Datasets:

Denis641

/

AdvTestNegatives

like 0

[ "def", "start_transmit", "(", "self", ",", "blocking", "=", "False", ",", "start_packet_groups", "=", "True", ",", "*", "ports", ")", ":", "port_list", "=", "self", ".", "set_ports_list", "(", "*", "ports", ")", "if", "start_packet_groups", ":", "port_list_for_packet_groups", "=", "self", ".", "ports", ".", "values", "(", ")", "port_list_for_packet_groups", "=", "self", ".", "set_ports_list", "(", "*", "port_list_for_packet_groups", ")", "self", ".", "api", ".", "call_rc", "(", "'ixClearTimeStamp {}'", ".", "format", "(", "port_list_for_packet_groups", ")", ")", "self", ".", "api", ".", "call_rc", "(", "'ixStartPacketGroups {}'", ".", "format", "(", "port_list_for_packet_groups", ")", ")", "self", ".", "api", ".", "call_rc", "(", "'ixStartTransmit {}'", ".", "format", "(", "port_list", ")", ")", "time", ".", "sleep", "(", "0.2", ")", "if", "blocking", ":", "self", ".", "wait_transmit", "(", "*", "ports", ")" ]

[ "def", "revealjs", "(", "basedir", "=", "None", ",", "title", "=", "None", ",", "subtitle", "=", "None", ",", "description", "=", "None", ",", "github_user", "=", "None", ",", "github_repo", "=", "None", ")", ":", "basedir", "=", "basedir", "or", "query_input", "(", "'Base dir of the presentation?'", ",", "default", "=", "'~/repos/my_presi'", ")", "revealjs_repo_name", "=", "'reveal.js'", "revealjs_dir", "=", "flo", "(", "'{basedir}/{revealjs_repo_name}'", ")", "_lazy_dict", "[", "'presi_title'", "]", "=", "title", "_lazy_dict", "[", "'presi_subtitle'", "]", "=", "subtitle", "_lazy_dict", "[", "'presi_description'", "]", "=", "description", "_lazy_dict", "[", "'github_user'", "]", "=", "github_user", "_lazy_dict", "[", "'github_repo'", "]", "=", "github_repo", "question", "=", "flo", "(", "\"Base dir already contains a sub dir '{revealjs_repo_name}'.\"", "' Reset (and re-download) reveal.js codebase?'", ")", "if", "not", "exists", "(", "revealjs_dir", ")", "or", "query_yes_no", "(", "question", ",", "default", "=", "'no'", ")", ":", "run", "(", "flo", "(", "'mkdir -p {basedir}'", ")", ")", "set_up_revealjs_codebase", "(", "basedir", ",", "revealjs_repo_name", ")", "install_plugins", "(", "revealjs_dir", ")", "apply_customizations", "(", "repo_dir", "=", "revealjs_dir", ")", "if", "exists", "(", "revealjs_dir", ")", ":", "install_files_in_basedir", "(", "basedir", ",", "repo_dir", "=", "revealjs_dir", ")", "init_git_repo", "(", "basedir", ")", "create_github_remote_repo", "(", "basedir", ")", "setup_npm", "(", "revealjs_dir", ")", "else", ":", "print", "(", "'abort'", ")" ]

[ "def", "ITRF_position_velocity_error", "(", "self", ",", "t", ")", ":", "rTEME", ",", "vTEME", ",", "error", "=", "self", ".", "_position_and_velocity_TEME_km", "(", "t", ")", "rTEME", "/=", "AU_KM", "vTEME", "/=", "AU_KM", "vTEME", "*=", "DAY_S", "rITRF", ",", "vITRF", "=", "TEME_to_ITRF", "(", "t", ".", "ut1", ",", "rTEME", ",", "vTEME", ")", "return", "rITRF", ",", "vITRF", ",", "error" ]

[ "def", "_resample_regressor", "(", "hr_regressor", ",", "hr_frame_times", ",", "frame_times", ")", ":", "from", "scipy", ".", "interpolate", "import", "interp1d", "f", "=", "interp1d", "(", "hr_frame_times", ",", "hr_regressor", ")", "return", "f", "(", "frame_times", ")", ".", "T" ]

[ "def", "_try_free_lease", "(", "self", ",", "shard_state", ",", "slice_retry", "=", "False", ")", ":", "@", "db", ".", "transactional", "def", "_tx", "(", ")", ":", "fresh_state", "=", "model", ".", "ShardState", ".", "get_by_shard_id", "(", "shard_state", ".", "shard_id", ")", "if", "fresh_state", "and", "fresh_state", ".", "active", ":", "# Free lease.", "fresh_state", ".", "slice_start_time", "=", "None", "fresh_state", ".", "slice_request_id", "=", "None", "if", "slice_retry", ":", "fresh_state", ".", "slice_retries", "+=", "1", "fresh_state", ".", "put", "(", ")", "try", ":", "_tx", "(", ")", "# pylint: disable=broad-except", "except", "Exception", ",", "e", ":", "logging", ".", "warning", "(", "e", ")", "logging", ".", "warning", "(", "\"Release lock for shard %s failed. Wait for lease to expire.\"", ",", "shard_state", ".", "shard_id", ")" ]

[ "def", "reward_bonus", "(", "self", ",", "assignment_id", ",", "amount", ",", "reason", ")", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "mturkservice", ".", "grant_bonus", "(", "assignment_id", ",", "amount", ",", "reason", ")", "except", "MTurkServiceException", "as", "ex", ":", "logger", ".", "exception", "(", "str", "(", "ex", ")", ")" ]

[ "def", "delete_files", "(", ")", ":", "session_token", "=", "request", ".", "headers", "[", "'session_token'", "]", "repository", "=", "request", ".", "headers", "[", "'repository'", "]", "#===", "current_user", "=", "have_authenticated_user", "(", "request", ".", "environ", "[", "'REMOTE_ADDR'", "]", ",", "repository", ",", "session_token", ")", "if", "current_user", "is", "False", ":", "return", "fail", "(", "user_auth_fail_msg", ")", "#===", "repository_path", "=", "config", "[", "'repositories'", "]", "[", "repository", "]", "[", "'path'", "]", "body_data", "=", "request", ".", "get_json", "(", ")", "def", "with_exclusive_lock", "(", ")", ":", "if", "not", "varify_user_lock", "(", "repository_path", ",", "session_token", ")", ":", "return", "fail", "(", "lock_fail_msg", ")", "try", ":", "data_store", "=", "versioned_storage", "(", "repository_path", ")", "if", "not", "data_store", ".", "have_active_commit", "(", ")", ":", "return", "fail", "(", "no_active_commit_msg", ")", "#-------------", "for", "fle", "in", "json", ".", "loads", "(", "body_data", "[", "'files'", "]", ")", ":", "data_store", ".", "fs_delete", "(", "fle", ")", "# updates the user lock expiry", "update_user_lock", "(", "repository_path", ",", "session_token", ")", "return", "success", "(", ")", "except", "Exception", ":", "return", "fail", "(", ")", "# pylint: disable=broad-except", "return", "lock_access", "(", "repository_path", ",", "with_exclusive_lock", ")" ]

[ "def", "detect_protocol", "(", "cls", ",", "message", ")", ":", "main", "=", "cls", ".", "_message_to_payload", "(", "message", ")", "def", "protocol_for_payload", "(", "payload", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "payload", ",", "dict", ")", ":", "return", "JSONRPCLoose", "# Will error", "# Obey an explicit \"jsonrpc\"", "version", "=", "payload", ".", "get", "(", "'jsonrpc'", ")", "if", "version", "==", "'2.0'", ":", "return", "JSONRPCv2", "if", "version", "==", "'1.0'", ":", "return", "JSONRPCv1", "# Now to decide between JSONRPCLoose and JSONRPCv1 if possible", "if", "'result'", "in", "payload", "and", "'error'", "in", "payload", ":", "return", "JSONRPCv1", "return", "JSONRPCLoose", "if", "isinstance", "(", "main", ",", "list", ")", ":", "parts", "=", "set", "(", "protocol_for_payload", "(", "payload", ")", "for", "payload", "in", "main", ")", "# If all same protocol, return it", "if", "len", "(", "parts", ")", "==", "1", ":", "return", "parts", ".", "pop", "(", ")", "# If strict protocol detected, return it, preferring JSONRPCv2.", "# This means a batch of JSONRPCv1 will fail", "for", "protocol", "in", "(", "JSONRPCv2", ",", "JSONRPCv1", ")", ":", "if", "protocol", "in", "parts", ":", "return", "protocol", "# Will error if no parts", "return", "JSONRPCLoose", "return", "protocol_for_payload", "(", "main", ")" ]

[ "def", "stop", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_server", ".", "shutdown", "(", ")", "self", ".", "_server", ".", "server_close", "(", ")", "self", ".", "_thread", ".", "join", "(", ")", "self", ".", "running", "=", "False" ]

[ "def", "alpha_blend", "(", "self", ",", "other", ")", ":", "# get final alpha channel", "fa", "=", "self", ".", "__a", "+", "other", ".", "__a", "-", "(", "self", ".", "__a", "*", "other", ".", "__a", ")", "# get percentage of source alpha compared to final alpha", "if", "fa", "==", "0", ":", "sa", "=", "0", "else", ":", "sa", "=", "min", "(", "1.0", ",", "self", ".", "__a", "/", "other", ".", "__a", ")", "# destination percentage is just the additive inverse", "da", "=", "1.0", "-", "sa", "sr", ",", "sg", ",", "sb", "=", "[", "v", "*", "sa", "for", "v", "in", "self", ".", "__rgb", "]", "dr", ",", "dg", ",", "db", "=", "[", "v", "*", "da", "for", "v", "in", "other", ".", "__rgb", "]", "return", "Color", "(", "(", "sr", "+", "dr", ",", "sg", "+", "dg", ",", "sb", "+", "db", ")", ",", "'rgb'", ",", "fa", ",", "self", ".", "__wref", ")" ]

[ "def", "switch_company", "(", "ctx", ",", "company", ")", ":", "current_company", "=", "ctx", ".", "env", ".", "user", ".", "company_id", "ctx", ".", "env", ".", "user", ".", "company_id", "=", "safe_record", "(", "ctx", ",", "company", ")", "yield", "ctx", "ctx", ".", "env", ".", "user", ".", "company_id", "=", "current_company" ]

[ "def", "check_origin", "(", "self", ",", "origin", ")", ":", "mod_opts", "=", "self", ".", "application", ".", "mod_opts", "if", "mod_opts", ".", "get", "(", "'cors_origin'", ")", ":", "return", "bool", "(", "_check_cors_origin", "(", "origin", ",", "mod_opts", "[", "'cors_origin'", "]", ")", ")", "else", ":", "return", "super", "(", "AllEventsHandler", ",", "self", ")", ".", "check_origin", "(", "origin", ")" ]

[ "def", "_eval_progress", "(", "self", ",", "match", ")", ":", "_locals", "=", "{", "k", ":", "safe_float", "(", "v", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "match", ".", "groupdict", "(", ")", ".", "items", "(", ")", "}", "if", "\"x\"", "not", "in", "_locals", ":", "_locals", "[", "\"x\"", "]", "=", "[", "safe_float", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "match", ".", "groups", "(", ")", "]", "try", ":", "return", "int", "(", "eval", "(", "self", ".", "progress_expr", ",", "{", "}", ",", "_locals", ")", ")", "except", ":", "return", "None" ]

[ "def", "watchdog_handler", "(", "self", ")", ":", "_LOGGING", ".", "debug", "(", "'%s Watchdog expired. Resetting connection.'", ",", "self", ".", "name", ")", "self", ".", "watchdog", ".", "stop", "(", ")", "self", ".", "reset_thrd", ".", "set", "(", ")" ]

[ "def", "saveWeightsToFile", "(", "self", ",", "filename", ",", "mode", "=", "'pickle'", ",", "counter", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "saveWeights", "(", "filename", ",", "mode", ",", "counter", ")" ]

[ "def", "_init_dataframes", "(", "self", ")", ":", "df", "=", "pd", ".", "read_sql_query", "(", "\"SELECT elapsed, epoch, scriptrun_time, custom_timers FROM result ORDER BY epoch ASC\"", ",", "db", ".", "get_conn", "(", ")", ")", "self", ".", "_get_all_timers", "(", "df", ")", "self", ".", "main_results", "=", "self", ".", "_get_processed_dataframe", "(", "df", ")", "# create all custom timers dataframes", "for", "key", ",", "value", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "self", ".", "_timers_values", ")", ":", "df", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", "value", ",", "columns", "=", "[", "'epoch'", ",", "'scriptrun_time'", "]", ")", "df", ".", "index", "=", "pd", ".", "to_datetime", "(", "df", "[", "'epoch'", "]", ",", "unit", "=", "'s'", ")", "timer_results", "=", "self", ".", "_get_processed_dataframe", "(", "df", ")", "self", ".", "timers_results", "[", "key", "]", "=", "timer_results", "# clear memory", "del", "self", ".", "_timers_values" ]

[ "def", "_init_dataframes", "(", "self", ")", ":", "df", "=", "pd", ".", "read_sql_query", "(", "\"SELECT elapsed, epoch, scriptrun_time, custom_timers FROM result ORDER BY epoch ASC\"", ",", "db", ".", "get_conn", "(", ")", ")", "self", ".", "_get_all_timers", "(", "df", ")", "self", ".", "main_results", "=", "self", ".", "_get_processed_dataframe", "(", "df", ")", "# create all custom timers dataframes", "for", "key", ",", "value", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "self", ".", "_timers_values", ")", ":", "df", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", "value", ",", "columns", "=", "[", "'epoch'", ",", "'scriptrun_time'", "]", ")", "df", ".", "index", "=", "pd", ".", "to_datetime", "(", "df", "[", "'epoch'", "]", ",", "unit", "=", "'s'", ")", "timer_results", "=", "self", ".", "_get_processed_dataframe", "(", "df", ")", "self", ".", "timers_results", "[", "key", "]", "=", "timer_results", "# clear memory", "del", "self", ".", "_timers_values" ]

[ "def", "create", "(", "cls", ",", "destination", ")", ":", "mdb_gz_b64", "=", "\"\"\"\\\n H4sICIenn1gC/25ldzIwMDMubWRiAO2de2wcRx3Hf7O7Pt/d3u6eLyEtVaOaqg+EkjQvuVVDwa9a\n jWXHdZxQQlCJ7fOrfp3OTpqkhVxTItFWIhVQVFBRVNIKRaColVpAUKGKRwwFqUAhKiBIpUaoVWP+\n qKgIIHL8Znb39u72znWJiWP3+9l473fzm/nNY3cdf2fmbBJEPdO9E+nebLq+fWC6vrWZOImen9D7\n 9sR+vPPNE0PZxo/TE5879mj+yNc3/OzAD2bXv3DmV9/o/8PZnxxr+/fDL2w79ulzN7e+/sS/zvzz\n w3+N1z28p3PTfQ3nfn/m2YmeFS2no89uWnvqwO5HUvd/5Phr938tes3j/zm5+qT41J8/P/iZx87/\n +qHrjgyduubG1t/+7eWB2XztTNuT+1clZt9c2/e7HRGizevWEwAAAAAAAACAhUEIwvE+PoRIO8K7\n FzT6obPPwTMBAAAAAAAAAABcfpzPXwya+Ispo1xlEO2KEEX9eaGyWnrqyKQ60tQ0AcNZRcR1RYuy\n +XZCxoqRzmaMI6cKGRJuJVrIEZUOQ9UrHStUYpyzKkdNmSPFDkM6aguhXMdVHCMuHXE2Suu4IFQJ\n l6CErNWUDouDlbdKOZIcrKLD4S5WdNhqIEodqlVaofKgVTHpiBQ6uLG0uaKsuYbf3IS8BmV1qFAm\n j1Z5Hbp06GWDKC+DTS00SRN8DFA/TXNfW6mXX3upj7+mOHWllzLAObN8du0gdSdlKO3ZcWqjMbaH\n uOQqtidViRF+P0HbOH2c3xm0lfMb1EH7uHZ5vp32c+ks+5PqfSeXS9NejjTAvZQpd7J3kuuJFqLE\n qYvuVa3Ocqk7OVXWNMFxZPRVtJ1zSXuCBrlkh+rjEF1Zlt5Dw6qN0xx5Bx3gGgbowVo56EIjkc9T\n xX9Jdd+5PKDOD6q3VQvwv7qiZ8st419cdYHlo6iuriF8X4HA590AsodXhvrsj0yMDPnAuI+ZvOrq\n 1o7K51Hdy7a8cdXNm5AedbfG5W3j3lOybxFZKb6zAgAAAAAAsNzQxAlbvnYJV3VcUU3/S2luBIKF\n ha+IlWp+wxW4IiRXRSXxKeNU1eOxUuUbSOIINbEM7WT506ZE3LASgCOeYJWCMcnCsI/u8eSsFEYR\n lnlbWa6+u0jTYqSkvuQL9G5CLFwTRBMAAAAAAAAAgMtW/79lyVdLKxW7oqDF3bXOniib0UD/m/xq\n loWqvFwt3DX/mrLNALIu3V35NkpK1JDmL+2XOmr9pf1gKiFY4I672wc0mveaf6zaenyKmljPT6t5\n hT7a6y13y0XqjFpwneJjRC0oRwvL3eUL2fHCcuyGIntjhTkDuZCd5Vc5j+HNUMyx+myYcpHW5YG5\n ZijUdbg2VFu4ZzzcHFM3seQLAAAAAAAAAMtc//9S6cm1emX97ytK1v81rHelhtfVfAFnseZXRdV9\n Ad7+dhGS5kbl3eqe/K8pU/nnYwX5X2VeoLbCZwHi7txD6aTELabnoLJ5AfPFC8JmFd3Pun+MlfM4\n q/846/4s62i5+8Dmc7EvSVN0UG2tL00p1uPXqZTt/G5QqX+5lbufz+mSctVzFce6upBrTG3Fd+cn\n pmiYrUyw8+GNfL4hn8/k83qZrVlyGzgPeqbhjcOqx7KMEZRpU/MPQ+rsldEtuYm8vExkznoMS+6b\n KC5TZRt8wVf4xEkFX4V5D/X2vYz1/EcR8yMAAAAAAACAJY0Qf/d3vLPUlb//b4Nzzv6W3Wevtl+1\n vmxts2LWTxOHErcm3jGfMUfNG0yMGQAAAAAAeJ/8rLwAMXIYRgCARFv8IIaYtKpGqCdqlN/2kupD\n /ob67qXhsi0lDh2Vp6728faO9tHuUflfWJ1wE0e6724f35XuG71r16Dr0FwH573by6rKi0N7RveN\n tnd6aTVBWrpjd3fnuJtsBMnDk90ju7zckSA5XGGtdGrK2dWhUnRcMgAAAAAAAAD4v2CIV6vqf82I\n Jusbcwsy7wkWSf/n1JQNq/Oc+uQGq/ecmsphYZ6Tn6XwRLjwxb7mTxDoakLgURUFshwAAAAAAAAA\n ljpCrHZ8W/f2/2NUAAAAAAAAAAAAhXH5RLm4IIbotqot7hbW/0MGWCp46/+pgpHwjZS3IyAlfMPy\n tgakNN+wfcPxNgukdN9I+kadt30gZfhGjW+s8I2V3s6CVNTbWZCK+Eatb3zAN1Z5mw5SMd+I+wZ+\n +QQAAAAAAAAA/K8IcdT27Zqi3/+HkQEAAAAAAAAAsGgkMQQLjSHqbQPDAAAAAAAAAAAALGuw/g8A\n AAAAAAAA4DJUqwsQI7cQDWlcLiMq1/9rcGMBAAAAAAAAAADLGuh/AAAAAAAAAAAA+h8AAAAAAAAA\n AABLHyHusDTPjtLzTtoxnRftUftqe8YatDA+AAAAAAAAAPDeqJN/KVt+et0R9PYnzz7W8PrZRv+V\n HblO6qEDNEXbaYDGqJemaYQmaYJThtnK8Gvzb1opfDRTPZmUlxUY86qgm/ZyFVkOOqCC3kLhoyEI\n qs8raBO10O0q3EYKH+uDcNq8wnVRH93D7evnYZhHG5kkB3a0OYO2ctCWV9ZR+FhT0l2HCzl6xVBz\n XZyPUvi4taTjcwRuVUF7uYW9HMy9MJspfGwMAoo5A+5Qwca8UHN2WogeU/fu0ito1vmjM+M85zzp\n fNG5zxl2djrNzk3O9+0m+yWrx2q0fpH4buJ4Yk3ig4lvmkfxx9gBAAAAAAC4OAylQfJ5h5pfSVCc\n f853gqSmWPSZux6xjUznltH2HT/flNu7++0NZ7/07cg/vnPbVu30y6d/NLvlabPh+j81v/Xc5g9l\n 1h2f+epn9+VPdN90OHHvU50fm94y/ZXvWQ/tP/yJG/NH3llz8A79tlNPG72DHSePHdzz2s3XPzVj\n vzSUvSHjVys1Rv5CSUv8pEvcEqkbV/KX35JaQ+npikmRS9o4rtYIt8RYnJa4Ou6SV6stTm+l7rcX\n q9qSy+23pCVIcgV/SZKuJj5CSRc4Y/PpkiesLJcI53J37NvFuQzv4peGL0/SypP+C+45xVAAMAEA\n \"\"\"", "pristine", "=", "StringIO", "(", ")", "pristine", ".", "write", "(", "base64", ".", "b64decode", "(", "mdb_gz_b64", ")", ")", "pristine", ".", "seek", "(", "0", ")", "pristine", "=", "gzip", ".", "GzipFile", "(", "fileobj", "=", "pristine", ",", "mode", "=", "'rb'", ")", "with", "open", "(", "destination", ",", "'wb'", ")", "as", "handle", ":", "shutil", ".", "copyfileobj", "(", "pristine", ",", "handle", ")", "return", "cls", "(", "destination", ")" ]

[ "def", "pull", "(", "self", ",", "arm_id", ",", "success", ",", "failure", ")", ":", "self", ".", "__beta_dist_dict", "[", "arm_id", "]", ".", "observe", "(", "success", ",", "failure", ")" ]

[ "def", "read_tables", "(", "fstream", ")", ":", "table", "=", "read_table", "(", "fstream", ")", "while", "table", "is", "not", "None", ":", "yield", "table", "table", "=", "read_table", "(", "fstream", ")" ]

[ "def", "rebalance_replication_groups", "(", "self", ")", ":", "# Balance replicas over replication-groups for each partition", "if", "any", "(", "b", ".", "inactive", "for", "b", "in", "six", ".", "itervalues", "(", "self", ".", "cluster_topology", ".", "brokers", ")", ")", ":", "self", ".", "log", ".", "error", "(", "\"Impossible to rebalance replication groups because of inactive \"", "\"brokers.\"", ")", "raise", "RebalanceError", "(", "\"Impossible to rebalance replication groups because of inactive \"", "\"brokers\"", ")", "# Balance replica-count over replication-groups", "self", ".", "rebalance_replicas", "(", ")", "# Balance partition-count over replication-groups", "self", ".", "_rebalance_groups_partition_cnt", "(", ")" ]

[ "def", "comparebed", "(", "args", ")", ":", "p", "=", "OptionParser", "(", "comparebed", ".", "__doc__", ")", "opts", ",", "args", "=", "p", ".", "parse_args", "(", "args", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "!=", "2", ":", "sys", ".", "exit", "(", "not", "p", ".", "print_help", "(", ")", ")", "abed", ",", "bbed", "=", "args", "abed", "=", "Bed", "(", "abed", ")", "bbed", "=", "Bed", "(", "bbed", ")", "query_links", "(", "abed", ",", "bbed", ")", "query_links", "(", "bbed", ",", "abed", ")" ]

[ "def", "comp_overlap_table", "(", "data", ")", ":", "headers", "=", "OrderedDict", "(", ")", "headers", "[", "'comp_rate'", "]", "=", "{", "'title'", ":", "'Compare rate'", ",", "'description'", ":", "'Ratio of known variants found in the reference set.'", ",", "'namespace'", ":", "'GATK'", ",", "'min'", ":", "0", ",", "'max'", ":", "100", ",", "'suffix'", ":", "'%'", ",", "'format'", ":", "'{:,.2f}'", ",", "'scale'", ":", "'Blues'", ",", "}", "headers", "[", "'concordant_rate'", "]", "=", "{", "'title'", ":", "'Concordant rate'", ",", "'description'", ":", "'Ratio of variants matching alleles in the reference set.'", ",", "'namespace'", ":", "'GATK'", ",", "'min'", ":", "0", ",", "'max'", ":", "100", ",", "'suffix'", ":", "'%'", ",", "'format'", ":", "'{:,.2f}'", ",", "'scale'", ":", "'Blues'", ",", "}", "headers", "[", "'eval_variants'", "]", "=", "{", "'title'", ":", "'M Evaluated variants'", ",", "'description'", ":", "'Number of called variants (millions)'", ",", "'namespace'", ":", "'GATK'", ",", "'min'", ":", "0", ",", "'modify'", ":", "lambda", "x", ":", "float", "(", "x", ")", "/", "1000000.0", "}", "headers", "[", "'known_sites'", "]", "=", "{", "'title'", ":", "'M Known sites'", ",", "'description'", ":", "'Number of known variants (millions)'", ",", "'namespace'", ":", "'GATK'", ",", "'min'", ":", "0", ",", "'modify'", ":", "lambda", "x", ":", "float", "(", "x", ")", "/", "1000000.0", "}", "headers", "[", "'novel_sites'", "]", "=", "{", "'title'", ":", "'M Novel sites'", ",", "'description'", ":", "'Number of novel variants (millions)'", ",", "'namespace'", ":", "'GATK'", ",", "'min'", ":", "0", ",", "'modify'", ":", "lambda", "x", ":", "float", "(", "x", ")", "/", "1000000.0", "}", "table_html", "=", "table", ".", "plot", "(", "data", ",", "headers", ",", "{", "'id'", ":", "'gatk_compare_overlap'", ",", "'table_title'", ":", "'GATK - Compare Overlap'", "}", ")", "return", "table_html" ]

[ "def", "decode_offset_commit_response", "(", "cls", ",", "response", ")", ":", "return", "[", "kafka", ".", "structs", ".", "OffsetCommitResponsePayload", "(", "topic", ",", "partition", ",", "error", ")", "for", "topic", ",", "partitions", "in", "response", ".", "topics", "for", "partition", ",", "error", "in", "partitions", "]" ]

[ "def", "delete_blobs", "(", "self", ",", "blobs", ",", "on_error", "=", "None", ",", "client", "=", "None", ")", ":", "for", "blob", "in", "blobs", ":", "try", ":", "blob_name", "=", "blob", "if", "not", "isinstance", "(", "blob_name", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "blob_name", "=", "blob", ".", "name", "self", ".", "delete_blob", "(", "blob_name", ",", "client", "=", "client", ")", "except", "NotFound", ":", "if", "on_error", "is", "not", "None", ":", "on_error", "(", "blob", ")", "else", ":", "raise" ]

[ "def", "saturation", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "value", "=", "clean_float", "(", "value", ")", "if", "value", "is", "None", ":", "return", "try", ":", "unit_moisture_weight", "=", "self", ".", "unit_moist_weight", "-", "self", ".", "unit_dry_weight", "unit_moisture_volume", "=", "unit_moisture_weight", "/", "self", ".", "_pw", "saturation", "=", "unit_moisture_volume", "/", "self", ".", "_calc_unit_void_volume", "(", ")", "if", "saturation", "is", "not", "None", "and", "not", "ct", ".", "isclose", "(", "saturation", ",", "value", ",", "rel_tol", "=", "self", ".", "_tolerance", ")", ":", "raise", "ModelError", "(", "\"New saturation (%.3f) is inconsistent \"", "\"with calculated value (%.3f)\"", "%", "(", "value", ",", "saturation", ")", ")", "except", "TypeError", ":", "pass", "old_value", "=", "self", ".", "saturation", "self", ".", "_saturation", "=", "value", "try", ":", "self", ".", "recompute_all_weights_and_void", "(", ")", "self", ".", "_add_to_stack", "(", "\"saturation\"", ",", "value", ")", "except", "ModelError", "as", "e", ":", "self", ".", "_saturation", "=", "old_value", "raise", "ModelError", "(", "e", ")" ]

[ "def", "user_agent", "(", "self", ",", "text", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "indicator_obj", "=", "UserAgent", "(", "text", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "self", ".", "_indicator", "(", "indicator_obj", ")" ]

[ "def", "make_random_models_table", "(", "n_sources", ",", "param_ranges", ",", "random_state", "=", "None", ")", ":", "prng", "=", "check_random_state", "(", "random_state", ")", "sources", "=", "Table", "(", ")", "for", "param_name", ",", "(", "lower", ",", "upper", ")", "in", "param_ranges", ".", "items", "(", ")", ":", "# Generate a column for every item in param_ranges, even if it", "# is not in the model (e.g. flux). However, such columns will", "# be ignored when rendering the image.", "sources", "[", "param_name", "]", "=", "prng", ".", "uniform", "(", "lower", ",", "upper", ",", "n_sources", ")", "return", "sources" ]

[ "def", "getInitialSample", "(", "self", ",", "wmg", ")", ":", "cands", "=", "range", "(", "len", "(", "wmg", ")", ")", "allPairs", "=", "itertools", ".", "combinations", "(", "cands", ",", "2", ")", "V", "=", "self", ".", "createBinaryRelation", "(", "len", "(", "cands", ")", ")", "for", "pair", "in", "allPairs", ":", "if", "wmg", "[", "pair", "[", "0", "]", "+", "1", "]", "[", "pair", "[", "1", "]", "+", "1", "]", ">", "0", ":", "V", "[", "pair", "[", "0", "]", "]", "[", "pair", "[", "1", "]", "]", "=", "1", "V", "[", "pair", "[", "1", "]", "]", "[", "pair", "[", "0", "]", "]", "=", "0", "else", ":", "V", "[", "pair", "[", "0", "]", "]", "[", "pair", "[", "1", "]", "]", "=", "0", "V", "[", "pair", "[", "1", "]", "]", "[", "pair", "[", "0", "]", "]", "=", "1", "return", "V" ]

[ "def", "_dd", "(", "self", ",", "file_name", ",", "offset", ",", "size", ",", "extension", ",", "output_file_name", "=", "None", ")", ":", "total_size", "=", "0", "# Default extracted file name is <displayed hex offset>.<extension>", "default_bname", "=", "\"%X\"", "%", "(", "offset", "+", "self", ".", "config", ".", "base", ")", "# Make sure the output file name is a string", "if", "output_file_name", "is", "not", "None", ":", "output_file_name", "=", "str", "(", "output_file_name", ")", "if", "self", ".", "max_size", "and", "size", ">", "self", ".", "max_size", ":", "size", "=", "self", ".", "max_size", "if", "not", "output_file_name", "or", "output_file_name", "is", "None", ":", "bname", "=", "default_bname", "else", ":", "# Strip the output file name of invalid/dangerous characters (like file paths)", "bname", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "output_file_name", ")", "fname", "=", "unique_file_name", "(", "bname", ",", "extension", ")", "try", ":", "# If byte swapping is enabled, we need to start reading at a swap-size", "# aligned offset, then index in to the read data appropriately.", "if", "self", ".", "config", ".", "swap_size", ":", "adjust", "=", "offset", "%", "self", ".", "config", ".", "swap_size", "else", ":", "adjust", "=", "0", "offset", "-=", "adjust", "# Open the target file and seek to the offset", "fdin", "=", "self", ".", "config", ".", "open_file", "(", "file_name", ")", "fdin", ".", "seek", "(", "offset", ")", "# Open the output file", "try", ":", "fdout", "=", "BlockFile", "(", "fname", ",", "'w'", ")", "except", "KeyboardInterrupt", "as", "e", ":", "raise", "e", "except", "Exception", "as", "e", ":", "# Fall back to the default name if the requested name fails", "fname", "=", "unique_file_name", "(", "default_bname", ",", "extension", ")", "fdout", "=", "BlockFile", "(", "fname", ",", "'w'", ")", "while", "total_size", "<", "size", ":", "(", "data", ",", "dlen", ")", "=", "fdin", ".", "read_block", "(", ")", "if", "dlen", "<", "1", ":", "break", "else", ":", "total_size", "+=", "(", "dlen", "-", "adjust", ")", "if", "total_size", ">", "size", ":", "dlen", "-=", "(", "total_size", "-", "size", ")", "fdout", ".", "write", "(", "str2bytes", "(", "data", "[", "adjust", ":", "dlen", "]", ")", ")", "adjust", "=", "0", "# Cleanup", "fdout", ".", "close", "(", ")", "fdin", ".", "close", "(", ")", "except", "KeyboardInterrupt", "as", "e", ":", "raise", "e", "except", "Exception", "as", "e", ":", "raise", "Exception", "(", "\"Extractor.dd failed to extract data from '%s' to '%s': %s\"", "%", "(", "file_name", ",", "fname", ",", "str", "(", "e", ")", ")", ")", "binwalk", ".", "core", ".", "common", ".", "debug", "(", "\"Carved data block 0x%X - 0x%X from '%s' to '%s'\"", "%", "(", "offset", ",", "offset", "+", "size", ",", "file_name", ",", "fname", ")", ")", "return", "fname" ]

[ "def", "bucket", "(", "self", ",", "experiment", ",", "user_id", ",", "bucketing_id", ")", ":", "if", "not", "experiment", ":", "return", "None", "# Determine if experiment is in a mutually exclusive group", "if", "experiment", ".", "groupPolicy", "in", "GROUP_POLICIES", ":", "group", "=", "self", ".", "config", ".", "get_group", "(", "experiment", ".", "groupId", ")", "if", "not", "group", ":", "return", "None", "user_experiment_id", "=", "self", ".", "find_bucket", "(", "bucketing_id", ",", "experiment", ".", "groupId", ",", "group", ".", "trafficAllocation", ")", "if", "not", "user_experiment_id", ":", "self", ".", "config", ".", "logger", ".", "info", "(", "'User \"%s\" is in no experiment.'", "%", "user_id", ")", "return", "None", "if", "user_experiment_id", "!=", "experiment", ".", "id", ":", "self", ".", "config", ".", "logger", ".", "info", "(", "'User \"%s\" is not in experiment \"%s\" of group %s.'", "%", "(", "user_id", ",", "experiment", ".", "key", ",", "experiment", ".", "groupId", ")", ")", "return", "None", "self", ".", "config", ".", "logger", ".", "info", "(", "'User \"%s\" is in experiment %s of group %s.'", "%", "(", "user_id", ",", "experiment", ".", "key", ",", "experiment", ".", "groupId", ")", ")", "# Bucket user if not in white-list and in group (if any)", "variation_id", "=", "self", ".", "find_bucket", "(", "bucketing_id", ",", "experiment", ".", "id", ",", "experiment", ".", "trafficAllocation", ")", "if", "variation_id", ":", "variation", "=", "self", ".", "config", ".", "get_variation_from_id", "(", "experiment", ".", "key", ",", "variation_id", ")", "self", ".", "config", ".", "logger", ".", "info", "(", "'User \"%s\" is in variation \"%s\" of experiment %s.'", "%", "(", "user_id", ",", "variation", ".", "key", ",", "experiment", ".", "key", ")", ")", "return", "variation", "self", ".", "config", ".", "logger", ".", "info", "(", "'User \"%s\" is in no variation.'", "%", "user_id", ")", "return", "None" ]

[ "def", "_validate_slices_form_uniform_grid", "(", "slice_datasets", ")", ":", "invariant_properties", "=", "[", "'Modality'", ",", "'SOPClassUID'", ",", "'SeriesInstanceUID'", ",", "'Rows'", ",", "'Columns'", ",", "'PixelSpacing'", ",", "'PixelRepresentation'", ",", "'BitsAllocated'", ",", "'BitsStored'", ",", "'HighBit'", ",", "]", "for", "property_name", "in", "invariant_properties", ":", "_slice_attribute_equal", "(", "slice_datasets", ",", "property_name", ")", "_validate_image_orientation", "(", "slice_datasets", "[", "0", "]", ".", "ImageOrientationPatient", ")", "_slice_ndarray_attribute_almost_equal", "(", "slice_datasets", ",", "'ImageOrientationPatient'", ",", "1e-5", ")", "slice_positions", "=", "_slice_positions", "(", "slice_datasets", ")", "_check_for_missing_slices", "(", "slice_positions", ")" ]

[ "def", "get_mandatory_sections", "(", "self", ")", ":", "return", "[", "s", "for", "s", "in", "self", ".", "opt", "if", "s", "not", "in", "self", ".", "optional_sections", "and", "s", "not", "in", "self", ".", "excluded_sections", "]" ]

[ "def", "_get_request_param", "(", "self", ",", "request", ")", ":", "params", "=", "{", "}", "try", ":", "params", "=", "request", ".", "POST", ".", "copy", "(", ")", "if", "not", "params", ":", "params", "=", "json", ".", "loads", "(", "request", ".", "body", ")", "except", "Exception", ":", "pass", "for", "key", "in", "params", ":", "# replace a value to a masked characters", "if", "key", "in", "self", ".", "mask_fields", ":", "params", "[", "key", "]", "=", "'*'", "*", "8", "# when a file uploaded (E.g create image)", "files", "=", "request", ".", "FILES", ".", "values", "(", ")", "if", "list", "(", "files", ")", ":", "filenames", "=", "', '", ".", "join", "(", "[", "up_file", ".", "name", "for", "up_file", "in", "files", "]", ")", "params", "[", "'file_name'", "]", "=", "filenames", "try", ":", "return", "json", ".", "dumps", "(", "params", ",", "ensure_ascii", "=", "False", ")", "except", "Exception", ":", "return", "'Unserializable Object'" ]

[ "def", "disconnect", "(", "self", ",", "key", "=", "None", ",", "func", "=", "None", ")", ":", "if", "key", "is", "None", ":", "for", "key", ",", "connections", "in", "self", ".", "_connections", ".", "items", "(", ")", ":", "for", "conn", "in", "connections", "[", ":", "]", ":", "if", "func", "is", "None", "or", "conn", "is", "func", ":", "connections", ".", "remove", "(", "conn", ")", "else", ":", "connections", "=", "self", ".", "_connections", "[", "key", "]", "for", "conn", "in", "connections", "[", ":", "]", ":", "if", "func", "is", "None", "or", "conn", "is", "func", ":", "connections", ".", "remove", "(", "conn", ")" ]

[ "def", "_prompt_username", "(", "prompt", "=", "\"Username: \"", ",", "prefill", "=", "None", ")", ":", "if", "prefill", ":", "readline", ".", "set_startup_hook", "(", "lambda", ":", "readline", ".", "insert_text", "(", "prefill", ")", ")", "try", ":", "return", "input", "(", "prompt", ")", ".", "strip", "(", ")", "except", "EOFError", ":", "print", "(", ")", "finally", ":", "readline", ".", "set_startup_hook", "(", ")" ]

[ "def", "get_image_format", "(", "filename", ")", ":", "image", "=", "None", "bad_image", "=", "1", "image_format", "=", "NONE_FORMAT", "sequenced", "=", "False", "try", ":", "bad_image", "=", "Image", ".", "open", "(", "filename", ")", ".", "verify", "(", ")", "image", "=", "Image", ".", "open", "(", "filename", ")", "image_format", "=", "image", ".", "format", "sequenced", "=", "_is_image_sequenced", "(", "image", ")", "except", "(", "OSError", ",", "IOError", ",", "AttributeError", ")", ":", "pass", "if", "sequenced", ":", "image_format", "=", "gif", ".", "SEQUENCED_TEMPLATE", ".", "format", "(", "image_format", ")", "elif", "image", "is", "None", "or", "bad_image", "or", "image_format", "==", "NONE_FORMAT", ":", "image_format", "=", "ERROR_FORMAT", "comic_format", "=", "comic", ".", "get_comic_format", "(", "filename", ")", "if", "comic_format", ":", "image_format", "=", "comic_format", "if", "(", "Settings", ".", "verbose", ">", "1", ")", "and", "image_format", "==", "ERROR_FORMAT", "and", "(", "not", "Settings", ".", "list_only", ")", ":", "print", "(", "filename", ",", "\"doesn't look like an image or comic archive.\"", ")", "return", "image_format" ]

[ "def", "_build_session", "(", "self", ",", "auth_class", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "session", "=", "requests", ".", "session", "(", ")", "session", ".", "auth", "=", "auth_class", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "session", ".", "headers", ".", "update", "(", "{", "'CB-VERSION'", ":", "self", ".", "API_VERSION", ",", "'Accept'", ":", "'application/json'", ",", "'Content-Type'", ":", "'application/json'", ",", "'User-Agent'", ":", "'coinbase/python/2.0'", "}", ")", "return", "session" ]

[ "def", "generateHOSequence", "(", "sequence", ",", "symbolsPerSequence", ",", "numColumns", ",", "sparsity", ")", ":", "sequenceHO", "=", "[", "]", "sparseCols", "=", "int", "(", "numColumns", "*", "sparsity", ")", "for", "symbol", "in", "range", "(", "symbolsPerSequence", ")", ":", "if", "symbol", "==", "0", "or", "symbol", "==", "(", "symbolsPerSequence", "-", "1", ")", ":", "sequenceHO", ".", "append", "(", "generateRandomSymbol", "(", "numColumns", ",", "sparseCols", ")", ")", "else", ":", "sequenceHO", ".", "append", "(", "sequence", "[", "symbol", "]", ")", "return", "sequenceHO" ]

[ "def", "_update_config_file", "(", "username", ",", "password", ",", "email", ",", "url", ",", "config_path", ")", ":", "try", ":", "# read the existing config", "config", "=", "json", ".", "load", "(", "open", "(", "config_path", ",", "\"r\"", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "config", "=", "dict", "(", ")", "if", "not", "config", ".", "get", "(", "'auths'", ")", ":", "config", "[", "'auths'", "]", "=", "dict", "(", ")", "if", "not", "config", "[", "'auths'", "]", ".", "get", "(", "url", ")", ":", "config", "[", "'auths'", "]", "[", "url", "]", "=", "dict", "(", ")", "encoded_credentials", "=", "dict", "(", "auth", "=", "base64", ".", "b64encode", "(", "username", "+", "b':'", "+", "password", ")", ",", "email", "=", "email", ")", "config", "[", "'auths'", "]", "[", "url", "]", "=", "encoded_credentials", "try", ":", "json", ".", "dump", "(", "config", ",", "open", "(", "config_path", ",", "\"w\"", ")", ",", "indent", "=", "5", ",", "sort_keys", "=", "True", ")", "except", "Exception", "as", "exc", ":", "raise", "exceptions", ".", "AnsibleContainerConductorException", "(", "u\"Failed to write registry config to {0} - {1}\"", ".", "format", "(", "config_path", ",", "exc", ")", ")" ]

[ "def", "compose", "(", "list_of_files", ",", "destination_file", ",", "files_metadata", "=", "None", ",", "content_type", "=", "None", ",", "retry_params", "=", "None", ",", "_account_id", "=", "None", ")", ":", "api", "=", "storage_api", ".", "_get_storage_api", "(", "retry_params", "=", "retry_params", ",", "account_id", "=", "_account_id", ")", "if", "os", ".", "getenv", "(", "'SERVER_SOFTWARE'", ")", ".", "startswith", "(", "'Dev'", ")", ":", "def", "_temp_func", "(", "file_list", ",", "destination_file", ",", "content_type", ")", ":", "bucket", "=", "'/'", "+", "destination_file", ".", "split", "(", "'/'", ")", "[", "1", "]", "+", "'/'", "with", "open", "(", "destination_file", ",", "'w'", ",", "content_type", "=", "content_type", ")", "as", "gcs_merge", ":", "for", "source_file", "in", "file_list", ":", "with", "open", "(", "bucket", "+", "source_file", "[", "'Name'", "]", ",", "'r'", ")", "as", "gcs_source", ":", "gcs_merge", ".", "write", "(", "gcs_source", ".", "read", "(", ")", ")", "compose_object", "=", "_temp_func", "else", ":", "compose_object", "=", "api", ".", "compose_object", "file_list", ",", "_", "=", "_validate_compose_list", "(", "destination_file", ",", "list_of_files", ",", "files_metadata", ",", "32", ")", "compose_object", "(", "file_list", ",", "destination_file", ",", "content_type", ")" ]

[ "def", "future_set_exception_unless_cancelled", "(", "future", ":", "\"Union[futures.Future[_T], Future[_T]]\"", ",", "exc", ":", "BaseException", ")", "->", "None", ":", "if", "not", "future", ".", "cancelled", "(", ")", ":", "future", ".", "set_exception", "(", "exc", ")", "else", ":", "app_log", ".", "error", "(", "\"Exception after Future was cancelled\"", ",", "exc_info", "=", "exc", ")" ]

[ "def", "purge_catalogue", "(", "self", ",", "flag_vector", ")", ":", "id0", "=", "np", ".", "where", "(", "flag_vector", ")", "[", "0", "]", "self", ".", "select_catalogue_events", "(", "id0", ")", "self", ".", "get_number_events", "(", ")" ]

[ "def", "unbind", "(", "self", ",", "devices_to_unbind", ")", ":", "if", "self", ".", "entity_api_key", "==", "\"\"", ":", "return", "{", "'status'", ":", "'failure'", ",", "'response'", ":", "'No API key found in request'", "}", "url", "=", "self", ".", "base_url", "+", "\"api/0.1.0/subscribe/unbind\"", "headers", "=", "{", "\"apikey\"", ":", "self", ".", "entity_api_key", "}", "data", "=", "{", "\"exchange\"", ":", "\"amq.topic\"", ",", "\"keys\"", ":", "devices_to_unbind", ",", "\"queue\"", ":", "self", ".", "entity_id", "}", "with", "self", ".", "no_ssl_verification", "(", ")", ":", "r", "=", "requests", ".", "delete", "(", "url", ",", "json", "=", "data", ",", "headers", "=", "headers", ")", "print", "(", "r", ")", "response", "=", "dict", "(", ")", "if", "\"No API key\"", "in", "str", "(", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", ")", ":", "response", "[", "\"status\"", "]", "=", "\"failure\"", "r", "=", "json", ".", "loads", "(", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", ")", "[", "'message'", "]", "elif", "'unbind'", "in", "str", "(", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", ")", ":", "response", "[", "\"status\"", "]", "=", "\"success\"", "r", "=", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", "else", ":", "response", "[", "\"status\"", "]", "=", "\"failure\"", "r", "=", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", "response", "[", "\"response\"", "]", "=", "str", "(", "r", ")", "return", "response" ]

[ "def", "load_toml_rest_api_config", "(", "filename", ")", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "filename", ")", ":", "LOGGER", ".", "info", "(", "\"Skipping rest api loading from non-existent config file: %s\"", ",", "filename", ")", "return", "RestApiConfig", "(", ")", "LOGGER", ".", "info", "(", "\"Loading rest api information from config: %s\"", ",", "filename", ")", "try", ":", "with", "open", "(", "filename", ")", "as", "fd", ":", "raw_config", "=", "fd", ".", "read", "(", ")", "except", "IOError", "as", "e", ":", "raise", "RestApiConfigurationError", "(", "\"Unable to load rest api configuration file: {}\"", ".", "format", "(", "str", "(", "e", ")", ")", ")", "toml_config", "=", "toml", ".", "loads", "(", "raw_config", ")", "invalid_keys", "=", "set", "(", "toml_config", ".", "keys", "(", ")", ")", ".", "difference", "(", "[", "'bind'", ",", "'connect'", ",", "'timeout'", ",", "'opentsdb_db'", ",", "'opentsdb_url'", ",", "'opentsdb_username'", ",", "'opentsdb_password'", ",", "'client_max_size'", "]", ")", "if", "invalid_keys", ":", "raise", "RestApiConfigurationError", "(", "\"Invalid keys in rest api config: {}\"", ".", "format", "(", "\", \"", ".", "join", "(", "sorted", "(", "list", "(", "invalid_keys", ")", ")", ")", ")", ")", "config", "=", "RestApiConfig", "(", "bind", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "\"bind\"", ",", "None", ")", ",", "connect", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "'connect'", ",", "None", ")", ",", "timeout", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "'timeout'", ",", "None", ")", ",", "opentsdb_url", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "'opentsdb_url'", ",", "None", ")", ",", "opentsdb_db", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "'opentsdb_db'", ",", "None", ")", ",", "opentsdb_username", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "'opentsdb_username'", ",", "None", ")", ",", "opentsdb_password", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "'opentsdb_password'", ",", "None", ")", ",", "client_max_size", "=", "toml_config", ".", "get", "(", "'client_max_size'", ",", "None", ")", ")", "return", "config" ]

[ "def", "get_bars", "(", "self", ",", "assets", ",", "data_frequency", ",", "bar_count", "=", "500", ")", ":", "assets_is_scalar", "=", "not", "isinstance", "(", "assets", ",", "(", "list", ",", "set", ",", "tuple", ")", ")", "is_daily", "=", "'d'", "in", "data_frequency", "# 'daily' or '1d'", "if", "assets_is_scalar", ":", "symbols", "=", "[", "assets", ".", "symbol", "]", "else", ":", "symbols", "=", "[", "asset", ".", "symbol", "for", "asset", "in", "assets", "]", "symbol_bars", "=", "self", ".", "_symbol_bars", "(", "symbols", ",", "'day'", "if", "is_daily", "else", "'minute'", ",", "limit", "=", "bar_count", ")", "if", "is_daily", ":", "intra_bars", "=", "{", "}", "symbol_bars_minute", "=", "self", ".", "_symbol_bars", "(", "symbols", ",", "'minute'", ",", "limit", "=", "1000", ")", "for", "symbol", ",", "df", "in", "symbol_bars_minute", ".", "items", "(", ")", ":", "agged", "=", "df", ".", "resample", "(", "'1D'", ")", ".", "agg", "(", "dict", "(", "open", "=", "'first'", ",", "high", "=", "'max'", ",", "low", "=", "'min'", ",", "close", "=", "'last'", ",", "volume", "=", "'sum'", ",", ")", ")", ".", "dropna", "(", ")", "intra_bars", "[", "symbol", "]", "=", "agged", "dfs", "=", "[", "]", "for", "asset", "in", "assets", "if", "not", "assets_is_scalar", "else", "[", "assets", "]", ":", "symbol", "=", "asset", ".", "symbol", "df", "=", "symbol_bars", ".", "get", "(", "symbol", ")", "if", "df", "is", "None", ":", "dfs", ".", "append", "(", "pd", ".", "DataFrame", "(", "[", "]", ",", "columns", "=", "[", "'open'", ",", "'high'", ",", "'low'", ",", "'close'", ",", "'volume'", "]", ")", ")", "continue", "if", "is_daily", ":", "agged", "=", "intra_bars", ".", "get", "(", "symbol", ")", "if", "agged", "is", "not", "None", "and", "len", "(", "agged", ".", "index", ")", ">", "0", "and", "agged", ".", "index", "[", "-", "1", "]", "not", "in", "df", ".", "index", ":", "if", "not", "(", "agged", ".", "index", "[", "-", "1", "]", ">", "df", ".", "index", "[", "-", "1", "]", ")", ":", "log", ".", "warn", "(", "(", "'agged.index[-1] = {}, df.index[-1] = {} '", "'for {}'", ")", ".", "format", "(", "agged", ".", "index", "[", "-", "1", "]", ",", "df", ".", "index", "[", "-", "1", "]", ",", "symbol", ")", ")", "df", "=", "df", ".", "append", "(", "agged", ".", "iloc", "[", "-", "1", "]", ")", "df", ".", "columns", "=", "pd", ".", "MultiIndex", ".", "from_product", "(", "[", "[", "asset", ",", "]", ",", "df", ".", "columns", "]", ")", "dfs", ".", "append", "(", "df", ")", "return", "pd", ".", "concat", "(", "dfs", ",", "axis", "=", "1", ")" ]

[ "def", "_calculateEncodingKey", "(", "comparator", ")", ":", "encodingName", "=", "None", "for", "k", ",", "v", "in", "list", "(", "_encodings", ".", "items", "(", ")", ")", ":", "if", "v", "==", "comparator", ":", "encodingName", "=", "k", "break", "return", "encodingName" ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "records", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "# ignore unknown fields\r", "kw", "=", "dict", "(", "[", "(", "k", ",", "v", ")", "for", "(", "k", ",", "v", ")", "in", "kw", ".", "iteritems", "(", ")", "if", "k", "in", "self", ".", "fields", "]", ")", "if", "isinstance", "(", "records", ",", "dict", ")", ":", "records", "=", "[", "records", "]", "# update indices\r", "for", "indx", "in", "set", "(", "self", ".", "indices", ".", "keys", "(", ")", ")", "&", "set", "(", "kw", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "for", "record", "in", "records", ":", "if", "record", "[", "indx", "]", "==", "kw", "[", "indx", "]", ":", "continue", "_id", "=", "record", "[", "\"__id__\"", "]", "# remove id for the old value\r", "old_pos", "=", "bisect", ".", "bisect", "(", "self", ".", "indices", "[", "indx", "]", "[", "record", "[", "indx", "]", "]", ",", "_id", ")", "-", "1", "del", "self", ".", "indices", "[", "indx", "]", "[", "record", "[", "indx", "]", "]", "[", "old_pos", "]", "if", "not", "self", ".", "indices", "[", "indx", "]", "[", "record", "[", "indx", "]", "]", ":", "del", "self", ".", "indices", "[", "indx", "]", "[", "record", "[", "indx", "]", "]", "# insert new value\r", "bisect", ".", "insort", "(", "self", ".", "indices", "[", "indx", "]", ".", "setdefault", "(", "kw", "[", "indx", "]", ",", "[", "]", ")", ",", "_id", ")", "for", "record", "in", "records", ":", "# update record values\r", "record", ".", "update", "(", "kw", ")", "# increment version number\r", "record", "[", "\"__version__\"", "]", "+=", "1" ]

[ "def", "stop", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_flush", "(", ")", "filesize", "=", "self", ".", "file", ".", "tell", "(", ")", "super", "(", "BLFWriter", ",", "self", ")", ".", "stop", "(", ")", "# Write header in the beginning of the file", "header", "=", "[", "b\"LOGG\"", ",", "FILE_HEADER_SIZE", ",", "APPLICATION_ID", ",", "0", ",", "0", ",", "0", ",", "2", ",", "6", ",", "8", ",", "1", "]", "# The meaning of \"count of objects read\" is unknown", "header", ".", "extend", "(", "[", "filesize", ",", "self", ".", "uncompressed_size", ",", "self", ".", "count_of_objects", ",", "0", "]", ")", "header", ".", "extend", "(", "timestamp_to_systemtime", "(", "self", ".", "start_timestamp", ")", ")", "header", ".", "extend", "(", "timestamp_to_systemtime", "(", "self", ".", "stop_timestamp", ")", ")", "with", "open", "(", "self", ".", "file", ".", "name", ",", "\"r+b\"", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "FILE_HEADER_STRUCT", ".", "pack", "(", "*", "header", ")", ")" ]

[ "def", "remove_stale_indexes_from_bika_catalog", "(", "portal", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Removing stale indexes and metadata from bika_catalog ...\"", ")", "cat_id", "=", "\"bika_catalog\"", "indexes_to_remove", "=", "[", "\"getAnalyst\"", ",", "\"getAnalysts\"", ",", "\"getAnalysisService\"", ",", "\"getClientOrderNumber\"", ",", "\"getClientReference\"", ",", "\"getClientSampleID\"", ",", "\"getContactTitle\"", ",", "\"getDateDisposed\"", ",", "\"getDateExpired\"", ",", "\"getDateOpened\"", ",", "\"getDatePublished\"", ",", "\"getInvoiced\"", ",", "\"getPreserver\"", ",", "\"getSamplePointTitle\"", ",", "\"getSamplePointUID\"", ",", "\"getSampler\"", ",", "\"getScheduledSamplingSampler\"", ",", "\"getSamplingDate\"", ",", "\"getWorksheetTemplateTitle\"", ",", "\"BatchUID\"", ",", "]", "metadata_to_remove", "=", "[", "\"getAnalysts\"", ",", "\"getClientOrderNumber\"", ",", "\"getClientReference\"", ",", "\"getClientSampleID\"", ",", "\"getContactTitle\"", ",", "\"getSamplePointTitle\"", ",", "\"getAnalysisService\"", ",", "\"getDatePublished\"", ",", "]", "for", "index", "in", "indexes_to_remove", ":", "del_index", "(", "portal", ",", "cat_id", ",", "index", ")", "for", "metadata", "in", "metadata_to_remove", ":", "del_metadata", "(", "portal", ",", "cat_id", ",", "metadata", ")", "commit_transaction", "(", "portal", ")" ]

[ "def", "get_context_data", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "self", ".", "request", ".", "session", ".", "set_test_cookie", "(", ")", "if", "not", "self", ".", "request", ".", "session", ".", "test_cookie_worked", "(", ")", ":", "messages", ".", "add_message", "(", "self", ".", "request", ",", "messages", ".", "ERROR", ",", "\"Please enable cookies.\"", ")", "self", ".", "request", ".", "session", ".", "delete_test_cookie", "(", ")", "return", "super", "(", ")", ".", "get_context_data", "(", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "def", "parse_tophat_log", "(", "self", ",", "raw_data", ")", ":", "if", "'Aligned pairs'", "in", "raw_data", ":", "# Paired end data", "regexes", "=", "{", "'overall_aligned_percent'", ":", "r\"([\\d\\.]+)% overall read mapping rate.\"", ",", "'concordant_aligned_percent'", ":", "r\"([\\d\\.]+)% concordant pair alignment rate.\"", ",", "'aligned_total'", ":", "r\"Aligned pairs:\\s+(\\d+)\"", ",", "'aligned_multimap'", ":", "r\"Aligned pairs:\\s+\\d+\\n\\s+of these:\\s+(\\d+)\"", ",", "'aligned_discordant'", ":", "r\"(\\d+) \\([\\s\\d\\.]+%\\) are discordant alignments\"", ",", "'total_reads'", ":", "r\"[Rr]eads:\\n\\s+Input\\s*:\\s+(\\d+)\"", ",", "}", "else", ":", "# Single end data", "regexes", "=", "{", "'total_reads'", ":", "r\"[Rr]eads:\\n\\s+Input\\s*:\\s+(\\d+)\"", ",", "'aligned_total'", ":", "r\"Mapped\\s*:\\s+(\\d+)\"", ",", "'aligned_multimap'", ":", "r\"of these\\s*:\\s+(\\d+)\"", ",", "'overall_aligned_percent'", ":", "r\"([\\d\\.]+)% overall read mapping rate.\"", ",", "}", "parsed_data", "=", "{", "}", "for", "k", ",", "r", "in", "regexes", ".", "items", "(", ")", ":", "r_search", "=", "re", ".", "search", "(", "r", ",", "raw_data", ",", "re", ".", "MULTILINE", ")", "if", "r_search", ":", "parsed_data", "[", "k", "]", "=", "float", "(", "r_search", ".", "group", "(", "1", ")", ")", "if", "len", "(", "parsed_data", ")", "==", "0", ":", "return", "None", "parsed_data", "[", "'concordant_aligned_percent'", "]", "=", "parsed_data", ".", "get", "(", "'concordant_aligned_percent'", ",", "0", ")", "parsed_data", "[", "'aligned_total'", "]", "=", "parsed_data", ".", "get", "(", "'aligned_total'", ",", "0", ")", "parsed_data", "[", "'aligned_multimap'", "]", "=", "parsed_data", ".", "get", "(", "'aligned_multimap'", ",", "0", ")", "parsed_data", "[", "'aligned_discordant'", "]", "=", "parsed_data", ".", "get", "(", "'aligned_discordant'", ",", "0", ")", "parsed_data", "[", "'unaligned_total'", "]", "=", "parsed_data", "[", "'total_reads'", "]", "-", "parsed_data", "[", "'aligned_total'", "]", "parsed_data", "[", "'aligned_not_multimapped_discordant'", "]", "=", "parsed_data", "[", "'aligned_total'", "]", "-", "parsed_data", "[", "'aligned_multimap'", "]", "-", "parsed_data", "[", "'aligned_discordant'", "]", "return", "parsed_data" ]

[ "def", "init_recorder", "(", "self", ",", "recorder_config", ")", ":", "if", "not", "recorder_config", ":", "self", ".", "recorder", "=", "None", "self", ".", "recorder_path", "=", "None", "return", "if", "isinstance", "(", "recorder_config", ",", "str", ")", ":", "recorder_coll", "=", "recorder_config", "recorder_config", "=", "{", "}", "else", ":", "recorder_coll", "=", "recorder_config", "[", "'source_coll'", "]", "# TODO: support dedup", "dedup_index", "=", "None", "warc_writer", "=", "MultiFileWARCWriter", "(", "self", ".", "warcserver", ".", "archive_paths", ",", "max_size", "=", "int", "(", "recorder_config", ".", "get", "(", "'rollover_size'", ",", "1000000000", ")", ")", ",", "max_idle_secs", "=", "int", "(", "recorder_config", ".", "get", "(", "'rollover_idle_secs'", ",", "600", ")", ")", ",", "filename_template", "=", "recorder_config", ".", "get", "(", "'filename_template'", ")", ",", "dedup_index", "=", "dedup_index", ")", "self", ".", "recorder", "=", "RecorderApp", "(", "self", ".", "RECORD_SERVER", "%", "str", "(", "self", ".", "warcserver_server", ".", "port", ")", ",", "warc_writer", ",", "accept_colls", "=", "recorder_config", ".", "get", "(", "'source_filter'", ")", ")", "recorder_server", "=", "GeventServer", "(", "self", ".", "recorder", ",", "port", "=", "0", ")", "self", ".", "recorder_path", "=", "self", ".", "RECORD_API", "%", "(", "recorder_server", ".", "port", ",", "recorder_coll", ")" ]

[ "def", "get_group", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "group", "is", "None", ":", "self", ".", "group", "=", "self", ".", "get_field", "(", "'group'", ")", "if", "self", ".", "group", "is", "not", "None", ":", "# group data from LightGBM is boundaries data, need to convert to group size", "self", ".", "group", "=", "np", ".", "diff", "(", "self", ".", "group", ")", "return", "self", ".", "group" ]

[ "def", "mremove", "(", "self", ",", "class_name", ",", "names", ")", ":", "if", "class_name", "not", "in", "self", ".", "components", ":", "logger", ".", "error", "(", "\"Component class {} not found\"", ".", "format", "(", "class_name", ")", ")", "return", "None", "if", "not", "isinstance", "(", "names", ",", "pd", ".", "Index", ")", ":", "names", "=", "pd", ".", "Index", "(", "names", ")", "cls_df", "=", "self", ".", "df", "(", "class_name", ")", "cls_df", ".", "drop", "(", "names", ",", "inplace", "=", "True", ")", "pnl", "=", "self", ".", "pnl", "(", "class_name", ")", "for", "df", "in", "itervalues", "(", "pnl", ")", ":", "df", ".", "drop", "(", "df", ".", "columns", ".", "intersection", "(", "names", ")", ",", "axis", "=", "1", ",", "inplace", "=", "True", ")" ]

[ "def", "color_lerp", "(", "c1", ":", "Tuple", "[", "int", ",", "int", ",", "int", "]", ",", "c2", ":", "Tuple", "[", "int", ",", "int", ",", "int", "]", ",", "a", ":", "float", ")", "->", "Color", ":", "return", "Color", ".", "_new_from_cdata", "(", "lib", ".", "TCOD_color_lerp", "(", "c1", ",", "c2", ",", "a", ")", ")" ]

[ "def", "_check_array", "(", "self", ",", "X", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "X", ",", "da", ".", "Array", ")", ":", "if", "X", ".", "ndim", "==", "2", "and", "X", ".", "numblocks", "[", "1", "]", ">", "1", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"auto-rechunking 'X'\"", ")", "if", "not", "np", ".", "isnan", "(", "X", ".", "chunks", "[", "0", "]", ")", ".", "any", "(", ")", ":", "X", "=", "X", ".", "rechunk", "(", "{", "0", ":", "\"auto\"", ",", "1", ":", "-", "1", "}", ")", "else", ":", "X", "=", "X", ".", "rechunk", "(", "{", "1", ":", "-", "1", "}", ")", "return", "X" ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "other", ",", "join", "=", "'left'", ",", "overwrite", "=", "True", ",", "filter_func", "=", "None", ",", "errors", "=", "'ignore'", ")", ":", "import", "pandas", ".", "core", ".", "computation", ".", "expressions", "as", "expressions", "# TODO: Support other joins", "if", "join", "!=", "'left'", ":", "# pragma: no cover", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"Only left join is supported\"", ")", "if", "errors", "not", "in", "[", "'ignore'", ",", "'raise'", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The parameter errors must be either \"", "\"'ignore' or 'raise'\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "other", ",", "DataFrame", ")", ":", "other", "=", "DataFrame", "(", "other", ")", "other", "=", "other", ".", "reindex_like", "(", "self", ")", "for", "col", "in", "self", ".", "columns", ":", "this", "=", "self", "[", "col", "]", ".", "_values", "that", "=", "other", "[", "col", "]", ".", "_values", "if", "filter_func", "is", "not", "None", ":", "with", "np", ".", "errstate", "(", "all", "=", "'ignore'", ")", ":", "mask", "=", "~", "filter_func", "(", "this", ")", "|", "isna", "(", "that", ")", "else", ":", "if", "errors", "==", "'raise'", ":", "mask_this", "=", "notna", "(", "that", ")", "mask_that", "=", "notna", "(", "this", ")", "if", "any", "(", "mask_this", "&", "mask_that", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Data overlaps.\"", ")", "if", "overwrite", ":", "mask", "=", "isna", "(", "that", ")", "else", ":", "mask", "=", "notna", "(", "this", ")", "# don't overwrite columns unecessarily", "if", "mask", ".", "all", "(", ")", ":", "continue", "self", "[", "col", "]", "=", "expressions", ".", "where", "(", "mask", ",", "this", ",", "that", ")" ]

[ "def", "write_lockfile", "(", "self", ",", "content", ")", ":", "s", "=", "self", ".", "_lockfile_encoder", ".", "encode", "(", "content", ")", "open_kwargs", "=", "{", "\"newline\"", ":", "self", ".", "_lockfile_newlines", ",", "\"encoding\"", ":", "\"utf-8\"", "}", "with", "vistir", ".", "contextmanagers", ".", "atomic_open_for_write", "(", "self", ".", "lockfile_location", ",", "*", "*", "open_kwargs", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "s", ")", "# Write newline at end of document. GH-319.", "# Only need '\\n' here; the file object handles the rest.", "if", "not", "s", ".", "endswith", "(", "u\"\\n\"", ")", ":", "f", ".", "write", "(", "u\"\\n\"", ")" ]

[ "def", "_update_dPrxy", "(", "self", ")", ":", "super", "(", "ExpCM_empirical_phi_divpressure", ",", "self", ")", ".", "_update_dPrxy", "(", ")", "if", "'omega2'", "in", "self", ".", "freeparams", ":", "with", "scipy", ".", "errstate", "(", "divide", "=", "'raise'", ",", "under", "=", "'raise'", ",", "over", "=", "'raise'", ",", "invalid", "=", "'ignore'", ")", ":", "scipy", ".", "copyto", "(", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", ",", "-", "self", ".", "ln_piAx_piAy_beta", "*", "self", ".", "Qxy", "*", "self", ".", "omega", "/", "(", "1", "-", "self", ".", "piAx_piAy_beta", ")", ",", "where", "=", "CODON_NONSYN", ")", "scipy", ".", "copyto", "(", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", ",", "self", ".", "Qxy", "*", "self", ".", "omega", ",", "where", "=", "scipy", ".", "logical_and", "(", "CODON_NONSYN", ",", "scipy", ".", "fabs", "(", "1", "-", "self", ".", "piAx_piAy_beta", ")", "<", "ALMOST_ZERO", ")", ")", "for", "r", "in", "range", "(", "self", ".", "nsites", ")", ":", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", "[", "r", "]", "*=", "self", ".", "deltar", "[", "r", "]", "_fill_diagonals", "(", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", ",", "self", ".", "_diag_indices", ")" ]

[ "def", "set_runtime_value_int", "(", "self", ",", "ihcid", ":", "int", ",", "value", ":", "int", ")", "->", "bool", ":", "if", "self", ".", "client", ".", "set_runtime_value_int", "(", "ihcid", ",", "value", ")", ":", "return", "True", "self", ".", "re_authenticate", "(", ")", "return", "self", ".", "client", ".", "set_runtime_value_int", "(", "ihcid", ",", "value", ")" ]

[ "def", "convert_prot", "(", "prot", ")", ":", "# https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/aa366786(v=vs.85).aspx", "if", "prot", "&", "0x10", ":", "return", "4", "if", "prot", "&", "0x20", ":", "return", "5", "if", "prot", "&", "0x40", ":", "return", "7", "if", "prot", "&", "0x80", ":", "return", "7", "if", "prot", "&", "0x01", ":", "return", "0", "if", "prot", "&", "0x02", ":", "return", "1", "if", "prot", "&", "0x04", ":", "return", "3", "if", "prot", "&", "0x08", ":", "return", "3", "raise", "angr", ".", "errors", ".", "SimValueError", "(", "\"Unknown windows memory protection constant: %#x\"", "%", "prot", ")" ]

[ "def", "menu_item_remove_libraries_or_root_clicked", "(", "self", ",", "menu_item", ")", ":", "menu_item_text", "=", "self", ".", "get_menu_item_text", "(", "menu_item", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Delete item '{0}' pressed.\"", ".", "format", "(", "menu_item_text", ")", ")", "model", ",", "path", "=", "self", ".", "view", ".", "get_selection", "(", ")", ".", "get_selected", "(", ")", "if", "path", ":", "# Second confirmation to delete library", "tree_m_row", "=", "self", ".", "tree_store", "[", "path", "]", "library_os_path", ",", "library_path", ",", "library_name", ",", "item_key", "=", "self", ".", "extract_library_properties_from_selected_row", "(", ")", "# assert isinstance(tree_m_row[self.ITEM_STORAGE_ID], str)", "library_file_system_path", "=", "library_os_path", "if", "\"root\"", "in", "menu_item_text", ":", "button_texts", "=", "[", "menu_item_text", "+", "\"from tree and config\"", ",", "\"Cancel\"", "]", "partial_message", "=", "\"This will remove the library root from your configuration (config.yaml).\"", "else", ":", "button_texts", "=", "[", "menu_item_text", ",", "\"Cancel\"", "]", "partial_message", "=", "\"This folder will be removed from hard drive! You really wanna do that?\"", "message_string", "=", "\"You choose to {2} with \"", "\"\\n\\nlibrary tree path: {0}\"", "\"\\n\\nphysical path: {1}.\\n\\n\\n\"", "\"{3}\"", "\"\"", ".", "format", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "convert_if_human_readable", "(", "tree_m_row", "[", "self", ".", "LIB_PATH_STORAGE_ID", "]", ")", ",", "item_key", ")", ",", "library_file_system_path", ",", "menu_item_text", ".", "lower", "(", ")", ",", "partial_message", ")", "width", "=", "8", "*", "len", "(", "\"physical path: \"", "+", "library_file_system_path", ")", "dialog", "=", "RAFCONButtonDialog", "(", "message_string", ",", "button_texts", ",", "message_type", "=", "Gtk", ".", "MessageType", ".", "QUESTION", ",", "parent", "=", "self", ".", "get_root_window", "(", ")", ",", "width", "=", "min", "(", "width", ",", "1400", ")", ")", "response_id", "=", "dialog", ".", "run", "(", ")", "dialog", ".", "destroy", "(", ")", "if", "response_id", "==", "1", ":", "if", "\"root\"", "in", "menu_item_text", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Remove library root key '{0}' from config.\"", ".", "format", "(", "item_key", ")", ")", "from", "rafcon", ".", "gui", ".", "singleton", "import", "global_config", "library_paths", "=", "global_config", ".", "get_config_value", "(", "'LIBRARY_PATHS'", ")", "del", "library_paths", "[", "tree_m_row", "[", "self", ".", "LIB_KEY_STORAGE_ID", "]", "]", "global_config", ".", "save_configuration", "(", ")", "self", ".", "model", ".", "library_manager", ".", "refresh_libraries", "(", ")", "elif", "\"libraries\"", "in", "menu_item_text", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"Remove of all libraries in {} is triggered.\"", ".", "format", "(", "library_os_path", ")", ")", "import", "shutil", "shutil", ".", "rmtree", "(", "library_os_path", ")", "self", ".", "model", ".", "library_manager", ".", "refresh_libraries", "(", ")", "else", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"Remove of Library {} is triggered.\"", ".", "format", "(", "library_os_path", ")", ")", "self", ".", "model", ".", "library_manager", ".", "remove_library_from_file_system", "(", "library_path", ",", "library_name", ")", "elif", "response_id", "in", "[", "2", ",", "-", "4", "]", ":", "pass", "else", ":", "logger", ".", "warning", "(", "\"Response id: {} is not considered\"", ".", "format", "(", "response_id", ")", ")", "return", "True", "return", "False" ]

[ "def", "_update_dPrxy", "(", "self", ")", ":", "super", "(", "ExpCM_empirical_phi_divpressure", ",", "self", ")", ".", "_update_dPrxy", "(", ")", "if", "'omega2'", "in", "self", ".", "freeparams", ":", "with", "scipy", ".", "errstate", "(", "divide", "=", "'raise'", ",", "under", "=", "'raise'", ",", "over", "=", "'raise'", ",", "invalid", "=", "'ignore'", ")", ":", "scipy", ".", "copyto", "(", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", ",", "-", "self", ".", "ln_piAx_piAy_beta", "*", "self", ".", "Qxy", "*", "self", ".", "omega", "/", "(", "1", "-", "self", ".", "piAx_piAy_beta", ")", ",", "where", "=", "CODON_NONSYN", ")", "scipy", ".", "copyto", "(", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", ",", "self", ".", "Qxy", "*", "self", ".", "omega", ",", "where", "=", "scipy", ".", "logical_and", "(", "CODON_NONSYN", ",", "scipy", ".", "fabs", "(", "1", "-", "self", ".", "piAx_piAy_beta", ")", "<", "ALMOST_ZERO", ")", ")", "for", "r", "in", "range", "(", "self", ".", "nsites", ")", ":", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", "[", "r", "]", "*=", "self", ".", "deltar", "[", "r", "]", "_fill_diagonals", "(", "self", ".", "dPrxy", "[", "'omega2'", "]", ",", "self", ".", "_diag_indices", ")" ]

[ "def", "datetime", "(", "self", ",", "field", "=", "None", ",", "val", "=", "None", ")", ":", "if", "val", "is", "None", ":", "def", "source", "(", ")", ":", "tzinfo", "=", "get_default_timezone", "(", ")", "if", "settings", ".", "USE_TZ", "else", "None", "return", "datetime", ".", "fromtimestamp", "(", "randrange", "(", "1", ",", "2100000000", ")", ",", "tzinfo", ")", "else", ":", "def", "source", "(", ")", ":", "tzinfo", "=", "get_default_timezone", "(", ")", "if", "settings", ".", "USE_TZ", "else", "None", "return", "datetime", ".", "fromtimestamp", "(", "int", "(", "val", ".", "strftime", "(", "\"%s\"", ")", ")", "+", "randrange", "(", "-", "365", "*", "24", "*", "3600", "*", "2", ",", "365", "*", "24", "*", "3600", "*", "2", ")", ",", "tzinfo", ")", "return", "self", ".", "get_allowed_value", "(", "source", ",", "field", ")" ]

[ "def", "duration", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "completion_ts", ":", "end", "=", "self", ".", "completed", "else", ":", "end", "=", "datetime", ".", "utcnow", "(", ")", "return", "end", "-", "self", ".", "started" ]

[ "def", "view_portfolio_loss", "(", "token", ",", "dstore", ")", ":", "data", "=", "portfolio_loss", "(", "dstore", ")", "# shape (R, L)", "loss_types", "=", "list", "(", "dstore", "[", "'oqparam'", "]", ".", "loss_dt", "(", ")", ".", "names", ")", "header", "=", "[", "'portfolio_loss'", "]", "+", "loss_types", "mean", "=", "[", "'mean'", "]", "+", "[", "row", ".", "mean", "(", ")", "for", "row", "in", "data", ".", "T", "]", "stddev", "=", "[", "'stddev'", "]", "+", "[", "row", ".", "std", "(", "ddof", "=", "1", ")", "for", "row", "in", "data", ".", "T", "]", "return", "rst_table", "(", "[", "mean", ",", "stddev", "]", ",", "header", ")" ]

[ "def", "toGeoCoordinateString", "(", "self", ",", "sr", ",", "coordinates", ",", "conversionType", ",", "conversionMode", "=", "\"mgrsDefault\"", ",", "numOfDigits", "=", "None", ",", "rounding", "=", "True", ",", "addSpaces", "=", "True", ")", ":", "params", "=", "{", "\"f\"", ":", "\"json\"", ",", "\"sr\"", ":", "sr", ",", "\"coordinates\"", ":", "coordinates", ",", "\"conversionType\"", ":", "conversionType", "}", "url", "=", "self", ".", "_url", "+", "\"/toGeoCoordinateString\"", "if", "not", "conversionMode", "is", "None", ":", "params", "[", "'conversionMode'", "]", "=", "conversionMode", "if", "isinstance", "(", "numOfDigits", ",", "int", ")", ":", "params", "[", "'numOfDigits'", "]", "=", "numOfDigits", "if", "isinstance", "(", "rounding", ",", "int", ")", ":", "params", "[", "'rounding'", "]", "=", "rounding", "if", "isinstance", "(", "addSpaces", ",", "bool", ")", ":", "params", "[", "'addSpaces'", "]", "=", "addSpaces", "return", "self", ".", "_post", "(", "url", "=", "url", ",", "param_dict", "=", "params", ",", "proxy_url", "=", "self", ".", "_proxy_url", ",", "proxy_port", "=", "self", ".", "_proxy_port", ",", "securityHandler", "=", "self", ".", "_securityHandler", ")" ]

[ "def", "in_", "(", "this", ",", "that", ",", "axis", "=", "semantics", ".", "axis_default", ")", ":", "this", "=", "as_index", "(", "this", ",", "axis", "=", "axis", ",", "lex_as_struct", "=", "True", ",", "base", "=", "True", ")", "that", "=", "as_index", "(", "that", ",", "axis", "=", "axis", ",", "lex_as_struct", "=", "True", ")", "left", "=", "np", ".", "searchsorted", "(", "that", ".", "_keys", ",", "this", ".", "_keys", ",", "sorter", "=", "that", ".", "sorter", ",", "side", "=", "'left'", ")", "right", "=", "np", ".", "searchsorted", "(", "that", ".", "_keys", ",", "this", ".", "_keys", ",", "sorter", "=", "that", ".", "sorter", ",", "side", "=", "'right'", ")", "return", "left", "!=", "right" ]

[ "def", "_findProteinClusters", "(", "protToPeps", ",", "pepToProts", ")", ":", "clusters", "=", "list", "(", ")", "resolvingProteins", "=", "set", "(", "protToPeps", ")", "while", "resolvingProteins", ":", "protein", "=", "resolvingProteins", ".", "pop", "(", ")", "proteinCluster", "=", "set", "(", "[", "protein", "]", ")", "peptides", "=", "set", "(", "protToPeps", "[", "protein", "]", ")", "parsedPeptides", "=", "set", "(", ")", "while", "len", "(", "peptides", ")", "!=", "len", "(", "parsedPeptides", ")", ":", "for", "peptide", "in", "peptides", ":", "proteinCluster", ".", "update", "(", "pepToProts", "[", "peptide", "]", ")", "parsedPeptides", ".", "update", "(", "peptides", ")", "for", "protein", "in", "proteinCluster", ":", "peptides", ".", "update", "(", "protToPeps", "[", "protein", "]", ")", "clusters", ".", "append", "(", "proteinCluster", ")", "resolvingProteins", "=", "resolvingProteins", ".", "difference", "(", "proteinCluster", ")", "return", "clusters" ]

[ "def", "convert_row", "(", "self", ",", "row", ",", "schema", ",", "fallbacks", ")", ":", "for", "index", ",", "field", "in", "enumerate", "(", "schema", ".", "fields", ")", ":", "value", "=", "row", "[", "index", "]", "if", "index", "in", "fallbacks", ":", "value", "=", "_uncast_value", "(", "value", ",", "field", "=", "field", ")", "else", ":", "value", "=", "field", ".", "cast_value", "(", "value", ")", "row", "[", "index", "]", "=", "value", "return", "row" ]

[ "def", "reset", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "minimum", "=", "None", "self", ".", "maximum", "=", "None", "self", ".", "start_time", "=", "None", "# datetime, absolute start time", "self", ".", "idx_current", "=", "None", "self", ".", "idx_markers", "=", "[", "]", "self", ".", "idx_annot", "=", "[", "]", "if", "self", ".", "scene", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "scene", ".", "clear", "(", ")", "self", ".", "scene", "=", "None" ]

[ "def", "_export_with_html", "(", "self", ")", ":", "# pragma: no cover", "self", ".", "export_success", "=", "False", "try", ":", "tstamp", "=", "time", ".", "strftime", "(", "self", ".", "timestamp_format", ",", "self", ".", "_timestamp", ")", "substitutions", "=", "{", "}", "for", "(", "basename", ",", "ext", ")", ",", "entry", "in", "self", ".", "_files", ".", "items", "(", ")", ":", "(", "_", ",", "info", ")", "=", "entry", "html_key", "=", "self", ".", "_replacements", ".", "get", "(", "(", "basename", ",", "ext", ")", ",", "None", ")", "if", "html_key", "is", "None", ":", "continue", "filename", "=", "self", ".", "_format", "(", "basename", ",", "{", "'timestamp'", ":", "tstamp", ",", "'notebook'", ":", "self", ".", "notebook_name", "}", ")", "fpath", "=", "filename", "+", "(", "(", "'.%s'", "%", "ext", ")", "if", "ext", "else", "''", ")", "info", "=", "{", "'src'", ":", "fpath", ",", "'mime_type'", ":", "info", "[", "'mime_type'", "]", "}", "# No mime type", "if", "'mime_type'", "not", "in", "info", ":", "pass", "# Not displayable in an HTML tag", "elif", "info", "[", "'mime_type'", "]", "not", "in", "self", ".", "_tags", ":", "pass", "else", ":", "basename", ",", "ext", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "fpath", ")", "truncated", "=", "self", ".", "_truncate_name", "(", "basename", ",", "ext", "[", "1", ":", "]", ")", "link_html", "=", "self", ".", "_format", "(", "self", ".", "_tags", "[", "info", "[", "'mime_type'", "]", "]", ",", "{", "'src'", ":", "truncated", ",", "'mime_type'", ":", "info", "[", "'mime_type'", "]", ",", "'css'", ":", "''", "}", ")", "substitutions", "[", "html_key", "]", "=", "(", "link_html", ",", "truncated", ")", "node", "=", "self", ".", "_get_notebook_node", "(", ")", "html", "=", "self", ".", "_generate_html", "(", "node", ",", "substitutions", ")", "export_filename", "=", "self", ".", "snapshot_name", "# Add the html snapshot", "super", "(", "NotebookArchive", ",", "self", ")", ".", "add", "(", "filename", "=", "export_filename", ",", "data", "=", "html", ",", "info", "=", "{", "'file-ext'", ":", "'html'", ",", "'mime_type'", ":", "'text/html'", ",", "'notebook'", ":", "self", ".", "notebook_name", "}", ")", "# Add cleared notebook", "cleared", "=", "self", ".", "_clear_notebook", "(", "node", ")", "super", "(", "NotebookArchive", ",", "self", ")", ".", "add", "(", "filename", "=", "export_filename", ",", "data", "=", "cleared", ",", "info", "=", "{", "'file-ext'", ":", "'ipynb'", ",", "'mime_type'", ":", "'text/json'", ",", "'notebook'", ":", "self", ".", "notebook_name", "}", ")", "# If store cleared_notebook... save here", "super", "(", "NotebookArchive", ",", "self", ")", ".", "export", "(", "timestamp", "=", "self", ".", "_timestamp", ",", "info", "=", "{", "'notebook'", ":", "self", ".", "notebook_name", "}", ")", "except", ":", "self", ".", "traceback", "=", "traceback", ".", "format_exc", "(", ")", "else", ":", "self", ".", "export_success", "=", "True" ]

[ "def", "random_rotation", "(", ")", ":", "rand_seed", "=", "np", ".", "random", ".", "rand", "(", "3", ",", "3", ")", "U", ",", "S", ",", "V", "=", "np", ".", "linalg", ".", "svd", "(", "rand_seed", ")", "return", "U" ]

[ "def", "imsave", "(", "filename", ",", "data", ",", "maxval", "=", "None", ",", "pam", "=", "False", ")", ":", "try", ":", "netpbm", "=", "NetpbmFile", "(", "data", ",", "maxval", "=", "maxval", ")", "netpbm", ".", "write", "(", "filename", ",", "pam", "=", "pam", ")", "finally", ":", "netpbm", ".", "close", "(", ")" ]

[ "def", "imsave", "(", "filename", ",", "data", ",", "maxval", "=", "None", ",", "pam", "=", "False", ")", ":", "try", ":", "netpbm", "=", "NetpbmFile", "(", "data", ",", "maxval", "=", "maxval", ")", "netpbm", ".", "write", "(", "filename", ",", "pam", "=", "pam", ")", "finally", ":", "netpbm", ".", "close", "(", ")" ]

[ "def", "scale_rows", "(", "A", ",", "v", ",", "copy", "=", "True", ")", ":", "v", "=", "np", ".", "ravel", "(", "v", ")", "M", ",", "N", "=", "A", ".", "shape", "if", "not", "isspmatrix", "(", "A", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'scale rows needs a sparse matrix'", ")", "if", "M", "!=", "len", "(", "v", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'scale vector has incompatible shape'", ")", "if", "copy", ":", "A", "=", "A", ".", "copy", "(", ")", "A", ".", "data", "=", "np", ".", "asarray", "(", "A", ".", "data", ",", "dtype", "=", "upcast", "(", "A", ".", "dtype", ",", "v", ".", "dtype", ")", ")", "else", ":", "v", "=", "np", ".", "asarray", "(", "v", ",", "dtype", "=", "A", ".", "dtype", ")", "if", "isspmatrix_csr", "(", "A", ")", ":", "csr_scale_rows", "(", "M", ",", "N", ",", "A", ".", "indptr", ",", "A", ".", "indices", ",", "A", ".", "data", ",", "v", ")", "elif", "isspmatrix_bsr", "(", "A", ")", ":", "R", ",", "C", "=", "A", ".", "blocksize", "bsr_scale_rows", "(", "int", "(", "M", "/", "R", ")", ",", "int", "(", "N", "/", "C", ")", ",", "R", ",", "C", ",", "A", ".", "indptr", ",", "A", ".", "indices", ",", "np", ".", "ravel", "(", "A", ".", "data", ")", ",", "v", ")", "elif", "isspmatrix_csc", "(", "A", ")", ":", "pyamg", ".", "amg_core", ".", "csc_scale_rows", "(", "M", ",", "N", ",", "A", ".", "indptr", ",", "A", ".", "indices", ",", "A", ".", "data", ",", "v", ")", "else", ":", "fmt", "=", "A", ".", "format", "A", "=", "scale_rows", "(", "csr_matrix", "(", "A", ")", ",", "v", ")", ".", "asformat", "(", "fmt", ")", "return", "A" ]

[ "def", "unbind", "(", "self", ",", "devices_to_unbind", ")", ":", "if", "self", ".", "entity_api_key", "==", "\"\"", ":", "return", "{", "'status'", ":", "'failure'", ",", "'response'", ":", "'No API key found in request'", "}", "url", "=", "self", ".", "base_url", "+", "\"api/0.1.0/subscribe/unbind\"", "headers", "=", "{", "\"apikey\"", ":", "self", ".", "entity_api_key", "}", "data", "=", "{", "\"exchange\"", ":", "\"amq.topic\"", ",", "\"keys\"", ":", "devices_to_unbind", ",", "\"queue\"", ":", "self", ".", "entity_id", "}", "with", "self", ".", "no_ssl_verification", "(", ")", ":", "r", "=", "requests", ".", "delete", "(", "url", ",", "json", "=", "data", ",", "headers", "=", "headers", ")", "print", "(", "r", ")", "response", "=", "dict", "(", ")", "if", "\"No API key\"", "in", "str", "(", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", ")", ":", "response", "[", "\"status\"", "]", "=", "\"failure\"", "r", "=", "json", ".", "loads", "(", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", ")", "[", "'message'", "]", "elif", "'unbind'", "in", "str", "(", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", ")", ":", "response", "[", "\"status\"", "]", "=", "\"success\"", "r", "=", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", "else", ":", "response", "[", "\"status\"", "]", "=", "\"failure\"", "r", "=", "r", ".", "content", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", "response", "[", "\"response\"", "]", "=", "str", "(", "r", ")", "return", "response" ]

[ "def", "_begin", "(", "self", ",", "retry_id", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "in_progress", ":", "msg", "=", "_CANT_BEGIN", ".", "format", "(", "self", ".", "_id", ")", "raise", "ValueError", "(", "msg", ")", "transaction_response", "=", "self", ".", "_client", ".", "_firestore_api", ".", "begin_transaction", "(", "self", ".", "_client", ".", "_database_string", ",", "options_", "=", "self", ".", "_options_protobuf", "(", "retry_id", ")", ",", "metadata", "=", "self", ".", "_client", ".", "_rpc_metadata", ",", ")", "self", ".", "_id", "=", "transaction_response", ".", "transaction" ]

[ "def", "subscribe_commit", "(", "self", ",", "repo_name", ",", "branch", ",", "from_commit_id", "=", "None", ")", ":", "repo", "=", "proto", ".", "Repo", "(", "name", "=", "repo_name", ")", "req", "=", "proto", ".", "SubscribeCommitRequest", "(", "repo", "=", "repo", ",", "branch", "=", "branch", ")", "if", "from_commit_id", "is", "not", "None", ":", "getattr", "(", "req", ",", "'from'", ")", ".", "CopyFrom", "(", "proto", ".", "Commit", "(", "repo", "=", "repo", ",", "id", "=", "from_commit_id", ")", ")", "res", "=", "self", ".", "stub", ".", "SubscribeCommit", "(", "req", ",", "metadata", "=", "self", ".", "metadata", ")", "return", "res" ]

[ "def", "_read", "(", "self", ",", "directory", ",", "filename", ",", "session", ",", "path", ",", "name", ",", "extension", ",", "spatial", ",", "spatialReferenceID", ",", "replaceParamFile", ",", "force_relative", "=", "True", ")", ":", "self", ".", "project_directory", "=", "directory", "with", "tmp_chdir", "(", "directory", ")", ":", "# Headers to ignore", "HEADERS", "=", "(", "'GSSHAPROJECT'", ",", ")", "# WMS Cards to include (don't discount as comments)", "WMS_CARDS", "=", "(", "'#INDEXGRID_GUID'", ",", "'#PROJECTION_FILE'", ",", "'#LandSoil'", ",", "'#CHANNEL_POINT_INPUT_WMS'", ")", "GSSHAPY_CARDS", "=", "(", "'#GSSHAPY_EVENT_YML'", ",", ")", "with", "open", "(", "path", ",", "'r'", ")", "as", "f", ":", "for", "line", "in", "f", ":", "if", "not", "line", ".", "strip", "(", ")", ":", "# Skip empty lines", "continue", "elif", "'#'", "in", "line", ".", "split", "(", ")", "[", "0", "]", "and", "line", ".", "split", "(", ")", "[", "0", "]", "not", "in", "WMS_CARDS", "+", "GSSHAPY_CARDS", ":", "# Skip comments designated by the hash symbol", "# (with the exception of WMS_CARDS and GSSHAPY_CARDS)", "continue", "try", ":", "card", "=", "self", ".", "_extractCard", "(", "line", ",", "force_relative", ")", "except", ":", "card", "=", "self", ".", "_extractDirectoryCard", "(", "line", ",", "force_relative", ")", "# Now that the cardName and cardValue are separated", "# load them into the gsshapy objects", "if", "card", "[", "'name'", "]", "not", "in", "HEADERS", ":", "# Create GSSHAPY Project Card object", "prjCard", "=", "ProjectCard", "(", "name", "=", "card", "[", "'name'", "]", ",", "value", "=", "card", "[", "'value'", "]", ")", "# Associate ProjectCard with ProjectFile", "prjCard", ".", "projectFile", "=", "self", "# Extract MAP_TYPE card value for convenience working", "# with output maps", "if", "card", "[", "'name'", "]", "==", "'MAP_TYPE'", ":", "self", ".", "mapType", "=", "int", "(", "card", "[", "'value'", "]", ")", "# Assign properties", "self", ".", "srid", "=", "spatialReferenceID", "self", ".", "name", "=", "name", "self", ".", "fileExtension", "=", "extension" ]

[ "def", "_encode_wiki_sections", "(", "sections", ",", "vocab", ")", ":", "ids", "=", "[", "]", "section_boundaries", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "section", "in", "enumerate", "(", "sections", ")", ":", "if", "i", ">", "0", ":", "# Skip including article title", "ids", ".", "extend", "(", "vocab", ".", "encode", "(", "_format_title", "(", "_normalize_text", "(", "section", ".", "title", ")", ")", ")", ")", "ids", ".", "extend", "(", "vocab", ".", "encode", "(", "_normalize_text", "(", "section", ".", "text", ")", ")", ")", "section_boundaries", ".", "append", "(", "len", "(", "ids", ")", ")", "return", "ids", ",", "section_boundaries" ]

[ "def", "get_translator", "(", "domain", ",", "directory", ",", "languages", "=", "None", ",", "translatorklass", "=", "Translator", ",", "fallback", "=", "False", ",", "fallbackklass", "=", "NullTranslator", ")", ":", "translator", "=", "gettext", ".", "translation", "(", "domain", ",", "localedir", "=", "directory", ",", "languages", "=", "languages", ",", "class_", "=", "translatorklass", ",", "fallback", "=", "fallback", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "translator", ",", "gettext", ".", "GNUTranslations", ")", "and", "fallbackklass", ":", "translator", "=", "fallbackklass", "(", ")", "return", "translator" ]

[ "def", "embedManifestDllCheck", "(", "target", ",", "source", ",", "env", ")", ":", "if", "env", ".", "get", "(", "'WINDOWS_EMBED_MANIFEST'", ",", "0", ")", ":", "manifestSrc", "=", "target", "[", "0", "]", ".", "get_abspath", "(", ")", "+", "'.manifest'", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "manifestSrc", ")", ":", "ret", "=", "(", "embedManifestDllAction", ")", "(", "[", "target", "[", "0", "]", "]", ",", "None", ",", "env", ")", "if", "ret", ":", "raise", "SCons", ".", "Errors", ".", "UserError", "(", "\"Unable to embed manifest into %s\"", "%", "(", "target", "[", "0", "]", ")", ")", "return", "ret", "else", ":", "print", "(", "'(embed: no %s.manifest found; not embedding.)'", "%", "str", "(", "target", "[", "0", "]", ")", ")", "return", "0" ]

[ "def", "parse_from_file", "(", "filename", ",", "nodata", "=", "False", ")", ":", "header", "=", "None", "with", "open", "(", "filename", ",", "\"rb\"", ")", "as", "file", ":", "header", "=", "read_machine_header", "(", "file", ")", "meta_raw", "=", "file", ".", "read", "(", "header", "[", "'meta_len'", "]", ")", "meta", "=", "__parse_meta", "(", "meta_raw", ",", "header", ")", "data", "=", "b''", "if", "not", "nodata", ":", "data", "=", "__decompress", "(", "meta", ",", "file", ".", "read", "(", "header", "[", "'data_len'", "]", ")", ")", "return", "header", ",", "meta", ",", "data" ]

[ "def", "to_struct", "(", "self", ")", ":", "structobj", "=", "self", ".", "struct_type", "(", ")", "for", "k", "in", "structobj", ".", "attributes", "(", ")", ":", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "\"Setting attribute %s to %r\"", "%", "(", "k", ",", "getattr", "(", "self", ",", "k", ")", ")", ")", "setattr", "(", "structobj", ",", "k", ",", "getattr", "(", "self", ",", "k", ")", ")", "return", "structobj" ]

[ "def", "update_repodata", "(", "self", ",", "channels", "=", "None", ")", ":", "norm_channels", "=", "self", ".", "conda_get_condarc_channels", "(", "channels", "=", "channels", ",", "normalize", "=", "True", ")", "repodata_urls", "=", "self", ".", "_set_repo_urls_from_channels", "(", "norm_channels", ")", "self", ".", "_check_repos", "(", "repodata_urls", ")" ]

[ "def", "AddEnumDescriptor", "(", "self", ",", "name", ",", "description", ",", "enum_values", ",", "enum_descriptions", ")", ":", "message", "=", "extended_descriptor", ".", "ExtendedEnumDescriptor", "(", ")", "message", ".", "name", "=", "self", ".", "__names", ".", "ClassName", "(", "name", ")", "message", ".", "description", "=", "util", ".", "CleanDescription", "(", "description", ")", "self", ".", "__DeclareDescriptor", "(", "message", ".", "name", ")", "for", "index", ",", "(", "enum_name", ",", "enum_description", ")", "in", "enumerate", "(", "zip", "(", "enum_values", ",", "enum_descriptions", ")", ")", ":", "enum_value", "=", "extended_descriptor", ".", "ExtendedEnumValueDescriptor", "(", ")", "enum_value", ".", "name", "=", "self", ".", "__names", ".", "NormalizeEnumName", "(", "enum_name", ")", "if", "enum_value", ".", "name", "!=", "enum_name", ":", "message", ".", "enum_mappings", ".", "append", "(", "extended_descriptor", ".", "ExtendedEnumDescriptor", ".", "JsonEnumMapping", "(", "python_name", "=", "enum_value", ".", "name", ",", "json_name", "=", "enum_name", ")", ")", "self", ".", "__AddImport", "(", "'from %s import encoding'", "%", "self", ".", "__base_files_package", ")", "enum_value", ".", "number", "=", "index", "enum_value", ".", "description", "=", "util", ".", "CleanDescription", "(", "enum_description", "or", "'<no description>'", ")", "message", ".", "values", ".", "append", "(", "enum_value", ")", "self", ".", "__RegisterDescriptor", "(", "message", ")" ]

[ "def", "install", "(", "self", ",", "ref", ",", "table_name", "=", "None", ",", "index_columns", "=", "None", ",", "logger", "=", "None", ")", ":", "try", ":", "obj_number", "=", "ObjectNumber", ".", "parse", "(", "ref", ")", "if", "isinstance", "(", "obj_number", ",", "TableNumber", ")", ":", "table", "=", "self", ".", "_library", ".", "table", "(", "ref", ")", "connection", "=", "self", ".", "_backend", ".", "_get_connection", "(", ")", "return", "self", ".", "_backend", ".", "install_table", "(", "connection", ",", "table", ",", "logger", "=", "logger", ")", "else", ":", "# assume partition", "raise", "NotObjectNumberError", "except", "NotObjectNumberError", ":", "# assume partition.", "partition", "=", "self", ".", "_library", ".", "partition", "(", "ref", ")", "connection", "=", "self", ".", "_backend", ".", "_get_connection", "(", ")", "return", "self", ".", "_backend", ".", "install", "(", "connection", ",", "partition", ",", "table_name", "=", "table_name", ",", "index_columns", "=", "index_columns", ",", "logger", "=", "logger", ")" ]

[ "def", "to_json", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "super", "(", "FieldsResource", ",", "self", ")", ".", "to_json", "(", ")", "result", "[", "'fields'", "]", "=", "self", ".", "fields_with_locales", "(", ")", "return", "result" ]

[ "def", "pw_compare_class_sets", "(", "self", ",", "cset1", ":", "Set", "[", "ClassId", "]", ",", "cset2", ":", "Set", "[", "ClassId", "]", ")", "->", "Tuple", "[", "ICValue", ",", "ICValue", ",", "ICValue", "]", ":", "pairs", "=", "self", ".", "mica_ic_df", ".", "loc", "[", "cset1", ",", "cset2", "]", "max0", "=", "pairs", ".", "max", "(", "axis", "=", "0", ")", "max1", "=", "pairs", ".", "max", "(", "axis", "=", "1", ")", "idxmax0", "=", "pairs", ".", "idxmax", "(", "axis", "=", "0", ")", "idxmax1", "=", "pairs", ".", "idxmax", "(", "axis", "=", "1", ")", "mean0", "=", "max0", ".", "mean", "(", ")", "mean1", "=", "max1", ".", "mean", "(", ")", "return", "(", "mean0", "+", "mean1", ")", "/", "2", ",", "mean0", ",", "mean1" ]

[ "def", "detach_volume", "(", "volume_id", ",", "profile", ",", "*", "*", "libcloud_kwargs", ")", ":", "conn", "=", "_get_driver", "(", "profile", "=", "profile", ")", "libcloud_kwargs", "=", "salt", ".", "utils", ".", "args", ".", "clean_kwargs", "(", "*", "*", "libcloud_kwargs", ")", "volume", "=", "_get_by_id", "(", "conn", ".", "list_volumes", "(", ")", ",", "volume_id", ")", "return", "conn", ".", "detach_volume", "(", "volume", ",", "*", "*", "libcloud_kwargs", ")" ]

[ "def", "indication", "(", "self", ",", "apdu", ")", ":", "if", "_debug", ":", "ServerSSM", ".", "_debug", "(", "\"indication %r\"", ",", "apdu", ")", "if", "self", ".", "state", "==", "IDLE", ":", "self", ".", "idle", "(", "apdu", ")", "elif", "self", ".", "state", "==", "SEGMENTED_REQUEST", ":", "self", ".", "segmented_request", "(", "apdu", ")", "elif", "self", ".", "state", "==", "AWAIT_RESPONSE", ":", "self", ".", "await_response", "(", "apdu", ")", "elif", "self", ".", "state", "==", "SEGMENTED_RESPONSE", ":", "self", ".", "segmented_response", "(", "apdu", ")", "else", ":", "if", "_debug", ":", "ServerSSM", ".", "_debug", "(", "\" - invalid state\"", ")" ]

[ "def", "not_storable", "(", "_type", ")", ":", "return", "Storable", "(", "_type", ",", "handlers", "=", "StorableHandler", "(", "poke", "=", "fake_poke", ",", "peek", "=", "fail_peek", "(", "_type", ")", ")", ")" ]

[ "def", "union", "(", "self", ",", "*", "dstreams", ")", ":", "if", "not", "dstreams", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"should have at least one DStream to union\"", ")", "if", "len", "(", "dstreams", ")", "==", "1", ":", "return", "dstreams", "[", "0", "]", "if", "len", "(", "set", "(", "s", ".", "_jrdd_deserializer", "for", "s", "in", "dstreams", ")", ")", ">", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"All DStreams should have same serializer\"", ")", "if", "len", "(", "set", "(", "s", ".", "_slideDuration", "for", "s", "in", "dstreams", ")", ")", ">", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"All DStreams should have same slide duration\"", ")", "cls", "=", "SparkContext", ".", "_jvm", ".", "org", ".", "apache", ".", "spark", ".", "streaming", ".", "api", ".", "java", ".", "JavaDStream", "jdstreams", "=", "SparkContext", ".", "_gateway", ".", "new_array", "(", "cls", ",", "len", "(", "dstreams", ")", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "dstreams", ")", ")", ":", "jdstreams", "[", "i", "]", "=", "dstreams", "[", "i", "]", ".", "_jdstream", "return", "DStream", "(", "self", ".", "_jssc", ".", "union", "(", "jdstreams", ")", ",", "self", ",", "dstreams", "[", "0", "]", ".", "_jrdd_deserializer", ")" ]

[ "def", "delete_topic_groups", "(", "self", ",", "group_id", ",", "topic_id", ")", ":", "path", "=", "{", "}", "data", "=", "{", "}", "params", "=", "{", "}", "# REQUIRED - PATH - group_id\r", "\"\"\"ID\"\"\"", "path", "[", "\"group_id\"", "]", "=", "group_id", "# REQUIRED - PATH - topic_id\r", "\"\"\"ID\"\"\"", "path", "[", "\"topic_id\"", "]", "=", "topic_id", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"DELETE /api/v1/groups/{group_id}/discussion_topics/{topic_id} with query params: {params} and form data: {data}\"", ".", "format", "(", "params", "=", "params", ",", "data", "=", "data", ",", "*", "*", "path", ")", ")", "return", "self", ".", "generic_request", "(", "\"DELETE\"", ",", "\"/api/v1/groups/{group_id}/discussion_topics/{topic_id}\"", ".", "format", "(", "*", "*", "path", ")", ",", "data", "=", "data", ",", "params", "=", "params", ",", "no_data", "=", "True", ")" ]

[ "def", "process_schema", "(", "doc", ",", "resource", ",", "df", ")", ":", "from", "rowgenerators", "import", "SourceError", "from", "requests", ".", "exceptions", "import", "ConnectionError", "from", "metapack", ".", "cli", ".", "core", "import", "extract_path_name", ",", "alt_col_name", ",", "type_map", "from", "tableintuit", "import", "TypeIntuiter", "from", "rowgenerators", ".", "generator", ".", "python", "import", "PandasDataframeSource", "from", "appurl", "import", "parse_app_url", "try", ":", "doc", "[", "'Schema'", "]", "except", "KeyError", ":", "doc", ".", "new_section", "(", "'Schema'", ",", "[", "'DataType'", ",", "'Altname'", ",", "'Description'", "]", ")", "schema_name", "=", "resource", ".", "get_value", "(", "'schema'", ",", "resource", ".", "get_value", "(", "'name'", ")", ")", "schema_term", "=", "doc", ".", "find_first", "(", "term", "=", "'Table'", ",", "value", "=", "schema_name", ",", "section", "=", "'Schema'", ")", "if", "schema_term", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Found table for '{}'; skipping\"", ".", "format", "(", "schema_name", ")", ")", "return", "path", ",", "name", "=", "extract_path_name", "(", "resource", ".", "url", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Processing {}\"", ".", "format", "(", "resource", ".", "url", ")", ")", "si", "=", "PandasDataframeSource", "(", "parse_app_url", "(", "resource", ".", "url", ")", ",", "df", ",", "cache", "=", "doc", ".", "_cache", ",", ")", "try", ":", "ti", "=", "TypeIntuiter", "(", ")", ".", "run", "(", "si", ")", "except", "SourceError", "as", "e", ":", "logger", ".", "warn", "(", "\"Failed to process '{}'; {}\"", ".", "format", "(", "path", ",", "e", ")", ")", "return", "except", "ConnectionError", "as", "e", ":", "logger", ".", "warn", "(", "\"Failed to download '{}'; {}\"", ".", "format", "(", "path", ",", "e", ")", ")", "return", "table", "=", "doc", "[", "'Schema'", "]", ".", "new_term", "(", "'Table'", ",", "schema_name", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Adding table '{}' to metatab schema\"", ".", "format", "(", "schema_name", ")", ")", "for", "i", ",", "c", "in", "enumerate", "(", "ti", ".", "to_rows", "(", ")", ")", ":", "raw_alt_name", "=", "alt_col_name", "(", "c", "[", "'header'", "]", ",", "i", ")", "alt_name", "=", "raw_alt_name", "if", "raw_alt_name", "!=", "c", "[", "'header'", "]", "else", "''", "t", "=", "table", ".", "new_child", "(", "'Column'", ",", "c", "[", "'header'", "]", ",", "datatype", "=", "type_map", ".", "get", "(", "c", "[", "'resolved_type'", "]", ",", "c", "[", "'resolved_type'", "]", ")", ",", "altname", "=", "alt_name", ",", "description", "=", "df", "[", "c", "[", "'header'", "]", "]", ".", "description", "if", "hasattr", "(", "df", ",", "'description'", ")", "and", "df", "[", "c", "[", "'header'", "]", "]", ".", "description", "else", "''", ")", "return", "table" ]

[ "def", "append_to_multiple", "(", "self", ",", "d", ",", "value", ",", "selector", ",", "data_columns", "=", "None", ",", "axes", "=", "None", ",", "dropna", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "axes", "is", "not", "None", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"axes is currently not accepted as a parameter to\"", "\" append_to_multiple; you can create the \"", "\"tables independently instead\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "d", ",", "dict", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"append_to_multiple must have a dictionary specified as the \"", "\"way to split the value\"", ")", "if", "selector", "not", "in", "d", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"append_to_multiple requires a selector that is in passed dict\"", ")", "# figure out the splitting axis (the non_index_axis)", "axis", "=", "list", "(", "set", "(", "range", "(", "value", ".", "ndim", ")", ")", "-", "set", "(", "_AXES_MAP", "[", "type", "(", "value", ")", "]", ")", ")", "[", "0", "]", "# figure out how to split the value", "remain_key", "=", "None", "remain_values", "=", "[", "]", "for", "k", ",", "v", "in", "d", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "v", "is", "None", ":", "if", "remain_key", "is", "not", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"append_to_multiple can only have one value in d that \"", "\"is None\"", ")", "remain_key", "=", "k", "else", ":", "remain_values", ".", "extend", "(", "v", ")", "if", "remain_key", "is", "not", "None", ":", "ordered", "=", "value", ".", "axes", "[", "axis", "]", "ordd", "=", "ordered", ".", "difference", "(", "Index", "(", "remain_values", ")", ")", "ordd", "=", "sorted", "(", "ordered", ".", "get_indexer", "(", "ordd", ")", ")", "d", "[", "remain_key", "]", "=", "ordered", ".", "take", "(", "ordd", ")", "# data_columns", "if", "data_columns", "is", "None", ":", "data_columns", "=", "d", "[", "selector", "]", "# ensure rows are synchronized across the tables", "if", "dropna", ":", "idxs", "=", "(", "value", "[", "cols", "]", ".", "dropna", "(", "how", "=", "'all'", ")", ".", "index", "for", "cols", "in", "d", ".", "values", "(", ")", ")", "valid_index", "=", "next", "(", "idxs", ")", "for", "index", "in", "idxs", ":", "valid_index", "=", "valid_index", ".", "intersection", "(", "index", ")", "value", "=", "value", ".", "loc", "[", "valid_index", "]", "# append", "for", "k", ",", "v", "in", "d", ".", "items", "(", ")", ":", "dc", "=", "data_columns", "if", "k", "==", "selector", "else", "None", "# compute the val", "val", "=", "value", ".", "reindex", "(", "v", ",", "axis", "=", "axis", ")", "self", ".", "append", "(", "k", ",", "val", ",", "data_columns", "=", "dc", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "def", "ttl", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "# get timer", "timer", "=", "getattr", "(", "self", ",", "Annotation", ".", "__TIMER", ",", "None", ")", "# if timer is running, stop the timer", "if", "timer", "is", "not", "None", ":", "timer", ".", "cancel", "(", ")", "# initialize timestamp", "timestamp", "=", "None", "# if value is None", "if", "value", "is", "None", ":", "# nonify timer", "timer", "=", "None", "else", ":", "# else, renew a timer", "# get timestamp", "timestamp", "=", "time", "(", ")", "+", "value", "# start a new timer", "timer", "=", "Timer", "(", "value", ",", "self", ".", "__del__", ")", "timer", ".", "start", "(", ")", "# set/update attributes", "setattr", "(", "self", ",", "Annotation", ".", "__TIMER", ",", "timer", ")", "setattr", "(", "self", ",", "Annotation", ".", "__TS", ",", "timestamp", ")" ]

[ "def", "join_time_series", "(", "serieses", ",", "ignore_year", "=", "False", ",", "T_s", "=", "None", ",", "aggregator", "=", "'mean'", ")", ":", "if", "ignore_year", ":", "df", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", ")", "for", "name", ",", "ts", "in", "serieses", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "# FIXME: deal with leap years", "sod", "=", "np", ".", "array", "(", "map", "(", "lambda", "x", ":", "(", "x", ".", "hour", "*", "3600", "+", "x", ".", "minute", "*", "60", "+", "x", ".", "second", ")", ",", "ts", ".", "index", ".", "time", ")", ")", "# Coerce soy to an integer so that merge/join operations identify same values", "# (floats don't equal!?)", "soy", "=", "(", "ts", ".", "index", ".", "dayofyear", "+", "366", "*", "(", "ts", ".", "index", ".", "year", "-", "ts", ".", "index", ".", "year", "[", "0", "]", ")", ")", "*", "3600", "*", "24", "+", "sod", "ts2", "=", "pd", ".", "Series", "(", "ts", ".", "values", ",", "index", "=", "soy", ")", "ts2", "=", "ts2", ".", "dropna", "(", ")", "ts2", "=", "ts2", ".", "sort_index", "(", ")", "df2", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", "{", "name", ":", "ts2", ".", "values", "}", ",", "index", "=", "soy", ")", "df", "=", "df", ".", "join", "(", "df2", ",", "how", "=", "'outer'", ")", "if", "T_s", "and", "aggregator", ":", "df", "=", "df", ".", "groupby", "(", "lambda", "x", ":", "int", "(", "x", "/", "float", "(", "T_s", ")", ")", ")", ".", "aggregate", "(", "dict", "(", "(", "name", ",", "aggregator", ")", "for", "name", "in", "df", ".", "columns", ")", ")", "else", ":", "df", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", "serieses", ")", "if", "T_s", "and", "aggregator", ":", "x0", "=", "df", ".", "index", "[", "0", "]", "df", "=", "df", ".", "groupby", "(", "lambda", "x", ":", "int", "(", "(", "x", "-", "x0", ")", ".", "total_seconds", "(", ")", "/", "float", "(", "T_s", ")", ")", ")", ".", "aggregate", "(", "dict", "(", "(", "name", ",", "aggregator", ")", "for", "name", "in", "df", ".", "columns", ")", ")", "# FIXME: convert seconds since begninning of first year back into Timestamp instances", "return", "df" ]