docker med fixed

Dockerfile.med

@@ -38,6 +38,10 @@ ENV APPDIR='/home/app'
 ENV DATADIR=$HOME'/data/'
 ENV DVATSDIR=$HOME'/dvats/'
 
+
+ARG LOCAL_DATA_PATH
+ENV LOCAL_DATA_PATH=$LOCAL_DATA_PATH
+
 #--- Volumes
 COPY --chown=${USER_ID}:${GROUP_ID} ../r_shiny_app $APPDIR
 COPY --chown=${USER_ID}:${GROUP_ID} ${LOCAL_DATA_PATH} $DATADIR

local_exec_docker.sh

@@ -17,8 +17,8 @@ flags=()
 if ((INTER == 1)); then
     echo "INTERACTIVE"
     flags+=("-it" "--entrypoint" "/bin/bash")
-else
-    flags+=( "--entrypoint" "entrypoint.sh")
+#else
+    #flags+=( "--entrypoint" "entrypoint.sh")
 fi
 
 flags+=("--gpus" "all")

local_exec_med.sh

@@ -0,0 +1,17 @@
+# Inicializa un array vacío
+args=()
+
+# Lee el archivo .env línea por línea
+while IFS='=' read -r key value; do
+    if [[ $key != \#* && $key != '' ]]; then  # Excluye comentarios y líneas vacías
+        args+=(-e "$key=$value")  # Agrega --build-arg y la variable como un elemento
+    fi
+done < .env
+
+#echo "args: ${args[@]}"
+#read -p "Press enter to continue"
+
+
+#read -p "Press enter to continue"
+# Ejecuta docker build con los argumentos
+echo "docker run "dvats-rstudio-ghf:latest --it --entrypoint /bin/bash --gpus all" "${args[@]}" -t dvatshf-med"