

[ "def", "path_regex", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "locale_build", ":", "return", "self", ".", "build_list_regex", "return", "'%s/'", "%", "urljoin", "(", "self", ".", "build_list_regex", ",", "self", ".", "builds", "[", "self", ".", "build_index", "]", ")" ]

[ "def", "dropzoneAt", "(", "self", ",", "point", ")", ":", "for", "dropzone", "in", "self", ".", "_dropzones", ":", "rect", "=", "dropzone", ".", "rect", "(", ")", "if", "(", "rect", ".", "contains", "(", "point", ")", ")", ":", "return", "dropzone", "return", "None" ]

[ "def", "on_click", "(", "self", ",", "button", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "actions", "=", "[", "'leftclick'", ",", "'middleclick'", ",", "'rightclick'", ",", "'upscroll'", ",", "'downscroll'", "]", "try", ":", "action", "=", "actions", "[", "button", "-", "1", "]", "except", "(", "TypeError", ",", "IndexError", ")", ":", "self", ".", "__log_button_event", "(", "button", ",", "None", ",", "None", ",", "\"Other button\"", ")", "action", "=", "\"otherclick\"", "m_click", "=", "self", ".", "__multi_click", "with", "m_click", ".", "lock", ":", "double", "=", "m_click", ".", "check_double", "(", "button", ")", "double_action", "=", "'double%s'", "%", "action", "if", "double", ":", "action", "=", "double_action", "# Get callback function", "cb", "=", "getattr", "(", "self", ",", "'on_%s'", "%", "action", ",", "None", ")", "double_handler", "=", "getattr", "(", "self", ",", "'on_%s'", "%", "double_action", ",", "None", ")", "delay_execution", "=", "(", "not", "double", "and", "double_handler", ")", "if", "delay_execution", ":", "m_click", ".", "set_timer", "(", "button", ",", "cb", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "self", ".", "__button_callback_handler", "(", "button", ",", "cb", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "def", "variations", "(", "word", ")", ":", "if", "len", "(", "word", ")", "==", "1", ":", "return", "[", "[", "word", "[", "0", "]", "]", "]", "elif", "word", "==", "'aa'", ":", "return", "[", "[", "'A'", "]", "]", "elif", "word", "==", "'ee'", ":", "return", "[", "[", "'i'", "]", "]", "elif", "word", "==", "'ei'", ":", "return", "[", "[", "'ei'", "]", "]", "elif", "word", "in", "[", "'oo'", ",", "'ou'", "]", ":", "return", "[", "[", "'u'", "]", "]", "elif", "word", "==", "'kha'", ":", "return", "[", "[", "'kha'", "]", ",", "[", "'kh'", ",", "'a'", "]", "]", "elif", "word", "in", "[", "'kh'", ",", "'gh'", ",", "'ch'", ",", "'sh'", ",", "'zh'", ",", "'ck'", "]", ":", "return", "[", "[", "word", "]", "]", "elif", "word", "in", "[", "\"'ee\"", ",", "\"'ei\"", "]", ":", "return", "[", "[", "\"'i\"", "]", "]", "elif", "word", "in", "[", "\"'oo\"", ",", "\"'ou\"", "]", ":", "return", "[", "[", "\"'u\"", "]", "]", "elif", "word", "in", "[", "\"a'\"", ",", "\"e'\"", ",", "\"o'\"", ",", "\"i'\"", ",", "\"u'\"", ",", "\"A'\"", "]", ":", "return", "[", "[", "word", "[", "0", "]", "+", "\"'\"", "]", "]", "elif", "word", "in", "[", "\"'a\"", ",", "\"'e\"", ",", "\"'o\"", ",", "\"'i\"", ",", "\"'u\"", ",", "\"'A\"", "]", ":", "return", "[", "[", "\"'\"", "+", "word", "[", "1", "]", "]", "]", "elif", "len", "(", "word", ")", "==", "2", "and", "word", "[", "0", "]", "==", "word", "[", "1", "]", ":", "return", "[", "[", "word", "[", "0", "]", "]", "]", "if", "word", "[", ":", "2", "]", "==", "'aa'", ":", "return", "[", "[", "'A'", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "2", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "2", "]", "==", "'ee'", ":", "return", "[", "[", "'i'", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "2", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "2", "]", "in", "[", "'oo'", ",", "'ou'", "]", ":", "return", "[", "[", "'u'", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "2", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "3", "]", "==", "'kha'", ":", "return", "[", "[", "'kha'", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "3", ":", "]", ")", "]", "+", "[", "[", "'kh'", ",", "'a'", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "3", ":", "]", ")", "]", "+", "[", "[", "'k'", ",", "'h'", ",", "'a'", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "3", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "2", "]", "in", "[", "'kh'", ",", "'gh'", ",", "'ch'", ",", "'sh'", ",", "'zh'", ",", "'ck'", "]", ":", "return", "[", "[", "word", "[", ":", "2", "]", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "2", ":", "]", ")", "]", "+", "[", "[", "word", "[", "0", "]", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "1", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "2", "]", "in", "[", "\"a'\"", ",", "\"e'\"", ",", "\"o'\"", ",", "\"i'\"", ",", "\"u'\"", ",", "\"A'\"", "]", ":", "return", "[", "[", "word", "[", ":", "2", "]", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "2", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "3", "]", "in", "[", "\"'ee\"", ",", "\"'ei\"", "]", ":", "return", "[", "[", "\"'i\"", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "3", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "3", "]", "in", "[", "\"'oo\"", ",", "\"'ou\"", "]", ":", "return", "[", "[", "\"'u\"", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "3", ":", "]", ")", "]", "elif", "word", "[", ":", "2", "]", "in", "[", "\"'a\"", ",", "\"'e\"", ",", "\"'o\"", ",", "\"'i\"", ",", "\"'u\"", ",", "\"'A\"", "]", ":", "return", "[", "[", "word", "[", ":", "2", "]", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "2", ":", "]", ")", "]", "elif", "len", "(", "word", ")", ">=", "2", "and", "word", "[", "0", "]", "==", "word", "[", "1", "]", ":", "return", "[", "[", "word", "[", "0", "]", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "2", ":", "]", ")", "]", "else", ":", "return", "[", "[", "word", "[", "0", "]", "]", "+", "i", "for", "i", "in", "variations", "(", "word", "[", "1", ":", "]", ")", "]" ]

[ "def", "tokenizer", "(", "text", ")", ":", "stream", "=", "deque", "(", "text", ".", "split", "(", "\"\\n\"", ")", ")", "while", "len", "(", "stream", ")", ">", "0", ":", "line", "=", "stream", ".", "popleft", "(", ")", "if", "line", ".", "startswith", "(", "\"#METABOLOMICS WORKBENCH\"", ")", ":", "yield", "KeyValue", "(", "\"#METABOLOMICS WORKBENCH\"", ",", "\"\\n\"", ")", "yield", "KeyValue", "(", "\"HEADER\"", ",", "line", ")", "for", "identifier", "in", "line", ".", "split", "(", "\" \"", ")", ":", "if", "\":\"", "in", "identifier", ":", "key", ",", "value", "=", "identifier", ".", "split", "(", "\":\"", ")", "yield", "KeyValue", "(", "key", ",", "value", ")", "elif", "line", ".", "startswith", "(", "\"#ANALYSIS TYPE\"", ")", ":", "yield", "KeyValue", "(", "\"HEADER\"", ",", "line", ")", "elif", "line", ".", "startswith", "(", "\"#SUBJECT_SAMPLE_FACTORS:\"", ")", ":", "yield", "KeyValue", "(", "\"#ENDSECTION\"", ",", "\"\\n\"", ")", "yield", "KeyValue", "(", "\"#SUBJECT_SAMPLE_FACTORS\"", ",", "\"\\n\"", ")", "elif", "line", ".", "startswith", "(", "\"#\"", ")", ":", "yield", "KeyValue", "(", "\"#ENDSECTION\"", ",", "\"\\n\"", ")", "yield", "KeyValue", "(", "line", ".", "strip", "(", ")", ",", "\"\\n\"", ")", "elif", "line", ".", "startswith", "(", "\"SUBJECT_SAMPLE_FACTORS\"", ")", ":", "key", ",", "subject_type", ",", "local_sample_id", ",", "factors", ",", "additional_sample_data", "=", "line", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", "# factors = [dict([[i.strip() for i in f.split(\":\")]]) for f in factors.split(\"|\")]", "yield", "SubjectSampleFactors", "(", "key", ".", "strip", "(", ")", ",", "subject_type", ",", "local_sample_id", ",", "factors", ",", "additional_sample_data", ")", "elif", "line", ".", "endswith", "(", "\"_START\"", ")", ":", "yield", "KeyValue", "(", "line", ",", "\"\\n\"", ")", "while", "not", "line", ".", "endswith", "(", "\"_END\"", ")", ":", "line", "=", "stream", ".", "popleft", "(", ")", "if", "line", ".", "endswith", "(", "\"_END\"", ")", ":", "yield", "KeyValue", "(", "line", ".", "strip", "(", ")", ",", "\"\\n\"", ")", "else", ":", "data", "=", "line", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", "yield", "KeyValue", "(", "data", "[", "0", "]", ",", "tuple", "(", "data", ")", ")", "else", ":", "if", "line", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "\"MS:MS_RESULTS_FILE\"", ")", "or", "line", ".", "startswith", "(", "\"NM:NMR_RESULTS_FILE\"", ")", ":", "try", ":", "key", ",", "value", ",", "extra", "=", "line", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", "extra_key", ",", "extra_value", "=", "extra", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "\":\"", ")", "yield", "KeyValueExtra", "(", "key", ".", "strip", "(", ")", "[", "3", ":", "]", ",", "value", ",", "extra_key", ",", "extra_value", ")", "except", "ValueError", ":", "key", ",", "value", "=", "line", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", "yield", "KeyValue", "(", "key", ".", "strip", "(", ")", "[", "3", ":", "]", ",", "value", ")", "else", ":", "try", ":", "key", ",", "value", "=", "line", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", "if", "\":\"", "in", "key", ":", "if", "key", ".", "startswith", "(", "\"MS_METABOLITE_DATA:UNITS\"", ")", ":", "yield", "KeyValue", "(", "key", ".", "strip", "(", ")", ",", "value", ")", "else", ":", "yield", "KeyValue", "(", "key", ".", "strip", "(", ")", "[", "3", ":", "]", ",", "value", ")", "else", ":", "yield", "KeyValue", "(", "key", ".", "strip", "(", ")", ",", "value", ")", "except", "ValueError", ":", "print", "(", "\"LINE WITH ERROR:\\n\\t\"", ",", "repr", "(", "line", ")", ")", "raise", "yield", "KeyValue", "(", "\"#ENDSECTION\"", ",", "\"\\n\"", ")", "yield", "KeyValue", "(", "\"!#ENDFILE\"", ",", "\"\\n\"", ")" ]

[ "def", "getAttributeName", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "if", "self", ".", "func_aname", "is", "None", ":", "return", "name", "assert", "callable", "(", "self", ".", "func_aname", ")", ",", "'expecting callable method for attribute func_aname, not %s'", "%", "type", "(", "self", ".", "func_aname", ")", "f", "=", "self", ".", "func_aname", "return", "f", "(", "name", ")" ]

[ "def", "create_shell", "(", "console", ",", "manage_dict", "=", "None", ",", "extra_vars", "=", "None", ",", "exit_hooks", "=", "None", ")", ":", "manage_dict", "=", "manage_dict", "or", "MANAGE_DICT", "_vars", "=", "globals", "(", ")", "_vars", ".", "update", "(", "locals", "(", ")", ")", "auto_imported", "=", "import_objects", "(", "manage_dict", ")", "if", "extra_vars", ":", "auto_imported", ".", "update", "(", "extra_vars", ")", "_vars", ".", "update", "(", "auto_imported", ")", "msgs", "=", "[", "]", "if", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", "[", "'banner'", "]", "[", "'enabled'", "]", ":", "msgs", ".", "append", "(", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", "[", "'banner'", "]", "[", "'message'", "]", ".", "format", "(", "*", "*", "manage_dict", ")", ")", "if", "auto_imported", "and", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", "[", "'auto_import'", "]", "[", "'display'", "]", ":", "auto_imported_names", "=", "[", "key", "for", "key", "in", "auto_imported", ".", "keys", "(", ")", "if", "key", "not", "in", "[", "'__builtins__'", ",", "'builtins'", "]", "]", "msgs", ".", "append", "(", "'\\tAuto imported: {0}\\n'", ".", "format", "(", "auto_imported_names", ")", ")", "banner_msg", "=", "u'\\n'", ".", "join", "(", "msgs", ")", "exec_init", "(", "manage_dict", ",", "_vars", ")", "exec_init_script", "(", "manage_dict", ",", "_vars", ")", "atexit_functions", "=", "[", "import_string", "(", "func_name", ")", "for", "func_name", "in", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", ".", "get", "(", "'exit_hooks'", ",", "[", "]", ")", "]", "atexit_functions", "+=", "exit_hooks", "or", "[", "]", "for", "atexit_function", "in", "atexit_functions", ":", "atexit", ".", "register", "(", "atexit_function", ")", "if", "console", "==", "'ptpython'", ":", "try", ":", "from", "ptpython", ".", "repl", "import", "embed", "embed", "(", "{", "}", ",", "_vars", ")", "except", "ImportError", ":", "click", ".", "echo", "(", "\"ptpython is not installed!\"", ")", "return", "if", "console", "==", "'bpython'", ":", "try", ":", "from", "bpython", "import", "embed", "embed", "(", "locals_", "=", "_vars", ",", "banner", "=", "banner_msg", ")", "except", "ImportError", ":", "click", ".", "echo", "(", "\"bpython is not installed!\"", ")", "return", "try", ":", "if", "console", "==", "'ipython'", ":", "from", "IPython", "import", "start_ipython", "from", "traitlets", ".", "config", "import", "Config", "c", "=", "Config", "(", ")", "c", ".", "TerminalInteractiveShell", ".", "banner2", "=", "banner_msg", "c", ".", "InteractiveShellApp", ".", "extensions", "=", "[", "extension", "for", "extension", "in", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", ".", "get", "(", "'ipython_extensions'", ",", "[", "]", ")", "]", "c", ".", "InteractiveShellApp", ".", "exec_lines", "=", "[", "exec_line", "for", "exec_line", "in", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", ".", "get", "(", "'ipython_exec_lines'", ",", "[", "]", ")", "]", "if", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", ".", "get", "(", "'ipython_auto_reload'", ",", "True", ")", "is", "True", ":", "c", ".", "InteractiveShellApp", ".", "extensions", ".", "append", "(", "'autoreload'", ")", "c", ".", "InteractiveShellApp", ".", "exec_lines", ".", "append", "(", "'%autoreload 2'", ")", "start_ipython", "(", "argv", "=", "[", "]", ",", "user_ns", "=", "_vars", ",", "config", "=", "c", ")", "else", ":", "raise", "ImportError", "except", "ImportError", ":", "if", "manage_dict", "[", "'shell'", "]", "[", "'readline_enabled'", "]", ":", "import", "readline", "import", "rlcompleter", "readline", ".", "set_completer", "(", "rlcompleter", ".", "Completer", "(", "_vars", ")", ".", "complete", ")", "readline", ".", "parse_and_bind", "(", "'tab: complete'", ")", "shell", "=", "code", ".", "InteractiveConsole", "(", "_vars", ")", "shell", ".", "interact", "(", "banner", "=", "banner_msg", ")" ]

[ "def", "pt2leaf", "(", "self", ",", "x", ")", ":", "if", "self", ".", "leafnode", ":", "return", "self", "else", ":", "if", "x", "[", "self", ".", "split_dim", "]", "<", "self", ".", "split_value", ":", "return", "self", ".", "lower", ".", "pt2leaf", "(", "x", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "greater", ".", "pt2leaf", "(", "x", ")" ]

[ "def", "cmd_init_pull_from_cloud", "(", "args", ")", ":", "(", "lcat", ",", "ccat", ")", "=", "(", "args", ".", "local_catalog", ",", "args", ".", "cloud_catalog", ")", "logging", ".", "info", "(", "\"[init-pull-from-cloud]: %s => %s\"", "%", "(", "ccat", ",", "lcat", ")", ")", "if", "isfile", "(", "lcat", ")", ":", "args", ".", "error", "(", "\"[init-pull-from-cloud] The local catalog already exist: %s\"", "%", "lcat", ")", "if", "not", "isfile", "(", "ccat", ")", ":", "args", ".", "error", "(", "\"[init-pull-from-cloud] The cloud catalog does not exist: %s\"", "%", "ccat", ")", "(", "lmeta", ",", "cmeta", ")", "=", "(", "\"%s.lrcloud\"", "%", "lcat", ",", "\"%s.lrcloud\"", "%", "ccat", ")", "if", "isfile", "(", "lmeta", ")", ":", "args", ".", "error", "(", "\"[init-pull-from-cloud] The local meta-data already exist: %s\"", "%", "lmeta", ")", "if", "not", "isfile", "(", "cmeta", ")", ":", "args", ".", "error", "(", "\"[init-pull-from-cloud] The cloud meta-data does not exist: %s\"", "%", "cmeta", ")", "#Let's \"lock\" the local catalog", "logging", ".", "info", "(", "\"Locking local catalog: %s\"", "%", "(", "lcat", ")", ")", "if", "not", "lock_file", "(", "lcat", ")", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"The catalog %s is locked!\"", "%", "lcat", ")", "#Copy base from cloud to local", "util", ".", "copy", "(", "ccat", ",", "lcat", ")", "#Apply changesets", "cloudDAG", "=", "ChangesetDAG", "(", "ccat", ")", "path", "=", "cloudDAG", ".", "path", "(", "cloudDAG", ".", "root", ".", "hash", ",", "cloudDAG", ".", "leafs", "[", "0", "]", ".", "hash", ")", "util", ".", "apply_changesets", "(", "args", ",", "path", ",", "lcat", ")", "# Write meta-data both to local and cloud", "mfile", "=", "MetaFile", "(", "lmeta", ")", "utcnow", "=", "datetime", ".", "utcnow", "(", ")", ".", "strftime", "(", "DATETIME_FORMAT", ")", "[", ":", "-", "4", "]", "mfile", "[", "'catalog'", "]", "[", "'hash'", "]", "=", "hashsum", "(", "lcat", ")", "mfile", "[", "'catalog'", "]", "[", "'modification_utc'", "]", "=", "utcnow", "mfile", "[", "'catalog'", "]", "[", "'filename'", "]", "=", "lcat", "mfile", "[", "'last_push'", "]", "[", "'filename'", "]", "=", "cloudDAG", ".", "leafs", "[", "0", "]", ".", "mfile", "[", "'changeset'", "]", "[", "'filename'", "]", "mfile", "[", "'last_push'", "]", "[", "'hash'", "]", "=", "cloudDAG", ".", "leafs", "[", "0", "]", ".", "mfile", "[", "'changeset'", "]", "[", "'hash'", "]", "mfile", "[", "'last_push'", "]", "[", "'modification_utc'", "]", "=", "cloudDAG", ".", "leafs", "[", "0", "]", ".", "mfile", "[", "'changeset'", "]", "[", "'modification_utc'", "]", "mfile", ".", "flush", "(", ")", "#Let's copy Smart Previews", "if", "not", "args", ".", "no_smart_previews", ":", "copy_smart_previews", "(", "lcat", ",", "ccat", ",", "local2cloud", "=", "False", ")", "#Finally, let's unlock the catalog files", "logging", ".", "info", "(", "\"Unlocking local catalog: %s\"", "%", "(", "lcat", ")", ")", "unlock_file", "(", "lcat", ")", "logging", ".", "info", "(", "\"[init-pull-from-cloud]: Success!\"", ")" ]

[ "def", "avail_locations", "(", "call", "=", "None", ")", ":", "if", "call", "==", "'action'", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'The avail_locations function must be called with '", "'-f or --function, or with the --list-locations option'", ")", "ret", "=", "{", "}", "conn", "=", "get_conn", "(", "service", "=", "'SoftLayer_Product_Package'", ")", "locations", "=", "conn", ".", "getLocations", "(", "id", "=", "50", ")", "for", "location", "in", "locations", ":", "ret", "[", "location", "[", "'id'", "]", "]", "=", "{", "'id'", ":", "location", "[", "'id'", "]", ",", "'name'", ":", "location", "[", "'name'", "]", ",", "'location'", ":", "location", "[", "'longName'", "]", ",", "}", "available", "=", "conn", ".", "getAvailableLocations", "(", "id", "=", "50", ")", "for", "location", "in", "available", ":", "if", "location", ".", "get", "(", "'isAvailable'", ",", "0", ")", "is", "0", ":", "continue", "ret", "[", "location", "[", "'locationId'", "]", "]", "[", "'available'", "]", "=", "True", "return", "ret" ]

[ "def", "_CamelCaseToSnakeCase", "(", "path_name", ")", ":", "result", "=", "[", "]", "for", "c", "in", "path_name", ":", "if", "c", "==", "'_'", ":", "raise", "ParseError", "(", "'Fail to parse FieldMask: Path name '", "'{0} must not contain \"_\"s.'", ".", "format", "(", "path_name", ")", ")", "if", "c", ".", "isupper", "(", ")", ":", "result", "+=", "'_'", "result", "+=", "c", ".", "lower", "(", ")", "else", ":", "result", "+=", "c", "return", "''", ".", "join", "(", "result", ")" ]

[ "def", "_is_valid_url", "(", "url", ")", ":", "try", ":", "parsed", "=", "urlparse", "(", "url", ")", "mandatory_parts", "=", "[", "parsed", ".", "scheme", ",", "parsed", ".", "netloc", "]", "return", "all", "(", "mandatory_parts", ")", "except", ":", "return", "False" ]

[ "async", "def", "fetch", "(", "self", ",", "method", ",", "url", ",", "params", "=", "None", ",", "headers", "=", "None", ",", "data", "=", "None", ")", ":", "logger", ".", "debug", "(", "'Sending request %s %s:\\n%r'", ",", "method", ",", "url", ",", "data", ")", "for", "retry_num", "in", "range", "(", "MAX_RETRIES", ")", ":", "try", ":", "async", "with", "self", ".", "fetch_raw", "(", "method", ",", "url", ",", "params", "=", "params", ",", "headers", "=", "headers", ",", "data", "=", "data", ")", "as", "res", ":", "async", "with", "async_timeout", ".", "timeout", "(", "REQUEST_TIMEOUT", ")", ":", "body", "=", "await", "res", ".", "read", "(", ")", "logger", ".", "debug", "(", "'Received response %d %s:\\n%r'", ",", "res", ".", "status", ",", "res", ".", "reason", ",", "body", ")", "except", "asyncio", ".", "TimeoutError", ":", "error_msg", "=", "'Request timed out'", "except", "aiohttp", ".", "ServerDisconnectedError", "as", "err", ":", "error_msg", "=", "'Server disconnected error: {}'", ".", "format", "(", "err", ")", "except", "(", "aiohttp", ".", "ClientError", ",", "ValueError", ")", "as", "err", ":", "error_msg", "=", "'Request connection error: {}'", ".", "format", "(", "err", ")", "else", ":", "break", "logger", ".", "info", "(", "'Request attempt %d failed: %s'", ",", "retry_num", ",", "error_msg", ")", "else", ":", "logger", ".", "info", "(", "'Request failed after %d attempts'", ",", "MAX_RETRIES", ")", "raise", "exceptions", ".", "NetworkError", "(", "error_msg", ")", "if", "res", ".", "status", "!=", "200", ":", "logger", ".", "info", "(", "'Request returned unexpected status: %d %s'", ",", "res", ".", "status", ",", "res", ".", "reason", ")", "raise", "exceptions", ".", "NetworkError", "(", "'Request return unexpected status: {}: {}'", ".", "format", "(", "res", ".", "status", ",", "res", ".", "reason", ")", ")", "return", "FetchResponse", "(", "res", ".", "status", ",", "body", ")" ]

[ "def", "_get_config", "(", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "config", "=", "{", "'filter_id_regex'", ":", "[", "'.*!doc_skip'", "]", ",", "'filter_function_regex'", ":", "[", "]", ",", "'replace_text_regex'", ":", "{", "}", ",", "'proccesser'", ":", "'highstate_doc.proccesser_markdown'", ",", "'max_render_file_size'", ":", "10000", ",", "'note'", ":", "None", "}", "if", "'__salt__'", "in", "globals", "(", ")", ":", "config_key", "=", "'{0}.config'", ".", "format", "(", "__virtualname__", ")", "config", ".", "update", "(", "__salt__", "[", "'config.get'", "]", "(", "config_key", ",", "{", "}", ")", ")", "# pylint: disable=C0201", "for", "k", "in", "set", "(", "config", ".", "keys", "(", ")", ")", "&", "set", "(", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "config", "[", "k", "]", "=", "kwargs", "[", "k", "]", "return", "config" ]

[ "def", "load_json", "(", "json_file", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "with", "open", "(", "json_file", ")", "as", "f", ":", "return", "json", ".", "load", "(", "f", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "def", "generate_words", "(", "files", ")", ":", "repls", "=", "{", "'<NE>'", ":", "''", ",", "'</NE>'", ":", "''", ",", "'<AB>'", ":", "''", ",", "'</AB>'", ":", "''", "}", "words_all", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "file", "in", "enumerate", "(", "files", ")", ":", "lines", "=", "open", "(", "file", ",", "'r'", ")", "for", "line", "in", "lines", ":", "line", "=", "reduce", "(", "lambda", "a", ",", "kv", ":", "a", ".", "replace", "(", "*", "kv", ")", ",", "repls", ".", "items", "(", ")", ",", "line", ")", "words", "=", "[", "word", "for", "word", "in", "line", ".", "split", "(", "\"|\"", ")", "if", "word", "is", "not", "'\\n'", "]", "words_all", ".", "extend", "(", "words", ")", "return", "words_all" ]

[ "def", "message", "(", "self", ",", "message", "=", "None", ")", ":", "if", "message", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "response_model", ".", "message", "=", "message", "return", "self", ".", "response_model", ".", "message" ]

[ "def", "getArguments", "(", "parser", ")", ":", "args", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", ")", "if", "not", "'{}'", "in", "args", ".", "output", ":", "raise", "argparse", ".", "ArgumentError", "(", "args", ".", "output", ",", "'The output argument string must contain the sequence \"{}\".'", ")", "return", "args" ]

[ "def", "srfrec", "(", "body", ",", "longitude", ",", "latitude", ")", ":", "body", "=", "ctypes", ".", "c_int", "(", "body", ")", "longitude", "=", "ctypes", ".", "c_double", "(", "longitude", ")", "latitude", "=", "ctypes", ".", "c_double", "(", "latitude", ")", "rectan", "=", "stypes", ".", "emptyDoubleVector", "(", "3", ")", "libspice", ".", "srfrec_c", "(", "body", ",", "longitude", ",", "latitude", ",", "rectan", ")", "return", "stypes", ".", "cVectorToPython", "(", "rectan", ")" ]

[ "def", "connected_components", "(", "G", ")", ":", "result", "=", "[", "]", "vertices", "=", "set", "(", "G", ".", "vertices", ")", "while", "vertices", ":", "n", "=", "vertices", ".", "pop", "(", ")", "group", "=", "{", "n", "}", "queue", "=", "Queue", "(", ")", "queue", ".", "put", "(", "n", ")", "while", "not", "queue", ".", "empty", "(", ")", ":", "n", "=", "queue", ".", "get", "(", ")", "neighbors", "=", "set", "(", "G", ".", "vertices", "[", "n", "]", ")", "neighbors", ".", "difference_update", "(", "group", ")", "vertices", ".", "difference_update", "(", "neighbors", ")", "group", ".", "update", "(", "neighbors", ")", "for", "element", "in", "neighbors", ":", "queue", ".", "put", "(", "element", ")", "result", ".", "append", "(", "group", ")", "return", "result" ]

[ "def", "fuse_list", "(", "mafs", ")", ":", "last", "=", "None", "for", "m", "in", "mafs", ":", "if", "last", "is", "None", ":", "last", "=", "m", "else", ":", "fused", "=", "fuse", "(", "last", ",", "m", ")", "if", "fused", ":", "last", "=", "fused", "else", ":", "yield", "last", "last", "=", "m", "if", "last", ":", "yield", "last" ]

[ "def", "replace", "(", "input", ",", "*", "*", "params", ")", ":", "PARAM_REPLACE_LIST", "=", "'replace'", "REPLACE_FIELD", "=", "'field'", "REPLACE_FIND_VALUE", "=", "'value.to_find'", "REPLACE_WITH_VALUE", "=", "'value.replace_with'", "replace_list", "=", "params", ".", "get", "(", "PARAM_REPLACE_LIST", ")", "for", "row", "in", "input", ":", "for", "replace", "in", "replace_list", ":", "if", "row", "[", "replace", "[", "REPLACE_FIELD", "]", "]", "==", "replace", "[", "REPLACE_FIND_VALUE", "]", ":", "row", "[", "replace", "[", "REPLACE_FIELD", "]", "]", "=", "replace", "[", "REPLACE_WITH_VALUE", "]", "return", "input" ]

[ "def", "print_map", "(", "self", ")", ":", "# Check if selected layer is valid", "impact_layer", "=", "self", ".", "iface", ".", "activeLayer", "(", ")", "if", "impact_layer", "is", "None", ":", "# noinspection PyCallByClass,PyTypeChecker", "QMessageBox", ".", "warning", "(", "self", ",", "self", ".", "tr", "(", "'InaSAFE'", ")", ",", "self", ".", "tr", "(", "'Please select a valid impact layer before '", "'trying to print.'", ")", ")", "return", "# Get output path from datastore", "# Fetch report for pdfs report", "report_path", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "impact_layer", ".", "source", "(", ")", ")", "# Get the hazard and exposure definition used in current IF", "hazard", "=", "definition", "(", "QgsExpressionContextUtils", ".", "projectScope", "(", "QgsProject", ".", "instance", "(", ")", ")", ".", "variable", "(", "'hazard_keywords__hazard'", ")", ")", "exposure", "=", "definition", "(", "QgsExpressionContextUtils", ".", "projectScope", "(", "QgsProject", ".", "instance", "(", ")", ")", ".", "variable", "(", "'exposure_keywords__exposure'", ")", ")", "# TODO: temporary hack until Impact Function becomes serializable", "# need to have impact report", "standard_impact_report_metadata", "=", "ReportMetadata", "(", "metadata_dict", "=", "standard_impact_report_metadata_pdf", ")", "standard_map_report_metadata", "=", "ReportMetadata", "(", "metadata_dict", "=", "update_template_component", "(", "component", "=", "map_report", ",", "hazard", "=", "hazard", ",", "exposure", "=", "exposure", ")", ")", "standard_infographic_report_metadata", "=", "ReportMetadata", "(", "metadata_dict", "=", "update_template_component", "(", "infographic_report", ")", ")", "standard_report_metadata", "=", "[", "standard_impact_report_metadata", ",", "standard_map_report_metadata", ",", "standard_infographic_report_metadata", "]", "def", "retrieve_components", "(", "tags", ")", ":", "products", "=", "[", "]", "for", "report_metadata", "in", "standard_report_metadata", ":", "products", "+=", "(", "report_metadata", ".", "component_by_tags", "(", "tags", ")", ")", "return", "products", "def", "retrieve_paths", "(", "products", ",", "suffix", "=", "None", ")", ":", "paths", "=", "[", "]", "for", "c", "in", "products", ":", "path", "=", "ImpactReport", ".", "absolute_output_path", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "report_path", ",", "'output'", ")", ",", "products", ",", "c", ".", "key", ")", "if", "isinstance", "(", "path", ",", "list", ")", ":", "for", "p", "in", "path", ":", "paths", ".", "append", "(", "p", ")", "elif", "isinstance", "(", "path", ",", "dict", ")", ":", "for", "p", "in", "list", "(", "path", ".", "values", "(", ")", ")", ":", "paths", ".", "append", "(", "p", ")", "else", ":", "paths", ".", "append", "(", "path", ")", "if", "suffix", ":", "paths", "=", "[", "p", "for", "p", "in", "paths", "if", "p", ".", "endswith", "(", "suffix", ")", "]", "paths", "=", "[", "p", "for", "p", "in", "paths", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "p", ")", "]", "return", "paths", "def", "wrap_output_paths", "(", "paths", ")", ":", "\"\"\"Make sure the file paths can wrap nicely.\"\"\"", "return", "[", "p", ".", "replace", "(", "os", ".", "sep", ",", "'<wbr>'", "+", "os", ".", "sep", ")", "for", "p", "in", "paths", "]", "pdf_products", "=", "retrieve_components", "(", "[", "final_product_tag", ",", "pdf_product_tag", "]", ")", "pdf_output_paths", "=", "retrieve_paths", "(", "pdf_products", ",", "'.pdf'", ")", "html_products", "=", "retrieve_components", "(", "[", "final_product_tag", ",", "html_product_tag", "]", ")", "html_output_paths", "=", "retrieve_paths", "(", "html_products", ",", "'.html'", ")", "qpt_products", "=", "retrieve_components", "(", "[", "final_product_tag", ",", "qpt_product_tag", "]", ")", "qpt_output_paths", "=", "retrieve_paths", "(", "qpt_products", ",", "'.qpt'", ")", "# create message to user", "status", "=", "m", ".", "Message", "(", "m", ".", "Heading", "(", "self", ".", "tr", "(", "'Map Creator'", ")", ",", "*", "*", "INFO_STYLE", ")", ",", "m", ".", "Paragraph", "(", "self", ".", "tr", "(", "'Your PDF was created....opening using the default PDF '", "'viewer on your system.'", ")", ")", ",", "m", ".", "ImportantText", "(", "self", ".", "tr", "(", "'The generated pdfs were saved '", "'as:'", ")", ")", ")", "for", "path", "in", "wrap_output_paths", "(", "pdf_output_paths", ")", ":", "status", ".", "add", "(", "m", ".", "Paragraph", "(", "path", ")", ")", "status", ".", "add", "(", "m", ".", "Paragraph", "(", "m", ".", "ImportantText", "(", "self", ".", "tr", "(", "'The generated htmls were saved as:'", ")", ")", ")", ")", "for", "path", "in", "wrap_output_paths", "(", "html_output_paths", ")", ":", "status", ".", "add", "(", "m", ".", "Paragraph", "(", "path", ")", ")", "status", ".", "add", "(", "m", ".", "Paragraph", "(", "m", ".", "ImportantText", "(", "self", ".", "tr", "(", "'The generated qpts were saved as:'", ")", ")", ")", ")", "for", "path", "in", "wrap_output_paths", "(", "qpt_output_paths", ")", ":", "status", ".", "add", "(", "m", ".", "Paragraph", "(", "path", ")", ")", "send_static_message", "(", "self", ",", "status", ")", "for", "path", "in", "pdf_output_paths", ":", "# noinspection PyCallByClass,PyTypeChecker,PyTypeChecker", "QDesktopServices", ".", "openUrl", "(", "QUrl", ".", "fromLocalFile", "(", "path", ")", ")" ]

[ "def", "deploy", "(", "config", ",", "name", ",", "bucket", ",", "timeout", ",", "memory", ",", "description", ",", "subnet_ids", ",", "security_group_ids", ")", ":", "# options should override config if it is there", "myname", "=", "name", "or", "config", ".", "name", "mybucket", "=", "bucket", "or", "config", ".", "bucket", "mytimeout", "=", "timeout", "or", "config", ".", "timeout", "mymemory", "=", "memory", "or", "config", ".", "memory", "mydescription", "=", "description", "or", "config", ".", "description", "mysubnet_ids", "=", "subnet_ids", "or", "config", ".", "subnet_ids", "mysecurity_group_ids", "=", "security_group_ids", "or", "config", ".", "security_group_ids", "vpc_config", "=", "{", "}", "if", "mysubnet_ids", "and", "mysecurity_group_ids", ":", "vpc_config", "=", "{", "'SubnetIds'", ":", "mysubnet_ids", ".", "split", "(", "','", ")", ",", "'SecurityGroupIds'", ":", "mysecurity_group_ids", ".", "split", "(", "','", ")", "}", "click", ".", "echo", "(", "'Deploying {} to {}'", ".", "format", "(", "myname", ",", "mybucket", ")", ")", "lambder", ".", "deploy_function", "(", "myname", ",", "mybucket", ",", "mytimeout", ",", "mymemory", ",", "mydescription", ",", "vpc_config", ")" ]

[ "def", "cleanup_dataset", "(", "dataset", ",", "data_home", "=", "None", ",", "ext", "=", "\".zip\"", ")", ":", "removed", "=", "0", "data_home", "=", "get_data_home", "(", "data_home", ")", "# Paths to remove", "datadir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "data_home", ",", "dataset", ")", "archive", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "data_home", ",", "dataset", "+", "ext", ")", "# Remove directory and contents", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "datadir", ")", ":", "shutil", ".", "rmtree", "(", "datadir", ")", "removed", "+=", "1", "# Remove the archive file", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "archive", ")", ":", "os", ".", "remove", "(", "archive", ")", "removed", "+=", "1", "return", "removed" ]

[ "def", "submit", "(", "self", ",", "subreddit", ",", "title", ",", "text", "=", "None", ",", "url", "=", "None", ",", "captcha", "=", "None", ",", "save", "=", "None", ",", "send_replies", "=", "None", ",", "resubmit", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "text", ",", "six", ".", "string_types", ")", "==", "bool", "(", "url", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'One (and only one) of text or url is required!'", ")", "data", "=", "{", "'sr'", ":", "six", ".", "text_type", "(", "subreddit", ")", ",", "'title'", ":", "title", "}", "if", "text", "or", "text", "==", "''", ":", "data", "[", "'kind'", "]", "=", "'self'", "data", "[", "'text'", "]", "=", "text", "else", ":", "data", "[", "'kind'", "]", "=", "'link'", "data", "[", "'url'", "]", "=", "url", "if", "captcha", ":", "data", ".", "update", "(", "captcha", ")", "if", "resubmit", "is", "not", "None", ":", "data", "[", "'resubmit'", "]", "=", "resubmit", "if", "save", "is", "not", "None", ":", "data", "[", "'save'", "]", "=", "save", "if", "send_replies", "is", "not", "None", ":", "data", "[", "'sendreplies'", "]", "=", "send_replies", "result", "=", "self", ".", "request_json", "(", "self", ".", "config", "[", "'submit'", "]", ",", "data", "=", "data", ",", "retry_on_error", "=", "False", ")", "url", "=", "result", "[", "'data'", "]", "[", "'url'", "]", "# Clear the OAuth setting when attempting to fetch the submission", "if", "self", ".", "_use_oauth", ":", "self", ".", "_use_oauth", "=", "False", "if", "url", ".", "startswith", "(", "self", ".", "config", ".", "oauth_url", ")", ":", "url", "=", "self", ".", "config", ".", "api_url", "+", "url", "[", "len", "(", "self", ".", "config", ".", "oauth_url", ")", ":", "]", "try", ":", "return", "self", ".", "get_submission", "(", "url", ")", "except", "errors", ".", "Forbidden", ":", "# While the user may be able to submit to a subreddit,", "# that does not guarantee they have read access.", "return", "url" ]

[ "def", "start", "(", "self", ")", ":", "while", "not", "self", ".", "is_start", "(", "self", ".", "current_tag", ")", ":", "self", ".", "next", "(", ")", "self", ".", "new_entry", "(", ")" ]

[ "def", "all_options", "(", "self", ")", ":", "items", "=", "chain", ".", "from_iterable", "(", "hosts", ".", "values", "(", ")", "for", "hosts", "in", "self", ".", "data", ".", "values", "(", ")", ")", "return", "set", "(", "chain", ".", "from_iterable", "(", "items", ")", ")" ]

[ "def", "find_visible_elements", "(", "driver", ",", "selector", ",", "by", "=", "By", ".", "CSS_SELECTOR", ")", ":", "elements", "=", "driver", ".", "find_elements", "(", "by", "=", "by", ",", "value", "=", "selector", ")", "return", "[", "element", "for", "element", "in", "elements", "if", "element", ".", "is_displayed", "(", ")", "]" ]

[ "def", "global_items", "(", "self", ")", ":", "for", "(", "k", ",", "v", ")", "in", "self", ".", "sql", "(", "'global_dump'", ")", ":", "yield", "(", "self", ".", "unpack", "(", "k", ")", ",", "self", ".", "unpack", "(", "v", ")", ")" ]

[ "def", "parse_java_version", "(", "cls", ",", "version", ")", ":", "conversion", "=", "{", "str", "(", "i", ")", ":", "'1.{}'", ".", "format", "(", "i", ")", "for", "i", "in", "cls", ".", "SUPPORTED_CONVERSION_VERSIONS", "}", "if", "str", "(", "version", ")", "in", "conversion", ":", "return", "Revision", ".", "lenient", "(", "conversion", "[", "str", "(", "version", ")", "]", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "version", ",", "'components'", ")", ":", "version", "=", "Revision", ".", "lenient", "(", "version", ")", "if", "len", "(", "version", ".", "components", ")", "<=", "2", ":", "return", "version", "return", "Revision", "(", "*", "version", ".", "components", "[", ":", "2", "]", ")" ]

[ "def", "drop_table", "(", "self", ",", "table", ")", ":", "job_id", "=", "self", ".", "submit", "(", "\"DROP TABLE %s\"", "%", "table", ",", "context", "=", "\"MYDB\"", ")", "status", "=", "self", ".", "monitor", "(", "job_id", ")", "if", "status", "[", "0", "]", "!=", "5", ":", "raise", "Exception", "(", "\"Couldn't drop table %s\"", "%", "table", ")" ]

[ "def", "plfit_lsq", "(", "x", ",", "y", ")", ":", "n", "=", "len", "(", "x", ")", "btop", "=", "n", "*", "(", "log", "(", "x", ")", "*", "log", "(", "y", ")", ")", ".", "sum", "(", ")", "-", "(", "log", "(", "x", ")", ")", ".", "sum", "(", ")", "*", "(", "log", "(", "y", ")", ")", ".", "sum", "(", ")", "bbottom", "=", "n", "*", "(", "log", "(", "x", ")", "**", "2", ")", ".", "sum", "(", ")", "-", "(", "log", "(", "x", ")", ".", "sum", "(", ")", ")", "**", "2", "b", "=", "btop", "/", "bbottom", "a", "=", "(", "log", "(", "y", ")", ".", "sum", "(", ")", "-", "b", "*", "log", "(", "x", ")", ".", "sum", "(", ")", ")", "/", "n", "A", "=", "exp", "(", "a", ")", "return", "A", ",", "b" ]

[ "async", "def", "validate", "(", "state", ",", "holdout_glob", ")", ":", "if", "not", "glob", ".", "glob", "(", "holdout_glob", ")", ":", "print", "(", "'Glob \"{}\" didn\\'t match any files, skipping validation'", ".", "format", "(", "holdout_glob", ")", ")", "else", ":", "await", "run", "(", "'python3'", ",", "'validate.py'", ",", "holdout_glob", ",", "'--flagfile={}'", ".", "format", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "FLAGS", ".", "flags_dir", ",", "'validate.flags'", ")", ")", ",", "'--work_dir={}'", ".", "format", "(", "fsdb", ".", "working_dir", "(", ")", ")", ")" ]

[ "def", "create_pywbem_ssl_context", "(", ")", ":", "if", "six", ".", "PY2", ":", "context", "=", "SSL", ".", "Context", "(", "'sslv23'", ")", "# Many of the flags are not in the M2Crypto source so they were taken", "# from OpenSSL SSL.h module as flags.", "SSL", ".", "context", ".", "set_options", "(", "SSL", ".", "SSL_OP_NO_SSLv2", "|", "0x02000000", "|", "# OP_NO_SSLV3", "0x00020000", "|", "# OP_NO_COMPRESSION", "0x00100000", "|", "# OP_SINGLE_DH_USE", "0x00400000", "|", "# OP_CIPHER_SERVER_PREFERENCE", "0x00080000", ")", "# OP_SINGLE_ECDH_USE", "else", ":", "# The choice for the Python SSL module is whether to use the", "# create_default directly and possibly have different limits depending", "# on which version of Python you use or to set the attributes", "# directly based on a currently used SSL", "context", "=", "SSL", ".", "create_default_context", "(", "purpose", "=", "SSL", ".", "Purpose", ".", "CLIENT_AUTH", ")", "# Variable settings per SSL create_default_context. These are what", "# the function above sets for Python 3.4", "# context = SSLContext(PROTOCOL_SSLv23)", "# context.options |= OP_NO_SSLv2", "# context.options |= OP_NO_SSLv3", "# context.options |= getattr(SSL, \"OP_NO_COMPRESSION\", 0)", "# context.options |= getattr(SSL, \"OP_CIPHER_SERVER_PREFERENCE\", 0)", "# context.options |= getattr(SSL, \"OP_SINGLE_DH_USE\", 0)", "# context.options |= getattr(SSL, \"OP_SINGLE_ECDH_USE\", 0)", "# context.set_ciphers(_RESTRICTED_SERVER_CIPHERS)", "return", "context" ]

[ "def", "indexer_receiver", "(", "sender", ",", "json", "=", "None", ",", "record", "=", "None", ",", "index", "=", "None", ",", "*", "*", "dummy_kwargs", ")", ":", "if", "index", "and", "index", ".", "startswith", "(", "'grants-'", ")", ":", "# Generate suggest field", "suggestions", "=", "[", "json", ".", "get", "(", "'code'", ")", ",", "json", ".", "get", "(", "'acronym'", ")", ",", "json", ".", "get", "(", "'title'", ")", "]", "json", "[", "'suggest'", "]", "=", "{", "'input'", ":", "[", "s", "for", "s", "in", "suggestions", "if", "s", "]", ",", "'output'", ":", "json", "[", "'title'", "]", ",", "'context'", ":", "{", "'funder'", ":", "[", "json", "[", "'funder'", "]", "[", "'doi'", "]", "]", "}", ",", "'payload'", ":", "{", "'id'", ":", "json", "[", "'internal_id'", "]", ",", "'legacy_id'", ":", "(", "json", "[", "'code'", "]", "if", "json", ".", "get", "(", "'program'", ")", "==", "'FP7'", "else", "json", "[", "'internal_id'", "]", ")", ",", "'code'", ":", "json", "[", "'code'", "]", ",", "'title'", ":", "json", "[", "'title'", "]", ",", "'acronym'", ":", "json", ".", "get", "(", "'acronym'", ")", ",", "'program'", ":", "json", ".", "get", "(", "'program'", ")", ",", "}", ",", "}", "elif", "index", "and", "index", ".", "startswith", "(", "'funders-'", ")", ":", "# Generate suggest field", "suggestions", "=", "json", ".", "get", "(", "'acronyms'", ",", "[", "]", ")", "+", "[", "json", ".", "get", "(", "'name'", ")", "]", "json", "[", "'suggest'", "]", "=", "{", "'input'", ":", "[", "s", "for", "s", "in", "suggestions", "if", "s", "]", ",", "'output'", ":", "json", "[", "'name'", "]", ",", "'payload'", ":", "{", "'id'", ":", "json", "[", "'doi'", "]", "}", ",", "}" ]

[ "def", "guess_filename", "(", "filename", ")", ":", "if", "osp", ".", "isfile", "(", "filename", ")", ":", "return", "filename", "if", "not", "filename", ".", "endswith", "(", "'.py'", ")", ":", "filename", "+=", "'.py'", "for", "path", "in", "[", "getcwd_or_home", "(", ")", "]", "+", "sys", ".", "path", ":", "fname", "=", "osp", ".", "join", "(", "path", ",", "filename", ")", "if", "osp", ".", "isfile", "(", "fname", ")", ":", "return", "fname", "elif", "osp", ".", "isfile", "(", "fname", "+", "'.py'", ")", ":", "return", "fname", "+", "'.py'", "elif", "osp", ".", "isfile", "(", "fname", "+", "'.pyw'", ")", ":", "return", "fname", "+", "'.pyw'", "return", "filename" ]

[ "def", "segmenttable_get_by_name", "(", "xmldoc", ",", "name", ")", ":", "#", "# find required tables", "#", "def_table", "=", "lsctables", ".", "SegmentDefTable", ".", "get_table", "(", "xmldoc", ")", "seg_table", "=", "lsctables", ".", "SegmentTable", ".", "get_table", "(", "xmldoc", ")", "#", "# segment_def_id --> instrument names mapping but only for", "# segment_definer entries bearing the requested name", "#", "instrument_index", "=", "dict", "(", "(", "row", ".", "segment_def_id", ",", "row", ".", "instruments", ")", "for", "row", "in", "def_table", "if", "row", ".", "name", "==", "name", ")", "#", "# populate result segmentlistdict object from segment_def_map table", "# and index", "#", "instruments", "=", "set", "(", "instrument", "for", "instruments", "in", "instrument_index", ".", "values", "(", ")", "for", "instrument", "in", "instruments", ")", "result", "=", "segments", ".", "segmentlistdict", "(", "(", "instrument", ",", "segments", ".", "segmentlist", "(", ")", ")", "for", "instrument", "in", "instruments", ")", "for", "row", "in", "seg_table", ":", "if", "row", ".", "segment_def_id", "in", "instrument_index", ":", "seg", "=", "row", ".", "segment", "for", "instrument", "in", "instrument_index", "[", "row", ".", "segment_def_id", "]", ":", "result", "[", "instrument", "]", ".", "append", "(", "seg", ")", "#", "# done", "#", "return", "result" ]

[ "def", "get_aggregate_by_id", "(", "self", ",", "account_id", ":", "str", ")", "->", "AccountAggregate", ":", "account", "=", "self", ".", "get_by_id", "(", "account_id", ")", "return", "self", ".", "get_account_aggregate", "(", "account", ")" ]

[ "def", "get_genetic_profiles", "(", "study_id", ",", "profile_filter", "=", "None", ")", ":", "data", "=", "{", "'cmd'", ":", "'getGeneticProfiles'", ",", "'cancer_study_id'", ":", "study_id", "}", "df", "=", "send_request", "(", "*", "*", "data", ")", "res", "=", "_filter_data_frame", "(", "df", ",", "[", "'genetic_profile_id'", "]", ",", "'genetic_alteration_type'", ",", "profile_filter", ")", "genetic_profiles", "=", "list", "(", "res", "[", "'genetic_profile_id'", "]", ".", "values", "(", ")", ")", "return", "genetic_profiles" ]

[ "def", "retry_request", "(", "method", ",", "url", ",", "headers", "=", "None", ",", "payload", "=", "None", ",", "auth", "=", "None", ",", "tries", "=", "10", ",", "initial_interval", "=", "5", ",", "callback", "=", "None", ")", ":", "method", "=", "method", ".", "lower", "(", ")", "attempt", "=", "1", "while", "True", ":", "if", "method", "==", "\"get\"", ":", "resp", "=", "requests", ".", "get", "(", "url", ",", "headers", "=", "headers", ",", "params", "=", "payload", ",", "auth", "=", "auth", ")", "elif", "method", "==", "\"put\"", "or", "method", "==", "\"post\"", ":", "resp", "=", "requests", ".", "put", "(", "url", ",", "headers", "=", "headers", ",", "json", "=", "payload", ",", "auth", "=", "auth", ")", "else", ":", "raise_ise", "(", "\"Bad method %s: must be 'get', 'put', or 'post\"", "%", "method", ")", "if", "resp", ".", "status_code", "<", "400", ":", "break", "delay", "=", "initial_interval", "*", "attempt", "if", "attempt", ">=", "tries", ":", "raise_ise", "(", "\"Failed to '%s' %s after %d attempts.\"", "%", "(", "method", ",", "url", ",", "tries", ")", "+", "\" Last response was '%d %s' [%s]\"", "%", "(", "resp", ".", "status_code", ",", "resp", ".", "reason", ",", "resp", ".", "text", ".", "strip", "(", ")", ")", ")", "if", "callback", "is", "not", "None", ":", "callback", "(", "n", "=", "attempt", ",", "remaining", "=", "tries", "-", "attempt", ",", "status", "=", "resp", ".", "status_code", ",", "content", "=", "resp", ".", "text", ".", "strip", "(", ")", ")", "time", ".", "sleep", "(", "delay", ")", "attempt", "+=", "1", "return", "resp" ]

[ "def", "find_offsets", "(", "data", ",", "ofs", ")", ":", "# a limit on the maximum change in each step", "max_change", "=", "args", ".", "max_change", "# the gain factor for the algorithm", "gain", "=", "args", ".", "gain", "data2", "=", "[", "]", "for", "d", "in", "data", ":", "d", "=", "d", ".", "copy", "(", ")", "+", "noise", "(", ")", "d", ".", "x", "=", "float", "(", "int", "(", "d", ".", "x", "+", "0.5", ")", ")", "d", ".", "y", "=", "float", "(", "int", "(", "d", ".", "y", "+", "0.5", ")", ")", "d", ".", "z", "=", "float", "(", "int", "(", "d", ".", "z", "+", "0.5", ")", ")", "data2", ".", "append", "(", "d", ")", "data", "=", "data2", "history_idx", "=", "0", "mag_history", "=", "data", "[", "0", ":", "args", ".", "history", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "args", ".", "history", ",", "len", "(", "data", ")", ")", ":", "B1", "=", "mag_history", "[", "history_idx", "]", "+", "ofs", "B2", "=", "data", "[", "i", "]", "+", "ofs", "diff", "=", "B2", "-", "B1", "diff_length", "=", "diff", ".", "length", "(", ")", "if", "diff_length", "<=", "args", ".", "min_diff", ":", "# the mag vector hasn't changed enough - we don't get any", "# information from this", "history_idx", "=", "(", "history_idx", "+", "1", ")", "%", "args", ".", "history", "continue", "mag_history", "[", "history_idx", "]", "=", "data", "[", "i", "]", "history_idx", "=", "(", "history_idx", "+", "1", ")", "%", "args", ".", "history", "# equation 6 of Bills paper", "delta", "=", "diff", "*", "(", "gain", "*", "(", "B2", ".", "length", "(", ")", "-", "B1", ".", "length", "(", ")", ")", "/", "diff_length", ")", "# limit the change from any one reading. This is to prevent", "# single crazy readings from throwing off the offsets for a long", "# time", "delta_length", "=", "delta", ".", "length", "(", ")", "if", "max_change", "!=", "0", "and", "delta_length", ">", "max_change", ":", "delta", "*=", "max_change", "/", "delta_length", "# set the new offsets", "ofs", "=", "ofs", "-", "delta", "if", "args", ".", "verbose", ":", "print", "(", "ofs", ")", "return", "ofs" ]

[ "def", "_ReraiseTypeErrorWithFieldName", "(", "message_name", ",", "field_name", ")", ":", "exc", "=", "sys", ".", "exc_info", "(", ")", "[", "1", "]", "if", "len", "(", "exc", ".", "args", ")", "==", "1", "and", "type", "(", "exc", ")", "is", "TypeError", ":", "# simple TypeError; add field name to exception message", "exc", "=", "TypeError", "(", "'%s for field %s.%s'", "%", "(", "str", "(", "exc", ")", ",", "message_name", ",", "field_name", ")", ")", "# re-raise possibly-amended exception with original traceback:", "six", ".", "reraise", "(", "type", "(", "exc", ")", ",", "exc", ",", "sys", ".", "exc_info", "(", ")", "[", "2", "]", ")" ]

[ "def", "ensure_running", "(", "self", ")", ":", "with", "self", ".", "_lock", ":", "if", "self", ".", "_fd", "is", "not", "None", ":", "# semaphore tracker was launched before, is it still running?", "if", "self", ".", "_check_alive", "(", ")", ":", "# => still alive", "return", "# => dead, launch it again", "os", ".", "close", "(", "self", ".", "_fd", ")", "try", ":", "# Clean-up to avoid dangling processes.", "os", ".", "waitpid", "(", "self", ".", "_pid", ",", "0", ")", "except", "OSError", ":", "# The process was terminated or is a child from an ancestor", "# of the current process.", "pass", "self", ".", "_fd", "=", "None", "self", ".", "_pid", "=", "None", "warnings", ".", "warn", "(", "'semaphore_tracker: process died unexpectedly, '", "'relaunching. Some semaphores might leak.'", ")", "fds_to_pass", "=", "[", "]", "try", ":", "fds_to_pass", ".", "append", "(", "sys", ".", "stderr", ".", "fileno", "(", ")", ")", "except", "Exception", ":", "pass", "r", ",", "w", "=", "os", ".", "pipe", "(", ")", "cmd", "=", "'from {} import main; main({}, {})'", ".", "format", "(", "main", ".", "__module__", ",", "r", ",", "VERBOSE", ")", "try", ":", "fds_to_pass", ".", "append", "(", "r", ")", "# process will out live us, so no need to wait on pid", "exe", "=", "spawn", ".", "get_executable", "(", ")", "args", "=", "[", "exe", "]", "+", "util", ".", "_args_from_interpreter_flags", "(", ")", "# In python 3.3, there is a bug which put `-RRRRR..` instead of", "# `-R` in args. Replace it to get the correct flags.", "# See https://github.com/python/cpython/blob/3.3/Lib/subprocess.py#L488", "if", "sys", ".", "version_info", "[", ":", "2", "]", "<=", "(", "3", ",", "3", ")", ":", "import", "re", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "args", ")", ")", ":", "args", "[", "i", "]", "=", "re", ".", "sub", "(", "\"-R+\"", ",", "\"-R\"", ",", "args", "[", "i", "]", ")", "args", "+=", "[", "'-c'", ",", "cmd", "]", "util", ".", "debug", "(", "\"launching Semaphore tracker: {}\"", ".", "format", "(", "args", ")", ")", "# bpo-33613: Register a signal mask that will block the", "# signals. This signal mask will be inherited by the child", "# that is going to be spawned and will protect the child from a", "# race condition that can make the child die before it", "# registers signal handlers for SIGINT and SIGTERM. The mask is", "# unregistered after spawning the child.", "try", ":", "if", "_HAVE_SIGMASK", ":", "signal", ".", "pthread_sigmask", "(", "signal", ".", "SIG_BLOCK", ",", "_IGNORED_SIGNALS", ")", "pid", "=", "spawnv_passfds", "(", "exe", ",", "args", ",", "fds_to_pass", ")", "finally", ":", "if", "_HAVE_SIGMASK", ":", "signal", ".", "pthread_sigmask", "(", "signal", ".", "SIG_UNBLOCK", ",", "_IGNORED_SIGNALS", ")", "except", "BaseException", ":", "os", ".", "close", "(", "w", ")", "raise", "else", ":", "self", ".", "_fd", "=", "w", "self", ".", "_pid", "=", "pid", "finally", ":", "os", ".", "close", "(", "r", ")" ]

[ "def", "client_detect", "(", "self", ",", "client", ",", "starttime", ",", "endtime", ",", "threshold", ",", "threshold_type", ",", "trig_int", ",", "plotvar", ",", "min_gap", "=", "None", ",", "daylong", "=", "False", ",", "parallel_process", "=", "True", ",", "xcorr_func", "=", "None", ",", "concurrency", "=", "None", ",", "cores", "=", "None", ",", "ignore_length", "=", "False", ",", "group_size", "=", "None", ",", "debug", "=", "0", ",", "return_stream", "=", "False", ",", "full_peaks", "=", "False", ",", "save_progress", "=", "False", ",", "process_cores", "=", "None", ",", "retries", "=", "3", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "party", "=", "Party", "(", ")", "buff", "=", "300", "# Apply a buffer, often data downloaded is not the correct length", "data_length", "=", "max", "(", "[", "t", ".", "process_length", "for", "t", "in", "self", ".", "templates", "]", ")", "pad", "=", "0", "for", "template", "in", "self", ".", "templates", ":", "max_delay", "=", "(", "template", ".", "st", ".", "sort", "(", "[", "'starttime'", "]", ")", "[", "-", "1", "]", ".", "stats", ".", "starttime", "-", "template", ".", "st", ".", "sort", "(", "[", "'starttime'", "]", ")", "[", "0", "]", ".", "stats", ".", "starttime", ")", "if", "max_delay", ">", "pad", ":", "pad", "=", "max_delay", "download_groups", "=", "int", "(", "endtime", "-", "starttime", ")", "/", "data_length", "template_channel_ids", "=", "[", "]", "for", "template", "in", "self", ".", "templates", ":", "for", "tr", "in", "template", ".", "st", ":", "if", "tr", ".", "stats", ".", "network", "not", "in", "[", "None", ",", "''", "]", ":", "chan_id", "=", "(", "tr", ".", "stats", ".", "network", ",", ")", "else", ":", "chan_id", "=", "(", "'*'", ",", ")", "if", "tr", ".", "stats", ".", "station", "not", "in", "[", "None", ",", "''", "]", ":", "chan_id", "+=", "(", "tr", ".", "stats", ".", "station", ",", ")", "else", ":", "chan_id", "+=", "(", "'*'", ",", ")", "if", "tr", ".", "stats", ".", "location", "not", "in", "[", "None", ",", "''", "]", ":", "chan_id", "+=", "(", "tr", ".", "stats", ".", "location", ",", ")", "else", ":", "chan_id", "+=", "(", "'*'", ",", ")", "if", "tr", ".", "stats", ".", "channel", "not", "in", "[", "None", ",", "''", "]", ":", "if", "len", "(", "tr", ".", "stats", ".", "channel", ")", "==", "2", ":", "chan_id", "+=", "(", "tr", ".", "stats", ".", "channel", "[", "0", "]", "+", "'?'", "+", "tr", ".", "stats", ".", "channel", "[", "-", "1", "]", ",", ")", "else", ":", "chan_id", "+=", "(", "tr", ".", "stats", ".", "channel", ",", ")", "else", ":", "chan_id", "+=", "(", "'*'", ",", ")", "template_channel_ids", ".", "append", "(", "chan_id", ")", "template_channel_ids", "=", "list", "(", "set", "(", "template_channel_ids", ")", ")", "if", "return_stream", ":", "stream", "=", "Stream", "(", ")", "if", "int", "(", "download_groups", ")", "<", "download_groups", ":", "download_groups", "=", "int", "(", "download_groups", ")", "+", "1", "else", ":", "download_groups", "=", "int", "(", "download_groups", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "download_groups", ")", ":", "bulk_info", "=", "[", "]", "for", "chan_id", "in", "template_channel_ids", ":", "bulk_info", ".", "append", "(", "(", "chan_id", "[", "0", "]", ",", "chan_id", "[", "1", "]", ",", "chan_id", "[", "2", "]", ",", "chan_id", "[", "3", "]", ",", "starttime", "+", "(", "i", "*", "data_length", ")", "-", "(", "pad", "+", "buff", ")", ",", "starttime", "+", "(", "(", "i", "+", "1", ")", "*", "data_length", ")", "+", "(", "pad", "+", "buff", ")", ")", ")", "for", "retry_attempt", "in", "range", "(", "retries", ")", ":", "try", ":", "st", "=", "client", ".", "get_waveforms_bulk", "(", "bulk_info", ")", "break", "except", "Exception", "as", "e", ":", "print", "(", "e", ")", "continue", "else", ":", "raise", "MatchFilterError", "(", "\"Could not download data after {0} attempts\"", ".", "format", "(", "retries", ")", ")", "# Get gaps and remove traces as necessary", "if", "min_gap", ":", "gaps", "=", "st", ".", "get_gaps", "(", "min_gap", "=", "min_gap", ")", "if", "len", "(", "gaps", ")", ">", "0", ":", "print", "(", "\"Large gaps in downloaded data\"", ")", "st", ".", "merge", "(", ")", "gappy_channels", "=", "list", "(", "set", "(", "[", "(", "gap", "[", "0", "]", ",", "gap", "[", "1", "]", ",", "gap", "[", "2", "]", ",", "gap", "[", "3", "]", ")", "for", "gap", "in", "gaps", "]", ")", ")", "_st", "=", "Stream", "(", ")", "for", "tr", "in", "st", ":", "tr_stats", "=", "(", "tr", ".", "stats", ".", "network", ",", "tr", ".", "stats", ".", "station", ",", "tr", ".", "stats", ".", "location", ",", "tr", ".", "stats", ".", "channel", ")", "if", "tr_stats", "in", "gappy_channels", ":", "print", "(", "\"Removing gappy channel: %s\"", "%", "str", "(", "tr", ")", ")", "else", ":", "_st", "+=", "tr", "st", "=", "_st", "st", ".", "split", "(", ")", "st", ".", "merge", "(", ")", "st", ".", "trim", "(", "starttime", "=", "starttime", "+", "(", "i", "*", "data_length", ")", "-", "pad", ",", "endtime", "=", "starttime", "+", "(", "(", "i", "+", "1", ")", "*", "data_length", ")", "+", "pad", ")", "for", "tr", "in", "st", ":", "if", "not", "_check_daylong", "(", "tr", ")", ":", "st", ".", "remove", "(", "tr", ")", "print", "(", "\"{0} contains more zeros than non-zero, \"", "\"removed\"", ".", "format", "(", "tr", ".", "id", ")", ")", "for", "tr", "in", "st", ":", "if", "tr", ".", "stats", ".", "endtime", "-", "tr", ".", "stats", ".", "starttime", "<", "0.8", "*", "data_length", ":", "st", ".", "remove", "(", "tr", ")", "print", "(", "\"{0} is less than 80% of the required length\"", "\", removed\"", ".", "format", "(", "tr", ".", "id", ")", ")", "if", "return_stream", ":", "stream", "+=", "st", "try", ":", "party", "+=", "self", ".", "detect", "(", "stream", "=", "st", ",", "threshold", "=", "threshold", ",", "threshold_type", "=", "threshold_type", ",", "trig_int", "=", "trig_int", ",", "plotvar", "=", "plotvar", ",", "daylong", "=", "daylong", ",", "parallel_process", "=", "parallel_process", ",", "xcorr_func", "=", "xcorr_func", ",", "concurrency", "=", "concurrency", ",", "cores", "=", "cores", ",", "ignore_length", "=", "ignore_length", ",", "group_size", "=", "group_size", ",", "overlap", "=", "None", ",", "debug", "=", "debug", ",", "full_peaks", "=", "full_peaks", ",", "process_cores", "=", "process_cores", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "save_progress", ":", "party", ".", "write", "(", "\"eqcorrscan_temporary_party\"", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "print", "(", "'Error, routine incomplete, returning incomplete Party'", ")", "print", "(", "'Error: %s'", "%", "str", "(", "e", ")", ")", "if", "return_stream", ":", "return", "party", ",", "stream", "else", ":", "return", "party", "for", "family", "in", "party", ":", "if", "family", "is", "not", "None", ":", "family", ".", "detections", "=", "family", ".", "_uniq", "(", ")", ".", "detections", "if", "return_stream", ":", "return", "party", ",", "stream", "else", ":", "return", "party" ]

[ "def", "has_split", "(", "self", ",", "split_name", ")", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "split_dir", ",", "split_name", ")", ")", ":", "return", "True", "return", "False" ]

[ "def", "register_view", "(", "self", ",", "view", ")", ":", "# if stand-alone, connects the window delete event to", "# kill the loop", "if", "self", ".", "view", ".", "is_stand_alone", "(", ")", ":", "import", "gtk", "self", ".", "view", ".", "get_top_widget", "(", ")", ".", "connect", "(", "'delete-event'", ",", "lambda", "w", ",", "e", ":", "gtk", ".", "main_quit", "(", ")", ")", "pass", "return" ]

[ "def", "setCentralWidget", "(", "self", ",", "widget", ")", ":", "self", ".", "setEnabled", "(", "widget", "is", "not", "None", ")", "self", ".", "_popupWidget", ".", "setCentralWidget", "(", "widget", ")" ]

[ "def", "generator", "(", "self", ")", "->", "Iterator", "[", "str", "]", ":", "stream", "=", "self", ".", "stream", "# In case that ``self.stream`` is changed.", "stream", ".", "seek", "(", "0", ")", "for", "line", "in", "stream", ":", "yield", "line" ]

[ "def", "_make_section_node", "(", "self", ",", "template", ",", "tag_type", ",", "tag_key", ",", "parsed_section", ",", "section_start_index", ",", "section_end_index", ")", ":", "if", "tag_type", "==", "'#'", ":", "return", "_SectionNode", "(", "tag_key", ",", "parsed_section", ",", "self", ".", "_delimiters", ",", "template", ",", "section_start_index", ",", "section_end_index", ")", "if", "tag_type", "==", "'^'", ":", "return", "_InvertedNode", "(", "tag_key", ",", "parsed_section", ")", "raise", "Exception", "(", "\"Invalid symbol for section tag: %s\"", "%", "repr", "(", "tag_type", ")", ")" ]

[ "def", "configs_for_writer", "(", "writer", "=", "None", ",", "ppp_config_dir", "=", "None", ")", ":", "search_paths", "=", "(", "ppp_config_dir", ",", ")", "if", "ppp_config_dir", "else", "tuple", "(", ")", "if", "writer", "is", "not", "None", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "writer", ",", "(", "list", ",", "tuple", ")", ")", ":", "writer", "=", "[", "writer", "]", "# given a config filename or writer name", "config_files", "=", "[", "w", "if", "w", ".", "endswith", "(", "'.yaml'", ")", "else", "w", "+", "'.yaml'", "for", "w", "in", "writer", "]", "else", ":", "writer_configs", "=", "glob_config", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'writers'", ",", "'*.yaml'", ")", ",", "*", "search_paths", ")", "config_files", "=", "set", "(", "writer_configs", ")", "for", "config_file", "in", "config_files", ":", "config_basename", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "config_file", ")", "writer_configs", "=", "config_search_paths", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "\"writers\"", ",", "config_basename", ")", ",", "*", "search_paths", ")", "if", "not", "writer_configs", ":", "LOG", ".", "warning", "(", "\"No writer configs found for '%s'\"", ",", "writer", ")", "continue", "yield", "writer_configs" ]

[ "def", "default_links_factory_with_additional", "(", "additional_links", ")", ":", "def", "factory", "(", "pid", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "links", "=", "default_links_factory", "(", "pid", ")", "for", "link", "in", "additional_links", ":", "links", "[", "link", "]", "=", "additional_links", "[", "link", "]", ".", "format", "(", "pid", "=", "pid", ",", "scheme", "=", "request", ".", "scheme", ",", "host", "=", "request", ".", "host", ")", "return", "links", "return", "factory" ]

[ "def", "col", "(", "loc", ",", "strg", ")", ":", "s", "=", "strg", "return", "1", "if", "loc", "<", "len", "(", "s", ")", "and", "s", "[", "loc", "]", "==", "'\\n'", "else", "loc", "-", "s", ".", "rfind", "(", "\"\\n\"", ",", "0", ",", "loc", ")" ]

[ "def", "find_all", "(", "soup", ",", "name", "=", "None", ",", "attrs", "=", "None", ",", "recursive", "=", "True", ",", "text", "=", "None", ",", "limit", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "text", "is", "None", ":", "return", "soup", ".", "find_all", "(", "name", ",", "attrs", "or", "{", "}", ",", "recursive", ",", "text", ",", "limit", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "isinstance", "(", "text", ",", "string_types", ")", ":", "text", "=", "re", ".", "compile", "(", "re", ".", "escape", "(", "text", ")", ",", "re", ".", "I", ")", "tags", "=", "soup", ".", "find_all", "(", "name", ",", "attrs", "or", "{", "}", ",", "recursive", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "rv", "=", "[", "]", "for", "tag", "in", "tags", ":", "if", "match_text", "(", "text", ",", "tag", ")", ":", "rv", ".", "append", "(", "tag", ")", "if", "limit", "is", "not", "None", "and", "len", "(", "rv", ")", ">=", "limit", ":", "break", "return", "rv" ]

[ "def", "move_selection", "(", "reverse", "=", "False", ")", ":", "global", "selected_pid", "if", "selected_pid", "not", "in", "gunicorns", ":", "selected_pid", "=", "None", "found", "=", "False", "pids", "=", "sorted", "(", "gunicorns", ".", "keys", "(", ")", ",", "reverse", "=", "reverse", ")", "# Iterate items twice to enable wrapping.", "for", "pid", "in", "pids", "+", "pids", ":", "if", "selected_pid", "is", "None", "or", "found", ":", "selected_pid", "=", "pid", "return", "found", "=", "pid", "==", "selected_pid" ]

[ "def", "_sign", "(", "private_key", ",", "data", ",", "hash_algorithm", ",", "rsa_pss_padding", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "private_key", ",", "PrivateKey", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "pretty_message", "(", "'''\n private_key must be an instance of PrivateKey, not %s\n '''", ",", "type_name", "(", "private_key", ")", ")", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "data", ",", "byte_cls", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "pretty_message", "(", "'''\n data must be a byte string, not %s\n '''", ",", "type_name", "(", "data", ")", ")", ")", "valid_hash_algorithms", "=", "set", "(", "[", "'md5'", ",", "'sha1'", ",", "'sha256'", ",", "'sha384'", ",", "'sha512'", "]", ")", "if", "private_key", ".", "algorithm", "==", "'rsa'", "and", "not", "rsa_pss_padding", ":", "valid_hash_algorithms", "|=", "set", "(", "[", "'raw'", "]", ")", "if", "hash_algorithm", "not", "in", "valid_hash_algorithms", ":", "valid_hash_algorithms_error", "=", "'\"md5\", \"sha1\", \"sha256\", \"sha384\", \"sha512\"'", "if", "private_key", ".", "algorithm", "==", "'rsa'", "and", "not", "rsa_pss_padding", ":", "valid_hash_algorithms_error", "+=", "', \"raw\"'", "raise", "ValueError", "(", "pretty_message", "(", "'''\n hash_algorithm must be one of %s, not %s\n '''", ",", "valid_hash_algorithms_error", ",", "repr", "(", "hash_algorithm", ")", ")", ")", "if", "private_key", ".", "algorithm", "!=", "'rsa'", "and", "rsa_pss_padding", "is", "not", "False", ":", "raise", "ValueError", "(", "pretty_message", "(", "'''\n PSS padding may only be used with RSA keys - signing via a %s key\n was requested\n '''", ",", "private_key", ".", "algorithm", ".", "upper", "(", ")", ")", ")", "if", "hash_algorithm", "==", "'raw'", ":", "if", "len", "(", "data", ")", ">", "private_key", ".", "byte_size", "-", "11", ":", "raise", "ValueError", "(", "pretty_message", "(", "'''\n data must be 11 bytes shorter than the key size when\n hash_algorithm is \"raw\" - key size is %s bytes, but data\n is %s bytes long\n '''", ",", "private_key", ".", "byte_size", ",", "len", "(", "data", ")", ")", ")", "if", "_backend", "==", "'winlegacy'", ":", "if", "private_key", ".", "algorithm", "==", "'ec'", ":", "return", "_pure_python_ecdsa_sign", "(", "private_key", ",", "data", ",", "hash_algorithm", ")", "return", "_advapi32_sign", "(", "private_key", ",", "data", ",", "hash_algorithm", ",", "rsa_pss_padding", ")", "return", "_bcrypt_sign", "(", "private_key", ",", "data", ",", "hash_algorithm", ",", "rsa_pss_padding", ")" ]

[ "def", "unregister", "(", "self", ",", "measurement_class", ",", "callback", ")", ":", "self", ".", "callbacks", "[", "Measurement", ".", "name_from_class", "(", "measurement_class", ")", "]", ".", "remove", "(", "callback", ")" ]

[ "def", "owned_ecs", "(", "self", ")", ":", "with", "self", ".", "_mutex", ":", "if", "not", "self", ".", "_owned_ecs", ":", "self", ".", "_owned_ecs", "=", "[", "ExecutionContext", "(", "ec", ",", "self", ".", "_obj", ".", "get_context_handle", "(", "ec", ")", ")", "for", "ec", "in", "self", ".", "_obj", ".", "get_owned_contexts", "(", ")", "]", "return", "self", ".", "_owned_ecs" ]

[ "def", "listDatasets", "(", "self", ",", "dataset", "=", "\"\"", ",", "parent_dataset", "=", "\"\"", ",", "is_dataset_valid", "=", "1", ",", "release_version", "=", "\"\"", ",", "pset_hash", "=", "\"\"", ",", "app_name", "=", "\"\"", ",", "output_module_label", "=", "\"\"", ",", "global_tag", "=", "\"\"", ",", "processing_version", "=", "0", ",", "acquisition_era_name", "=", "\"\"", ",", "run_num", "=", "-", "1", ",", "physics_group_name", "=", "\"\"", ",", "logical_file_name", "=", "\"\"", ",", "primary_ds_name", "=", "\"\"", ",", "primary_ds_type", "=", "\"\"", ",", "processed_ds_name", "=", "''", ",", "data_tier_name", "=", "\"\"", ",", "dataset_access_type", "=", "\"VALID\"", ",", "prep_id", "=", "''", ",", "create_by", "=", "\"\"", ",", "last_modified_by", "=", "\"\"", ",", "min_cdate", "=", "'0'", ",", "max_cdate", "=", "'0'", ",", "min_ldate", "=", "'0'", ",", "max_ldate", "=", "'0'", ",", "cdate", "=", "'0'", ",", "ldate", "=", "'0'", ",", "detail", "=", "False", ",", "dataset_id", "=", "-", "1", ")", ":", "dataset", "=", "dataset", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "parent_dataset", "=", "parent_dataset", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "release_version", "=", "release_version", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "pset_hash", "=", "pset_hash", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "app_name", "=", "app_name", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "output_module_label", "=", "output_module_label", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "global_tag", "=", "global_tag", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "logical_file_name", "=", "logical_file_name", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "physics_group_name", "=", "physics_group_name", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "primary_ds_name", "=", "primary_ds_name", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "primary_ds_type", "=", "primary_ds_type", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "data_tier_name", "=", "data_tier_name", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "dataset_access_type", "=", "dataset_access_type", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "processed_ds_name", "=", "processed_ds_name", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "acquisition_era_name", "=", "acquisition_era_name", ".", "replace", "(", "\"*\"", ",", "\"%\"", ")", "#processing_version = processing_version.replace(\"*\", \"%\")", "#create_by and last_modified_by have be full spelled, no wildcard will allowed.", "#We got them from request head so they can be either HN account name or DN.", "#This is depended on how an user's account is set up.", "#", "# In the next release we will require dataset has no wildcard in it. ", "# DBS will reject wildcard search with dataset name with listDatasets call. ", "# One should seperate the dataset into primary , process and datatier if any wildcard.", "# YG Oct 26, 2016", "# Some of users were overwhiled by the API change. So we split the wildcarded dataset in the server instead of by the client.", "# YG Dec. 9 2016", "#", "# run_num=1 caused full table scan and CERN DBS reported some of the queries ran more than 50 hours", "# We will disbale all the run_num=1 calls in DBS. Run_num=1 will be OK when logical_file_name is given.", "# YG Jan. 15 2019", "#", "if", "(", "run_num", "!=", "-", "1", "and", "logical_file_name", "==", "''", ")", ":", "for", "r", "in", "parseRunRange", "(", "run_num", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "r", ",", "basestring", ")", "or", "isinstance", "(", "r", ",", "int", ")", "or", "isinstance", "(", "r", ",", "long", ")", ":", "if", "r", "==", "1", "or", "r", "==", "'1'", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"Run_num=1 is not a valid input.\"", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ")", "elif", "isinstance", "(", "r", ",", "run_tuple", ")", ":", "if", "r", "[", "0", "]", "==", "r", "[", "1", "]", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "'dbsException-invalid-input'", ",", "\"DBS run range must be apart at least by 1.\"", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ")", "elif", "r", "[", "0", "]", "<=", "1", "<=", "r", "[", "1", "]", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"Run_num=1 is not a valid input.\"", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ")", "if", "(", "dataset", "and", "(", "dataset", "==", "\"/%/%/%\"", "or", "dataset", "==", "\"/%\"", "or", "dataset", "==", "\"/%/%\"", ")", ")", ":", "dataset", "=", "''", "elif", "(", "dataset", "and", "(", "dataset", ".", "find", "(", "'%'", ")", "!=", "-", "1", ")", ")", ":", "junk", ",", "primary_ds_name", ",", "processed_ds_name", ",", "data_tier_name", "=", "dataset", ".", "split", "(", "'/'", ")", "dataset", "=", "''", "if", "(", "primary_ds_name", "==", "'%'", ")", ":", "primary_ds_name", "=", "''", "if", "(", "processed_ds_name", "==", "'%'", ")", ":", "processed_ds_name", "=", "''", "if", "(", "data_tier_name", "==", "'%'", ")", ":", "data_tier_name", "=", "''", "try", ":", "dataset_id", "=", "int", "(", "dataset_id", ")", "except", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input2\"", ",", "\"Invalid Input for dataset_id that has to be an int.\"", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "'dataset_id has to be an int.'", ")", "if", "create_by", ".", "find", "(", "'*'", ")", "!=", "-", "1", "or", "create_by", ".", "find", "(", "'%'", ")", "!=", "-", "1", "or", "last_modified_by", ".", "find", "(", "'*'", ")", "!=", "-", "1", "or", "last_modified_by", ".", "find", "(", "'%'", ")", "!=", "-", "1", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input2\"", ",", "\"Invalid Input for create_by or last_modified_by.\\\n No wildcard allowed.\"", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "'No wildcards allowed for create_by or last_modified_by'", ")", "try", ":", "if", "isinstance", "(", "min_cdate", ",", "basestring", ")", "and", "(", "'*'", "in", "min_cdate", "or", "'%'", "in", "min_cdate", ")", ":", "min_cdate", "=", "0", "else", ":", "try", ":", "min_cdate", "=", "int", "(", "min_cdate", ")", "except", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"invalid input for min_cdate\"", ")", "if", "isinstance", "(", "max_cdate", ",", "basestring", ")", "and", "(", "'*'", "in", "max_cdate", "or", "'%'", "in", "max_cdate", ")", ":", "max_cdate", "=", "0", "else", ":", "try", ":", "max_cdate", "=", "int", "(", "max_cdate", ")", "except", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"invalid input for max_cdate\"", ")", "if", "isinstance", "(", "min_ldate", ",", "basestring", ")", "and", "(", "'*'", "in", "min_ldate", "or", "'%'", "in", "min_ldate", ")", ":", "min_ldate", "=", "0", "else", ":", "try", ":", "min_ldate", "=", "int", "(", "min_ldate", ")", "except", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"invalid input for min_ldate\"", ")", "if", "isinstance", "(", "max_ldate", ",", "basestring", ")", "and", "(", "'*'", "in", "max_ldate", "or", "'%'", "in", "max_ldate", ")", ":", "max_ldate", "=", "0", "else", ":", "try", ":", "max_ldate", "=", "int", "(", "max_ldate", ")", "except", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"invalid input for max_ldate\"", ")", "if", "isinstance", "(", "cdate", ",", "basestring", ")", "and", "(", "'*'", "in", "cdate", "or", "'%'", "in", "cdate", ")", ":", "cdate", "=", "0", "else", ":", "try", ":", "cdate", "=", "int", "(", "cdate", ")", "except", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"invalid input for cdate\"", ")", "if", "isinstance", "(", "ldate", ",", "basestring", ")", "and", "(", "'*'", "in", "ldate", "or", "'%'", "in", "ldate", ")", ":", "ldate", "=", "0", "else", ":", "try", ":", "ldate", "=", "int", "(", "ldate", ")", "except", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "\"dbsException-invalid-input\"", ",", "\"invalid input for ldate\"", ")", "except", "dbsException", "as", "de", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "de", ".", "eCode", ",", "de", ".", "message", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "de", ".", "serverError", ")", "except", "Exception", "as", "ex", ":", "sError", "=", "\"DBSReaderModel/listDatasets. %s \\n. Exception trace: \\n %s\"", "%", "(", "ex", ",", "traceback", ".", "format_exc", "(", ")", ")", "dbsExceptionHandler", "(", "'dbsException-server-error'", ",", "dbsExceptionCode", "[", "'dbsException-server-error'", "]", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "sError", ")", "detail", "=", "detail", "in", "(", "True", ",", "1", ",", "\"True\"", ",", "\"1\"", ",", "'true'", ")", "try", ":", "return", "self", ".", "dbsDataset", ".", "listDatasets", "(", "dataset", ",", "parent_dataset", ",", "is_dataset_valid", ",", "release_version", ",", "pset_hash", ",", "app_name", ",", "output_module_label", ",", "global_tag", ",", "processing_version", ",", "acquisition_era_name", ",", "run_num", ",", "physics_group_name", ",", "logical_file_name", ",", "primary_ds_name", ",", "primary_ds_type", ",", "processed_ds_name", ",", "data_tier_name", ",", "dataset_access_type", ",", "prep_id", ",", "create_by", ",", "last_modified_by", ",", "min_cdate", ",", "max_cdate", ",", "min_ldate", ",", "max_ldate", ",", "cdate", ",", "ldate", ",", "detail", ",", "dataset_id", ")", "except", "dbsException", "as", "de", ":", "dbsExceptionHandler", "(", "de", ".", "eCode", ",", "de", ".", "message", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "de", ".", "serverError", ")", "except", "Exception", "as", "ex", ":", "sError", "=", "\"DBSReaderModel/listdatasets. %s.\\n Exception trace: \\n %s\"", "%", "(", "ex", ",", "traceback", ".", "format_exc", "(", ")", ")", "dbsExceptionHandler", "(", "'dbsException-server-error'", ",", "dbsExceptionCode", "[", "'dbsException-server-error'", "]", ",", "self", ".", "logger", ".", "exception", ",", "sError", ")" ]

[ "def", "hist_calls_with_dims", "(", "*", "*", "dims", ")", ":", "def", "hist_wrapper", "(", "fn", ")", ":", "@", "functools", ".", "wraps", "(", "fn", ")", "def", "fn_wrapper", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "_histogram", "=", "histogram", "(", "\"%s_calls\"", "%", "pyformance", ".", "registry", ".", "get_qualname", "(", "fn", ")", ",", "*", "*", "dims", ")", "rtn", "=", "fn", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "type", "(", "rtn", ")", "in", "(", "int", ",", "float", ")", ":", "_histogram", ".", "add", "(", "rtn", ")", "return", "rtn", "return", "fn_wrapper", "return", "hist_wrapper" ]

[ "def", "get_referer", "(", "req", ",", "replace_ampersands", "=", "False", ")", ":", "try", ":", "referer", "=", "req", ".", "headers_in", "[", "'Referer'", "]", "if", "replace_ampersands", "==", "1", ":", "return", "referer", ".", "replace", "(", "'&'", ",", "'&amp;'", ")", "return", "referer", "except", "KeyError", ":", "return", "''" ]

[ "def", "extractall", "(", "filename", ",", "directory", ",", "backend", "=", "'auto'", ",", "auto_create_dir", "=", "False", ")", ":", "Archive", "(", "filename", ",", "backend", ")", ".", "extractall", "(", "directory", ",", "auto_create_dir", "=", "auto_create_dir", ")" ]

[ "def", "dispatch", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "super", "(", "AnimalYearArchive", ",", "self", ")", ".", "dispatch", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "def", "setChatPhoto", "(", "self", ",", "chat_id", ",", "photo", ")", ":", "p", "=", "_strip", "(", "locals", "(", ")", ",", "more", "=", "[", "'photo'", "]", ")", "return", "self", ".", "_api_request_with_file", "(", "'setChatPhoto'", ",", "_rectify", "(", "p", ")", ",", "'photo'", ",", "photo", ")" ]

[ "def", "before_add_field", "(", "self", ",", "field", ")", ":", "if", "self", ".", "extract_fields", "and", "field", ".", "name", "==", "'*'", ":", "field", ".", "ignore", "=", "True", "fields", "=", "[", "model_field", ".", "column", "for", "model_field", "in", "self", ".", "model", ".", "_meta", ".", "fields", "]", "self", ".", "add_fields", "(", "fields", ")" ]

[ "def", "decode", "(", "self", ",", "litmap", ")", ":", "return", "Or", "(", "*", "[", "And", "(", "*", "[", "litmap", "[", "idx", "]", "for", "idx", "in", "clause", "]", ")", "for", "clause", "in", "self", ".", "clauses", "]", ")" ]

[ "def", "date_to_long_form_string", "(", "dt", ",", "locale_", "=", "'en_US.utf8'", ")", ":", "if", "locale_", ":", "old_locale", "=", "locale", ".", "getlocale", "(", ")", "locale", ".", "setlocale", "(", "locale", ".", "LC_ALL", ",", "locale_", ")", "v", "=", "dt", ".", "strftime", "(", "\"%A %B %d %Y\"", ")", "if", "locale_", ":", "locale", ".", "setlocale", "(", "locale", ".", "LC_ALL", ",", "old_locale", ")", "return", "v" ]

[ "def", "first_up", "(", "ofile", ",", "Rec", ",", "file_type", ")", ":", "keylist", "=", "[", "]", "pmag_out", "=", "open", "(", "ofile", ",", "'a'", ")", "outstring", "=", "\"tab \\t\"", "+", "file_type", "+", "\"\\n\"", "pmag_out", ".", "write", "(", "outstring", ")", "keystring", "=", "\"\"", "for", "key", "in", "list", "(", "Rec", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "keystring", "=", "keystring", "+", "'\\t'", "+", "key", "keylist", ".", "append", "(", "key", ")", "keystring", "=", "keystring", "+", "'\\n'", "pmag_out", ".", "write", "(", "keystring", "[", "1", ":", "]", ")", "pmag_out", ".", "close", "(", ")", "return", "keylist" ]

[ "def", "color", "(", "requestContext", ",", "seriesList", ",", "theColor", ")", ":", "for", "series", "in", "seriesList", ":", "series", ".", "color", "=", "theColor", "return", "seriesList" ]

[ "def", "dumps", "(", "o", ",", "preserve", "=", "False", ")", ":", "retval", "=", "\"\"", "addtoretval", ",", "sections", "=", "_dump_sections", "(", "o", ",", "\"\"", ")", "retval", "+=", "addtoretval", "while", "sections", "!=", "{", "}", ":", "newsections", "=", "{", "}", "for", "section", "in", "sections", ":", "addtoretval", ",", "addtosections", "=", "_dump_sections", "(", "sections", "[", "section", "]", ",", "section", ",", "preserve", ")", "if", "addtoretval", "or", "(", "not", "addtoretval", "and", "not", "addtosections", ")", ":", "if", "retval", "and", "retval", "[", "-", "2", ":", "]", "!=", "\"\\n\\n\"", ":", "retval", "+=", "\"\\n\"", "retval", "+=", "\"[\"", "+", "section", "+", "\"]\\n\"", "if", "addtoretval", ":", "retval", "+=", "addtoretval", "for", "s", "in", "addtosections", ":", "newsections", "[", "section", "+", "\".\"", "+", "s", "]", "=", "addtosections", "[", "s", "]", "sections", "=", "newsections", "return", "retval" ]

[ "def", "abs_energy", "(", "self", ",", "x", ")", ":", "_energy", "=", "feature_calculators", ".", "abs_energy", "(", "x", ")", "logging", ".", "debug", "(", "\"abs energy by tsfresh calculated\"", ")", "return", "_energy" ]

[ "def", "create_token_generator", "(", "input_list", ")", ":", "###Generator trick from http://betteratoracle.com/posts/20-how-do-i-bind-a-variable-in-list", "###The maximum length of the comma separated list is 4000 characters, therefore we need to split the list", "###ORA-01460: unimplemented or unreasonable conversion requested will thrown if list is larger", "oracle_limit", "=", "4000", "grp_list", "=", "[", "]", "if", "type", "(", "input_list", "[", "0", "]", ")", "==", "int", ":", "input_str", "=", "','", ".", "join", "(", "map", "(", "str", ",", "input_list", ")", ")", "else", ":", "input_str", "=", "','", ".", "join", "(", "input_list", ")", "if", "len", "(", "input_str", ")", ">=", "oracle_limit", ":", "index", "=", "0", "while", "True", ":", "begin", ",", "end", "=", "index", ",", "index", "+", "oracle_limit", "if", "end", ">", "len", "(", "input_str", ")", ":", "end", "=", "len", "(", "input_str", ")", "grp_list", ".", "append", "(", "input_str", "[", "begin", ":", "end", "]", ")", "break", "else", ":", "index", "=", "input_str", ".", "rfind", "(", "','", ",", "begin", ",", "end", ")", "if", "index", "==", "-", "1", ":", "break", "grp_list", ".", "append", "(", "input_str", "[", "begin", ":", "index", "]", ")", "index", "+=", "1", "#to remove the leading comma", "else", ":", "grp_list", ".", "append", "(", "input_str", ")", "token_generator", "=", "\"\"\"\n WITH TOKEN_GENERATOR AS (\n \"\"\"", "binds", "=", "{", "}", "for", "index", ",", "chunk", "in", "enumerate", "(", "grp_list", ")", ":", "if", "index", ":", "token_generator", "+=", "\"\"\"\n UNION ALL\n \"\"\"", "bind", "=", "\"token_%s\"", "%", "index", "token_generator", "+=", "\"\"\"SELECT REGEXP_SUBSTR(:{bind}, '[^,]+', 1, LEVEL) token\n FROM DUAL\n CONNECT BY LEVEL <= LENGTH(:{bind}) - LENGTH(REPLACE(:{bind}, ',', '')) + 1\n \"\"\"", ".", "format", "(", "bind", "=", "bind", ")", "binds", ".", "update", "(", "{", "bind", ":", "chunk", "}", ")", "token_generator", "+=", "\")\"", "return", "token_generator", ",", "binds" ]

[ "def", "init_file", "(", "self", ",", "filename", ",", "lines", ",", "expected", ",", "line_offset", ")", ":", "super", "(", "_PycodestyleReport", ",", "self", ")", ".", "init_file", "(", "filename", ",", "lines", ",", "expected", ",", "line_offset", ")", "self", ".", "errors", "=", "[", "]" ]

[ "def", "detectSonyMylo", "(", "self", ")", ":", "return", "UAgentInfo", ".", "manuSony", "in", "self", ".", "__userAgent", "and", "(", "UAgentInfo", ".", "qtembedded", "in", "self", ".", "__userAgent", "or", "UAgentInfo", ".", "mylocom2", "in", "self", ".", "__userAgent", ")" ]

[ "def", "close", "(", "self", ")", ":", "for", "path", "in", "self", ".", "_temp_filenames", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "path", ")", ":", "os", ".", "remove", "(", "path", ")" ]

[ "def", "index_queryset", "(", "self", ",", "using", "=", "None", ")", ":", "return", "self", ".", "get_model", "(", ")", ".", "objects", ".", "filter", "(", "modified__lte", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "now", "(", ")", ",", "status", "=", "STATUS", ".", "published", ")" ]

[ "def", "decode_timeseries", "(", "self", ",", "resp_ttb", ",", "tsobj", ",", "convert_timestamp", "=", "False", ")", ":", "if", "resp_ttb", "is", "None", ":", "return", "tsobj", "self", ".", "maybe_err_ttb", "(", "resp_ttb", ")", "# NB: some queries return a BARE 'tsqueryresp' atom", "# catch that here:", "if", "resp_ttb", "==", "tsqueryresp_a", ":", "return", "tsobj", "# The response atom is the first element in the response tuple", "resp_a", "=", "resp_ttb", "[", "0", "]", "if", "resp_a", "==", "tsputresp_a", ":", "return", "elif", "resp_a", "==", "tsgetresp_a", "or", "resp_a", "==", "tsqueryresp_a", ":", "resp_data", "=", "resp_ttb", "[", "1", "]", "if", "len", "(", "resp_data", ")", "==", "0", ":", "return", "elif", "len", "(", "resp_data", ")", "==", "3", ":", "resp_colnames", "=", "resp_data", "[", "0", "]", "resp_coltypes", "=", "resp_data", "[", "1", "]", "tsobj", ".", "columns", "=", "self", ".", "decode_timeseries_cols", "(", "resp_colnames", ",", "resp_coltypes", ")", "resp_rows", "=", "resp_data", "[", "2", "]", "tsobj", ".", "rows", "=", "[", "]", "for", "resp_row", "in", "resp_rows", ":", "tsobj", ".", "rows", ".", "append", "(", "self", ".", "decode_timeseries_row", "(", "resp_row", ",", "resp_coltypes", ",", "convert_timestamp", ")", ")", "else", ":", "raise", "RiakError", "(", "\"Expected 3-tuple in response, got: {}\"", ".", "format", "(", "resp_data", ")", ")", "else", ":", "raise", "RiakError", "(", "\"Unknown TTB response type: {}\"", ".", "format", "(", "resp_a", ")", ")" ]